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- PDB-6we5: Crystal structure of an inorganic pyrophosphatase from Chlamydia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6we5
タイトルCrystal structure of an inorganic pyrophosphatase from Chlamydia trachomatis D/UW-3/Cx
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / sexually transmitted infections / STI / STD / pyrophosphate phospho-hydrolase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of an inorganic pyrophosphatase from Chlamydia trachomatis D/UW-3/Cx.
著者: Maddy, J. / Staker, B.L. / Subramanian, S. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Hybiske, K. / Asojo, O.A.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4106
ポリマ－73,3413
非ポリマー693
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.160, 121.190, 124.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 4 and (name N or name...
31(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA412
12LYSLYSNANA(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA - D3 - 30111
13LYSLYSNANA(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA - D3 - 30111
14LYSLYSNANA(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA - D3 - 30111
15LYSLYSNANA(chain A and ((resid 4 and (name N or name...AA - D3 - 30111
21THRTHRTHRTHR(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB412
22LYSLYSNANA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB - E3 - 30111
23LYSLYSNANA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB - E3 - 30111
24LYSLYSNANA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB - E3 - 30111
25LYSLYSNANA(chain B and ((resid 4 and (name N or name...BB - E3 - 30111
31THRTHRTYRTYR(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC4 - 7112 - 79
32GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC73 - 8181 - 89
33GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC8290
34THRTHRNANA(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC - F4 - 30112
35THRTHRNANA(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC - F4 - 30112
36THRTHRNANA(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC - F4 - 30112
37THRTHRNANA(chain C and (resid 4 through 71 or resid 73...CC - F4 - 30112

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要素

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 24446.893 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: ppa, CT_772 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O84777, inorganic diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ChtrB.01427.a.B1.PW38676 at 31 mg/mL with 3 mM inorganic pyrophosphate against MCSG-1 screen condition D9: 02 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% ethylene glycol as ...詳細: ChtrB.01427.a.B1.PW38676 at 31 mg/mL with 3 mM inorganic pyrophosphate against MCSG-1 screen condition D9: 02 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, unique pick ID abt7-1, crystal tracking ID 311611d9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.99 Å / Num. obs: 27864 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.112 % / Biso Wilson estimate: 56.567 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.917 / Net I/σ(I): 25.24 / Num. measured all: 226034 / Scaling rejects: 276
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.318.4180.6213.1516920202620100.9260.66199.2
2.31-2.378.4380.4334.4916707200019800.9590.46299
2.37-2.448.3920.3785.1216155194419250.9730.40399
2.44-2.528.3580.3036.4215637188218710.9790.32399.4
2.52-2.68.3590.2627.4515146182618120.9840.27999.2
2.6-2.698.2960.1959.7814617177517620.990.20899.3
2.69-2.798.2660.16811.4414035170916980.9930.17999.4
2.79-2.98.1850.11716.4813514166016510.9960.12599.5
2.9-3.038.1280.0920.8112834158715790.9970.09699.5
3.03-3.188.0440.06627.3712187152515150.9980.07199.3
3.18-3.357.9280.05332.9611385144514360.9990.05799.4
3.35-3.567.8820.04340.7110814138213720.9990.04699.3
3.56-3.87.8420.03647.3410045129312810.9990.03899.1
3.8-4.117.8550.03153.379395120511960.9990.03399.3
4.11-4.57.7870.02758.2987761133112710.02999.5
4.5-5.037.8440.02560.1878601006100210.02799.6
5.03-5.817.8780.02559.66709090590010.02699.4
5.81-7.127.7090.02360.84599077877710.02599.9
7.12-10.067.4530.02162.6462162062010.022100
10.06-44.996.5890.02159.9523063673500.9990.02295.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ls0

5ls0


解像度: 2.25→44.99 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2028 7.29 %
Rwork0.1808 --
obs0.1842 27834 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.75 Å2 / Biso mean: 61.5474 Å2 / Biso min: 30.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4694 0 3 65 4762
Biso mean--69.55 53.05 -
残基数----618
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2759X-RAY DIFFRACTION6.65TORSIONAL
12B2759X-RAY DIFFRACTION6.65TORSIONAL
13C2759X-RAY DIFFRACTION6.65TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.310.37411560.27531787194399
2.31-2.370.32521450.26761795194099
2.37-2.440.34051570.26461819197699
2.44-2.520.33991450.24511814195999
2.52-2.610.29341570.24241813197099
2.61-2.710.25841310.22811838196999
2.71-2.830.29411450.23221819196499
2.83-2.980.28751310.22171863199499
2.98-3.170.26421460.21421826197299
3.17-3.420.26871620.20451839200199
3.42-3.760.21481060.17491880198699
3.76-4.30.19351290.14651885201499
4.3-5.420.17151610.136118702031100
5.42-44.990.1921570.15761958211599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3847-0.728-1.41412.62541.02093.22190.00261.1002-0.1336-0.3434-0.27450.31060.2807-0.96720.1440.4326-0.1222-0.11150.854-0.00980.419914.706-1.374812.3709
24.6506-0.63680.02261.70710.89715.7951-0.052-0.25710.09820.09030.2335-0.2060.3097-0.0962-0.0010.3714-0.0924-0.0430.3497-0.01760.343125.6674-4.533424.9251
31.41950.90711.58532.11491.99632.4504-0.695-0.687-0.82950.33740.51180.18680.4429-0.46160.10110.5411-0.15830.03570.71610.1040.446217.183-5.150231.0876
43.19090.8396-0.02282.0708-0.62481.6559-0.22710.1381-0.6731-0.06410.0253-0.0130.5304-0.49780.21050.6754-0.20450.03640.5556-0.02230.474423.7275-15.703620.4422
51.5307-0.4797-0.04320.3033-0.08880.0689-0.1045-1.1075-1.15840.68510.320.66560.64450.04010.18090.9504-0.24410.09630.62790.05880.797918.7254-23.669219.8262
63.9841-0.91750.25282.18890.20152.3575-0.12910.0889-0.23310.10350.06970.2010.6432-0.4675-0.00370.4836-0.1422-0.00670.3729-0.00650.37128.1137-9.647517.2503
74.7694-0.93871.00162.550.35340.35340.06580.7423-0.2004-1.0101-0.1431-0.3915-0.02690.236-0.00890.7231-0.07840.02330.5367-0.03190.451436.7157-7.24597.7058
82.1739-0.29351.6450.99431.95946.10470.3112-0.2681-0.2753-0.43410.10880.2091.2966-0.0808-0.35820.7489-0.1216-0.0060.313-0.01140.530434.6449-20.991125.938
94.5768-0.7111-2.26461.61910.3873.60290.07690.5427-0.35720.3779-0.46920.65291.4032-2.18410.32310.7963-0.44040.04711.0142-0.20810.587415.7085-15.020110.4247
103.36771.24950.61732.3271-0.6552.86420.14080.0340.2021-0.1826-0.08340.4798-0.4732-0.9578-0.03910.40690.1789-0.03130.6380.010.401318.308116.986122.4071
110.1090.2068-0.44430.5921-0.9523.2504-0.56980.10570.3322-0.46620.2929-0.1148-0.1252-0.2950.21430.40190.00830.01950.63650.03130.399222.11396.731613.6334
120.79420.7619-0.61261.13050.31792.430.07940.4107-0.019-0.3154-0.01270.295-0.6423-0.4472-0.03340.49710.1222-0.03920.4780.07770.415628.082217.617215.3265
132.96083.862.82765.03983.66292.8034-0.71470.37770.6308-0.19240.24220.3607-1.6571-0.33110.24471.07590.0854-0.24060.91330.33410.920319.765532.79425.1755
144.11270.92230.17663.3963-1.39254.8458-0.01290.35610.2906-0.83250.0718-0.0853-0.431-0.67690.06260.64420.14690.0630.43950.04650.454726.417621.746116.3905
150.82120.68040.40820.59710.45470.4768-0.16470.25890.5733-0.61630.11750.3573-0.9013-0.79720.18450.74160.2246-0.04960.52320.07120.55325.10826.726720.7668
163.55380.64350.87443.1925-3.16685.14260.0376-0.04770.6029-0.24170.03180.0268-1.784-0.30460.12220.81460.1572-0.02320.35240.02460.565529.248128.776521.3054
172.3869-0.10780.91132.5210.36380.9396-0.06360.54170.3689-0.34730.09650.0315-0.8639-0.3729-0.16610.6012-0.01210.02460.44860.08270.474740.165920.790511.1494
184.1585-1.6659-1.01831.79750.64951.3005-0.30750.48370.63240.31540.1787-0.3371-0.51890.1317-0.2250.9711-0.07460.01110.58620.13540.537936.091827.11475.4487
192.8754-0.2219-3.42955.22750.51214.1057-0.17960.8948-0.0597-0.7748-0.02810.552-0.7042-1.4734-0.04350.82390.5405-0.19150.44950.26830.49214.538928.428413.9582
200.0825-0.3856-0.33712.5117-0.07483.9086-0.17330.1715-0.1701-0.08880.30640.06880.2413-0.9688-0.15630.3135-0.05920.02210.70630.05430.455815.11513.192337.2262
212.21980.7255-2.99631.7346-0.93954.18620.1312-0.53590.48670.0864-0.38330.3013-0.3587-1.03010.02810.38510.1204-0.0420.5068-0.00950.43216.894215.924232.5062
220.86570.8303-0.53981.0464-0.38151.7883-0.0952-0.17060.16470.20560.11350.2271-0.3711-0.86-0.07870.41210.15050.00650.8057-0.03870.454214.613711.859549.3349
232.9278-1.6376-2.743.9091.90258.7971-0.3005-0.023-0.0317-0.03530.21340.16850.0445-0.15130.07850.2824-0.00950.01350.51080.00750.316622.1791.885144.1958
244.1944-0.8685-0.16915.44440.43495.9308-0.2248-0.094-0.2830.24290.19970.47110.1899-0.41660.08370.3055-0.03160.05170.4670.03470.314121.94720.229350.7197
254.20312.4445-0.84874.0628-2.65542.21350.2169-0.39560.68120.8779-0.05690.2682-0.4819-0.1753-0.2340.56940.07560.07470.5504-0.08340.461727.105215.764154.66
261.78910.6814-2.05195.773-0.8074.31040.0740.22910.05730.43240.1611.2644-0.0991-0.705-0.04380.35310.02260.09150.94010.08470.55785.38273.408448.2166
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 24 )A3 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 41 )A25 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 53 )A42 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 84 )A54 - 84
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 85 through 96 )A85 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 97 through 137 )A97 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 138 through 153 )A138 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 154 through 189 )A154 - 189
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 190 through 208 )A190 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 41 )B3 - 41
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 42 through 53 )B42 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 73 )B54 - 73
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 74 through 84 )B74 - 84
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 85 through 110 )B85 - 110
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 111 through 124 )B111 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 125 through 153 )B125 - 153
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 154 through 175 )B154 - 175
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 176 through 189 )B176 - 189
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 190 through 208 )B190 - 208
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 4 through 41 )C4 - 41
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 42 through 53 )C42 - 53
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 54 through 96 )C54 - 96
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 97 through 124 )C97 - 124
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 125 through 153 )C125 - 153
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 154 through 189 )C154 - 189
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 190 through 209 )C190 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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