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- PDB-6wbr: Crystal structure of AceCas9 bound with guide RNA and DNA with 5'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wbr
タイトルCrystal structure of AceCas9 bound with guide RNA and DNA with 5'-NNNCC-3' PAM
要素
  • CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family,CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family
  • DNA (30-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*G)-3')
  • RNA (94-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / DNA endonuclease / CRISPR-Cas9 / HNH / RuvC / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, beta-hairpin domain / Cas9 C-terminal domain / Cas9, topo homolgy domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 beta-hairpin domain / Topo homolgy domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 C-terminal domain / : / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / HNH endonuclease ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, beta-hairpin domain / Cas9 C-terminal domain / Cas9, topo homolgy domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9 beta-hairpin domain / Topo homolgy domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9 C-terminal domain / : / Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / HNH nucleases / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family
類似検索 - 構成要素
生物種Acidothermus cellulolyticus (バクテリア)
Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Li, H. / Das, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM099604 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The molecular basis for recognition of 5'-NNNCC-3' PAM and its methylation state by Acidothermus cellulolyticus Cas9.
著者: Das, A. / Hand, T.H. / Smith, C.L. / Wickline, E. / Zawrotny, M. / Li, H.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family,CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family
B: RNA (94-MER)
C: DNA (30-MER)
D: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5294
ポリマ－151,5294
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17240 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area60060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.313, 119.348, 177.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family,CRISPR-associated endonuclease, Csn1 family


分子量: 108862.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence is that of the truncated variant. It lacks the HNH catalytic domain.,The sequence is that of the truncated variant. It lacks the HNH catalytic domain.,The sequence is that of the ...詳細: The sequence is that of the truncated variant. It lacks the HNH catalytic domain.,The sequence is that of the truncated variant. It lacks the HNH catalytic domain.,The sequence is that of the truncated variant. It lacks the HNH catalytic domain.
由来: (組換発現) Acidothermus cellulolyticus (strain ATCC 43068 / 11B) (バクテリア)
株: ATCC 43068 / 11B / 遺伝子: Acel_1951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0LWB3
#2: RNA鎖 RNA (94-MER)


分子量: 30477.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acidothermus cellulolyticus 11B (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9143.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04 M Citric acid, 0.06 M Bis-tris propane and 15-20% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→142.6 Å / Num. obs: 55715 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 90.9 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.476 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.486 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4272 / CC1/2: 0.362 / Rpim(I) all: 0.781 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.91→74.65 Å / SU ML: 0.4832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.9275
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1901 5.04 %
Rwork0.2241 35851 -
obs0.2262 37752 96.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 101.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→74.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7400 2760 0 0 10160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006610650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.127815071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05821748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00661476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.35272538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-2.980.36881440.35062271X-RAY DIFFRACTION87.72
2.98-3.060.34881300.312465X-RAY DIFFRACTION93.45
3.06-3.150.31711420.30042470X-RAY DIFFRACTION94.64
3.15-3.250.30841420.30222475X-RAY DIFFRACTION95.44
3.25-3.370.35921420.28592531X-RAY DIFFRACTION95.94
3.37-3.50.33561310.28082534X-RAY DIFFRACTION96.35
3.5-3.660.3171300.2752525X-RAY DIFFRACTION96.34
3.66-3.850.34581410.26672582X-RAY DIFFRACTION97.32
3.85-4.10.30451220.25092600X-RAY DIFFRACTION97.91
4.1-4.410.28531240.2142621X-RAY DIFFRACTION97.72
4.41-4.860.2231370.18872642X-RAY DIFFRACTION98.62
4.86-5.560.2181420.20062616X-RAY DIFFRACTION98.22
5.56-70.26711250.1972699X-RAY DIFFRACTION98.26
7-74.650.19251490.17412820X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4078237731.315471642255.411163816281.356331548891.230740009598.019561388470.158159477808-0.0759238395802-0.03402548938440.16644180557-0.0154757754096-0.2923086154070.05174940895580.428788417096-0.1385184509030.659264898748-0.0497020940064-0.00929564104590.4753849255540.006164721970160.527651535237-18.58077078339.88234893575-10.7222173502
20.5774419766650.234065559668-0.3100662786471.05638111354-1.266013198932.288437259580.08233214872090.02202866917220.2539601878280.255305814031-0.09403773851750.032593227328-0.2817200083920.0294040736947-0.007805521578290.809842967806-0.0854936793175-0.06317370179510.689667909262-0.02034411042850.749524135613-9.1155630692131.4341610581-18.5540161157
36.015673431223.52548270680.08118133420032.907839749370.162801376658-0.215298103289-0.1396148686030.258530400027-0.162459028727-0.4038848338990.195273875971-0.366701728680.121525011255-0.0481599832414-0.1142116982630.7640395658650.0257760413637-0.005632104941020.6489139303160.05023132845020.597809520374-17.632863926320.0674272772-38.6558648972
41.94626893250.2518747503460.5051938127921.34718143089-0.1434864002811.893099888220.0326547915470.127629054903-0.1674112312020.0862095858664-0.0184758090840.2322535579810.0385095155064-0.0860491825589-0.03070971124140.595824311162-0.0448175909911-0.04377270623650.405867288-0.06459046899090.584636155509-45.748382441-5.88384807732-21.9385978924
50.1050201608570.380624518920.06609804139726.64773603598-6.386425078775.701248236980.4188981613520.1512785110660.1049585996830.5923659858450.2469763971381.2082579061-0.696377398041-0.0488157720404-0.666178287640.9513471458250.0365137165491-0.002785451291780.6403468560660.0836888663240.730434586897-22.658786736524.0899140308-20.7810871959
68.033562000560.9794996673222.524777833977.31270410269-1.276384634448.086994145921.29668566989-1.40369664261-0.2442537792131.57367962969-0.02506967025580.6476513344241.37622716663-0.308687973874-1.279799001741.49473002398-0.255299834526-0.04654007260560.8874927747040.2130203858080.787641804599-20.9702849678-1.368155646715.2104245195
72.25915393233-3.92974763153.498795775187.67151869273-5.63246892666.41295446220.838242181887-1.80340145464-1.43484284116-0.007438023197981.920853767633.242204119712.72058887422-0.721911496703-2.667642508592.79468982144-0.6497990684350.1711067172461.876021870170.3761115419871.76649027309-30.012332839-7.2422224033225.2551841932
86.122207387431.661939452934.549299472540.7159210195210.2353393337078.418809870160.181713575450.0733715138868-0.2414351631280.440872490801-0.02297315450260.004434605903830.3293261113290.597977328553-0.09645788610080.786276000586-0.02779025610490.004804060053310.4668238904530.04493040964940.704778361651-17.3690729655-0.938422138636-0.186441177806
93.247339969620.581965483896-3.783414162357.80703619219-3.907060218975.50961732410.4209052189151.21678731406-1.769165039870.676165032749-1.03587826759-1.04849645577-0.3571546988772.926657615940.5539332558411.067252843740.08594487560420.1345691627982.69938579413-0.2337110990391.820261299912.45376055417-10.7757271088-17.0744727226
104.03426518653-2.003340557561.087573857417.749367994533.192046697687.35738746108-0.2098985509410.6357761098260.01355409775080.4356828807940.507708798966-1.339723043950.452507536021.76891408352-0.3343785786770.8580204869810.1236054868710.03169704530950.8282291847380.002673855083810.739856752442-17.5084151532-4.38898401843-22.5610110001
113.53076430537-3.577027275122.391816126013.58456170992-2.436664708311.996885888140.04111079499821.392365299542.23723458778-1.69238306183-0.330964022582-1.328603156071.651420465152.38462136530.1220225126991.393606376880.1344572847880.2587885329761.515108917540.1275370750461.25952792818-25.2170778973-7.29496915586-46.4988244162
128.40911415711-4.6483205611-1.652959443445.374164970140.2095547815227.495976290820.5179851917940.1447785939670.4698693290070.784455614169-0.0083272540014-2.381244752150.3919707572261.07546701161-0.7979870964411.052873066350.0373587544388-0.2434958498050.9058250626180.03339135014711.55925674619-24.9774503386-1.88765820446-42.1497679747
137.21081136221-0.908457219359-2.028582524093.80757377827-2.026036254854.47617017646-0.256765840627-0.8016012336240.6125467830850.2664909326830.1354126227741.13618196150.4273020206830.1366837841830.09240863972420.8105208894940.0174910975097-0.0970862245650.524115306473-0.05378614652310.596024784566-51.3340069596-7.60286749154-5.4230622238
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155.091696608692.203980161-1.188301288031.864786598221.097151499463.963147361810.3069707598940.6808562126010.6940648536040.2006986361850.22862001421.45300072457-0.586828335139-0.547462142221-0.4482501186861.145377298440.138107292419-0.09343305366830.7948435692610.2038624904310.786407592803-28.418995669238.922038694-33.9168182269
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 158 )AA7 - 1581 - 152
22chain 'A' and (resid 159 through 392 )AA159 - 392153 - 380
33chain 'A' and (resid 393 through 702 )AA393 - 702381 - 522
44chain 'A' and (resid 703 through 1134 )AA703 - 1134523 - 942
55chain 'B' and (resid 2 through 21 )BB2 - 21
66chain 'B' and (resid 22 through 31 )BB22 - 31
77chain 'B' and (resid 32 through 41 )BB32 - 41
88chain 'B' and (resid 42 through 51 )BB42 - 51
99chain 'B' and (resid 52 through 61 )BB52 - 61
1010chain 'B' and (resid 62 through 76 )BB62 - 76
1111chain 'B' and (resid 77 through 81 )BB77 - 81
1212chain 'B' and (resid 82 through 94 )BB82 - 94
1313chain 'C' and (resid -10 through -1 )CC-10 - -1
1414chain 'C' and (resid 1 through 10 )CC1 - 10
1515chain 'C' and (resid 11 through 20 )CC11 - 20
1616chain 'D' and (resid 1 through 10 )DD1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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