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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wae | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of 6X-His tagged SmcR | ||||||
![]() | LuxR family transcriptional regulator | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / quorum-sensing / transcription factor / DNA-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.D. / Russell, M.M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The DNA binding domain of the Vibrio vulnificus SmcR transcription factor is flexible and binds diverse DNA sequences. 著者: Newman, J.D. / Russell, M.M. / Fan, L. / Wang, Y.X. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 419.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 287 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25917.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: smcR, vvpR, CRN32_08135, CRN52_17705, D8T54_02235, D8T65_23975, JS86_16400 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M of Lithium Sulfate, 0.1 M Imidazole buffer pH 7.6-8 and 6-10% PEG3350 PH範囲: 7.6 - 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→78.82 Å / Num. obs: 57324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 35.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.147 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.16 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2841 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.684 / Rrim(I) all: 1.688 / Rsym value: 1.539 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3kz9 解像度: 2.13→66.92 Å / SU ML: 0.2862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 28.905
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→66.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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