PDB-6wam: Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wam

タイトル

Structure of Acinetobacter baumannii Cap4 SAVED/CARF-domain containing receptor

要素

SAVED domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / nuclease / DUF4297 / SAVED / CARF / phage immunity

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Antine, S.P. / Cabrera, V. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / Lee, A.S.Y. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: CBASS Immunity Uses CARF-Related Effectors to Sense 3'-5'- and 2'-5'-Linked Cyclic Oligonucleotide Signals and Protect Bacteria from Phage Infection.
著者: Lowey, B. / Whiteley, A.T. / Keszei, A.F.A. / Morehouse, B.R. / Mathews, I.T. / Antine, S.P. / Cabrera, V.J. / Kashin, D. / Niemann, P. / Jain, M. / Schwede, F. / Mekalanos, J.J. / Shao, S. / ...

履歴

登録	2020年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wam.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wam.ent.gz	864.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wam_validation.pdf.gz	492.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wam_full_validation.pdf.gz	514.9 KB	表示
XML形式データ	6wam_validation.xml.gz	85.5 KB	表示
CIF形式データ	6wam_validation.cif.gz	116.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vm5C 6vm6SC 6wanC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wan-2 6wan-4 6wan-1 6vm6-6 6wan-3 6wan-5 3foa-1 1kcf-d 6vm6-2 6vm5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAVED domain-containing protein

B: SAVED domain-containing protein

C: SAVED domain-containing protein

D: SAVED domain-containing protein

E: SAVED domain-containing protein

F: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

314 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: SAVED domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.718, 111.377, 173.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.064, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	SAVED domain-containing protein 分子量: 52209.676 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0023_0548 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0VHC9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 16% PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→39.6 Å / Num. obs: 100775 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 45.38 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 5818 / CC_1/2: 0.808

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VM6

6vm6

解像度: 2.6→39.6 Å / SU ML: 0.2736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9673

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1993	1.98 %
R_work	0.1942	-	-
obs	0.1949	100725	88.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20800	0	30	317	21147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	21265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5805	28751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	3196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	3681
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8072	7761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.67	0.2796	88	0.2379	3954	X-RAY DIFFRACTION	50.04
2.67-2.74	0.2866	88	0.2343	4628	X-RAY DIFFRACTION	58.71
2.74-2.82	0.3005	115	0.249	5407	X-RAY DIFFRACTION	68.12
2.82-2.91	0.2714	124	0.2558	6093	X-RAY DIFFRACTION	77.3
2.91-3.01	0.2444	134	0.2443	7202	X-RAY DIFFRACTION	90.13
3.01-3.13	0.2892	160	0.2337	7892	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.13-3.28	0.3001	163	0.2377	7900	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.28-3.45	0.2719	152	0.2294	7928	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.45-3.66	0.2529	163	0.2007	7914	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.66-3.95	0.2261	154	0.1877	7846	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.95-4.34	0.2204	168	0.1676	7975	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.34-4.97	0.1803	164	0.153	7954	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.97-6.26	0.222	157	0.1835	7967	X-RAY DIFFRACTION	99.17
6.26-39.6	0.1684	163	0.1671	8072	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.434104321835	0.137762038959	0.375883320268	1.74743398402	-0.267030559624	0.851329787232	0.0704173532743	0.196841686254	-0.0272190506745	-0.162778477625	-0.0168792515258	-0.254468069567	-0.0327575047148	0.16415639856	-0.0568197977289	0.287339239082	0.00649250840503	0.0643368700419	0.420983027949	-0.0704376653979	0.389220891291	83.9376602033	-17.4659249066	24.6087930846
2	1.48006729338	0.288113571886	0.778291699431	0.883423319656	0.861145013656	2.18516920322	0.182378020158	0.0994672717252	-0.15832318732	0.0254647715455	0.056160611537	-0.249372025256	0.267867301174	0.302427304801	-0.186051083735	0.271763235337	0.0203293016545	-0.0303724570186	0.348225933216	-0.0281452206473	0.494825964871	100.318634375	-25.1471878028	47.453499945
3	2.92907220936	0.0521926735996	0.618456959719	2.14475606556	0.0261903793483	2.47153020949	0.19379756064	-0.47361187916	-0.232839249791	0.383325176159	0.0145206343051	-0.132991747663	0.43126904375	0.205272969006	-0.219401333816	0.443999255482	-0.0297407865107	-0.144579194075	0.525579586587	0.0658734420472	0.489722084943	107.773302862	-22.1579592657	69.378658031
4	0.702517841331	-0.0217532612595	0.390322638395	1.16174189899	0.135852173493	1.10689658366	0.134750362616	-0.0174499631049	-0.132990336409	0.0605629830275	-0.0551490676024	0.0830478502453	0.159997649232	-0.169880577151	-0.0607860198704	0.255006426034	-0.0352432780702	0.0126096546013	0.38656631016	0.0130006699325	0.336921439611	35.4570679016	-24.2087371445	47.2287235631
5	2.96899600782	-0.134564508433	-1.97110049134	2.39613318612	0.0613532458711	2.98295195979	0.146321285594	0.153968888103	0.14739416485	0.186394930984	-0.109053331751	0.754387694473	-0.260148676333	-0.767256675763	-0.0690678323841	0.368899000923	0.0148062262065	0.0813491633095	0.702613222472	0.0497380889789	0.466868386895	23.2674955895	-4.15389476209	53.0553584828
6	0.755521525679	-0.294323813115	0.41516755993	0.431317300469	-0.679272863057	2.03015356949	0.00149756744065	-0.129692834007	-0.0411663797125	0.191428379548	0.00421600347766	0.112505354197	-0.0969199513109	-0.198315781212	0.00398720891687	0.302750693961	-0.0710904432258	0.0485936473669	0.319464787919	0.0152914603889	0.315016844705	40.3046953707	-12.2688345404	72.3749185701
7	2.19654213333	0.00106633486726	0.943237831193	0.503142724065	-1.26667743161	3.97099018246	-0.16287943387	-0.825330952725	0.412171307987	0.646327600351	0.0997699482913	0.326406038942	-0.765954859688	-1.4616658105	0.0606831321809	0.669644686017	0.0495205466761	0.121233180493	0.7030576087	-0.114281152214	0.437430878283	33.5067400051	-8.02320279289	90.4260940199
8	2.80150511405	-0.140156294405	-0.665874990067	1.74925494763	-0.662226614177	0.771214714616	0.13773874356	-0.787006512006	0.215847312254	0.883909489714	0.0420673162969	-0.693985409862	-0.34598882691	1.06028921044	-0.181076424852	0.727519410729	-0.215468457821	-0.0682885223108	1.02700652521	-0.0944134191216	0.503001193537	53.5010855464	-16.2872745501	102.008356616
9	2.8281496263	-0.280789939239	0.0833432525298	2.63870755965	-0.0682862958479	1.32818459384	-0.0584732095271	-0.441979765023	0.0787618413923	0.508843552008	-0.0764033104574	-0.161733709404	-0.496975176567	0.364117799557	0.103442812776	0.807963624129	-0.153377449807	-0.00329885993961	0.824960924695	-0.0196304455253	0.358336486876	47.7208273543	-11.0596956066	98.4166405053
10	2.39567847796	-0.512529662	0.252869374278	0.868463481776	0.578063231888	2.47297194285	0.0579139531415	-0.156760125978	0.15074687346	0.190492355477	-0.100222760603	-0.211527779047	-0.406932820172	0.720786146563	0.0838998947045	0.539082038357	-0.218871424948	0.0215359816294	0.615987879715	0.0459466214028	0.323431267058	50.7241324935	-15.8971237684	90.2046101183
11	1.36581698458	0.263994721487	0.175714446019	0.430855061755	0.208437215553	1.35103807949	-0.0150478606833	0.0165127572509	0.0598251325936	-0.0312629072624	0.0428714341594	-0.0330278176955	0.0160222144465	0.0202328715058	-0.0203191635903	0.283524425273	0.0416417314794	0.0287323165233	0.221881519908	0.0367241198264	0.203204608997	52.8753467057	3.1605804756	30.4913286267
12	2.0731974534	0.222723685613	1.70352503155	1.19168461091	0.924269480879	2.40077129107	-0.182195645527	0.11760234608	0.279435218967	-0.165077327792	0.180386685795	0.0105113729996	-0.433801221478	0.0381972005096	-0.0479743259677	0.404662060304	-0.0147086903156	0.0751317295667	0.247255271051	0.110576803197	0.282429446	55.9996100069	10.7384769314	26.1525244727
13	1.24207822454	-0.644280068197	-0.203922646003	0.584011814843	0.26930811702	1.33875366834	0.100680796432	0.29994736966	0.078276031547	-0.26061881992	-0.0230427418153	0.00615643917813	0.00808734018652	-0.0942029177773	-0.0818691764278	0.39205196446	-0.0185549767632	0.0112473863606	0.305549941103	0.0504621967977	0.266792137131	51.6094861782	-7.799123809	9.09670531135
14	2.43104391644	0.725289234889	-0.755677666814	1.4571855818	0.245056331167	1.52149613704	0.188757816387	1.28507967982	-0.37882398376	-0.682687099014	-0.119305871203	-0.211996672297	0.400348387713	0.369807354121	-0.0588931028265	1.00817534144	0.223448972163	-0.0110204251001	1.07437929963	-0.17525040747	0.46765172755	64.3844177244	-19.0503874616	-14.6492604689
15	2.82472918083	-1.17047027186	0.673973482711	0.776668807581	-0.48850386899	1.52572173866	0.451655537236	0.744206870221	-0.330648476885	-0.518821580446	-0.238321330881	-0.122351324644	0.255840313812	0.144760615576	-0.16867781612	0.763664176995	0.146167313153	0.0581181185861	0.728844810072	-0.159932083244	0.424836630929	67.3971518276	-18.5558051543	-5.05118200528
16	1.15983406448	0.084340383728	-0.0941535372793	0.178283279307	-0.239548674129	1.3860753143	0.026941246331	0.149325071727	0.0614304261213	-0.052534582876	0.00147116949237	-0.132568509061	-0.0642019405617	0.0769050334341	-0.0205109512039	0.249082828554	-0.00142604510796	0.00436953088184	0.168092086678	-0.0333388688984	0.301288168422	76.4784555788	-0.800878685342	53.7255650331
17	0.837842523528	-0.143430350582	0.0103990918447	1.7556721324	0.644740729521	1.88430565149	0.090815098197	-0.186883707731	0.0780251480376	0.468011405654	-0.12702024148	-0.151346948311	-0.115492778021	-0.0419764532583	0.0307951631086	0.450587136743	-0.0128896100502	-0.0423003297576	0.245815611756	-0.00815896748776	0.356927603235	66.8673850038	1.02839610079	77.34312301
18	1.35165761329	-0.884585194984	0.307821379053	1.50106929495	0.0979570689257	1.4335733531	0.0335207914305	-0.0490250608625	0.0754364979103	0.0911702126411	-0.00342399138304	0.049909657457	-0.188844531965	-0.0716916780436	-0.0174693287122	0.26999672531	0.0243328864579	0.0345330525122	0.253446394699	-0.00985086950132	0.288570969683	50.4429437988	14.185715553	57.4030597281
19	4.13761013113	-1.6314848881	1.9372454947	2.92610285574	-0.664084459629	2.1461157063	-0.0288626516848	-0.498829928515	0.30919846867	0.233974277786	-0.012425313496	0.209898878213	-0.384527693626	-0.677458191184	0.0526058930444	0.663970071449	0.241753442707	0.127496175644	0.638391091847	-0.108195390067	0.547498363419	36.252805058	28.9044056847	62.7411848842
20	2.48457317145	0.532832577236	0.137676859026	3.37344244829	-0.0321950978434	2.23754124591	-0.0469405190392	-0.291996676079	0.404730168323	-0.116268661174	0.205699636489	0.169797601579	-0.341009425025	-0.322842723727	-0.185463198315	0.528212416038	0.232856188319	0.0809566112432	0.590048742965	-0.0571109040948	0.638324918833	32.0676406098	28.7069612072	61.6497325526
21	1.86585971484	-0.695065803331	0.954086950669	1.52681347505	0.634334907143	1.82514863508	0.0072203193783	-0.151180105518	-0.107318684345	-0.179150011415	-0.132660223515	0.289781425466	-0.223109754608	-0.429748015743	0.0955627855176	0.430317217965	0.163219245114	0.0575137272687	0.463971088301	-0.0376331000342	0.505335699948	36.1125757248	22.3153681118	55.1256962636
22	1.52164378513	-0.207460243172	0.148669005479	0.43610907741	0.317630415905	0.769449576562	0.0649584914833	0.0308123595844	-0.109623459187	-0.0121382617507	-0.0290012830354	-0.0692979726725	0.126666376117	-0.0789966489926	-0.0165220220473	0.367618368143	-0.00165878551505	-0.0270456782925	0.203349187852	0.0248690699065	0.301086796083	63.3030057998	-33.7499898957	62.7197905491
23	1.35378521971	-0.151393472431	0.264597634666	0.525635610938	-0.0780697804058	1.09046193518	0.104873369809	-0.193693306779	-0.188808922094	0.252352227975	-0.0657215738823	-0.0793910239907	0.269972137899	-0.159644946703	-0.0501308781905	0.488406628408	-0.0216733008756	-0.0360277392834	0.217059949708	0.0498843638459	0.370949961715	66.7320104131	-38.9840714939	67.9316248619
24	0.952684862626	-0.146967179161	0.663405106721	1.24296170701	0.570069100234	2.09368822159	0.107840330598	0.041468083893	-0.360392892665	0.176483273408	0.106359973402	-0.237405973688	0.441040710349	0.233066160081	-0.202509580657	0.400225043354	0.0704079146321	-0.00490308325545	0.268660534376	0.0164078263679	0.429231669538	81.9509854617	-47.896987055	49.4083816554
25	0.928769771029	0.403228667457	0.331777537812	1.81660931465	0.809495987156	0.858917787057	0.128893442711	0.646282755075	-0.999344543189	0.0284250459432	0.420508023285	-0.7011436041	0.664433933288	0.64556442484	-0.497378445385	1.02618450997	0.307216853314	-0.0725054460196	0.977576215471	-0.406736357223	1.25919085238	93.0510064869	-64.3989746854	34.8150670443
26	1.97386885285	0.280758723375	1.4826100627	2.80142415832	-0.0161320965273	2.79052038561	-0.0219805273607	0.745091338314	-0.664355702295	-0.334175305365	0.634334401532	-0.769738615381	0.324880797697	0.92246985906	-0.429211689108	0.785681495729	0.165560198773	0.103161904621	0.662699584133	-0.324804495282	0.893910835427	86.6874272946	-58.9560502238	32.1634442364
27	0.745891377108	-0.202230548694	-0.130549637822	0.205494859032	-0.289954548526	1.70360519629	0.0034806054232	0.00390065914162	-0.189445962197	-0.00213158131092	0.0649840638771	0.0335347559867	0.253939348962	-0.0851250922252	-0.059391592645	0.374329327834	-0.0277866390755	-0.0477132222948	0.29616555472	-0.0703838490512	0.348893699677	55.4071339794	-42.4166619319	32.2181428047
28	0.840974999001	0.164691067883	0.494901752733	0.549470154845	0.625965330859	2.05434771205	-0.13673708372	0.16662586479	-0.2727154491	0.123098089439	0.114090450786	-0.102927447732	0.291740131194	-0.089115719419	0.0221288845425	0.485906046476	-0.0242430192162	-0.0171050343396	0.443934753696	-0.151419631144	0.439888407335	58.9666856636	-42.8109783085	8.483315066
29	2.28488851612	-0.865648053281	-0.511703563998	0.81315831034	0.429990866414	1.02394206295	0.065663733833	0.414815881093	-0.123596625039	-0.158390614878	-0.0932507450159	0.157262197234	0.155879789851	-0.351943332434	0.0338194375077	0.385938805166	-0.0344788583548	-0.0670579507454	0.437754166925	-0.0628393746067	0.323438604974	35.9770688506	-29.5014799479	14.4863987013
30	2.77543271595	0.0867183882718	-0.36272537472	0.624240077824	0.109232279295	2.18292429509	0.321847031433	1.21040694413	0.479754572054	-0.464710156096	-0.202183761593	0.277461830812	-0.499655034708	-0.972581015523	-0.146574523711	0.572079600396	0.173067615347	-0.13205062254	1.30163232468	0.148417184903	0.724388460127	14.2850250286	-18.009838155	8.28736970081
31	3.53850195092	0.0481538280498	-1.88531034623	3.64521322988	0.279196537729	4.14299997207	0.715972879718	0.498160066549	0.992308997158	-0.230241975411	-0.621478475663	-0.0948918411525	-0.355360201452	0.508769677442	0.103712925352	0.385082594357	0.0934376101117	-0.0357890909423	0.86831221009	0.210742998197	0.695615738731	19.328858063	-17.9245085818	19.4121233455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 209 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 210 through 342 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 343 through 462 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 15 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 167 through 209 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 210 through 318 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 319 through 342 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 343 through 372 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 415 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 416 through 461 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 14 through 133 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 134 through 189 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 190 through 318 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 319 through 427 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 428 through 462 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 15 through 166 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 167 through 234 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 235 through 318 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 319 through 372 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 373 through 414 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 415 through 462 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 14 through 133 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 134 through 209 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 210 through 318 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 319 through 415 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 416 through 461 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 14 through 166 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 167 through 209 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 210 through 330 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 331 through 436 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 437 through 462 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)