PDB-6wae: Crystal Structure of 6X-His tagged SmcR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wae

タイトル

Crystal Structure of 6X-His tagged SmcR

要素

LuxR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / quorum-sensing / transcription factor / DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Newman, J.D. / Russell, M.M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The DNA binding domain of the Vibrio vulnificus SmcR transcription factor is flexible and binds diverse DNA sequences.
著者: Newman, J.D. / Russell, M.M. / Fan, L. / Wang, Y.X. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C.

履歴

登録	2020年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wae.cif.gz	419.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wae.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wae	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wafC 6wagC 6wahC 6waiC 3kz9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kz9-1 6wag-1 3kz9-2 5wm9-2 5d1w-1 5x3r-2 5b4w-5 5d1w-3 4icy-d 6wai-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.161, 99.323, 129.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	LuxR family transcriptional regulator / SmcR / SmcR-like protein / TetR/AcrR family transcriptional regulator / VvpR 分子量: 25917.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) 遺伝子: smcR, vvpR, CRN32_08135, CRN52_17705, D8T54_02235, D8T65_23975, JS86_16400 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L8G8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M of Lithium Sulfate, 0.1 M Imidazole buffer pH 7.6-8 and 6-10% PEG3350 PH範囲: 7.6 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→78.82 Å / Num. obs: 57324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.147 / R_sym value: 0.137 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.13→2.16 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2841 / CC_1/2: 0.618 / R_pim(I) all: 0.684 / R_rim(I) all: 1.688 / R_sym value: 1.539 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3459	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3kz9

3kz9

解像度: 2.13→66.92 Å / SU ML: 0.2862 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 28.905

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	2946	5.15 %
R_work	0.2106	-	-
obs	0.2129	57220	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→66.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6556	0	33	352	6941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	6712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7027	9101
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0433	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.8146	3148

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.16	0.4168	143	0.3433	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.16-2.2	0.322	135	0.3168	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.2-2.24	0.3193	155	0.2858	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.24-2.28	0.3291	134	0.2726	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.28-2.33	0.294	146	0.2634	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.33-2.38	0.2931	142	0.2529	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.38-2.44	0.2773	128	0.2402	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.44-2.5	0.2979	128	0.2373	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.5-2.56	0.321	144	0.2368	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.56-2.64	0.3468	128	0.2396	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.64-2.72	0.2694	129	0.2228	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.72-2.82	0.2573	137	0.2132	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.82-2.93	0.2299	144	0.219	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.93-3.07	0.2688	131	0.2305	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.23	0.2831	133	0.2283	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.23-3.43	0.3071	132	0.2118	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.43-3.7	0.2624	141	0.1909	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-4.07	0.22	160	0.1831	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.66	0.1995	139	0.1567	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.66-5.87	0.2414	158	0.183	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
5.87-66.92	0.1957	159	0.1906	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.05

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.49707892267	-0.590320364399	-2.45696083065	0.77684754665	1.75352422831	5.06306513064	-0.286842733129	0.217971037124	1.58984336926	0.182552657837	-0.259049068434	-0.0899780607352	0.537357117862	0.0241172050829	0.0641075193429	0.942588030649	0.0519148961286	-0.248134550021	0.74648749099	-0.0988592512503	0.836885552478	37.1508072121	37.209280392	-1.99408551854
2	2.10439692038	0.323259678257	0.680341792803	4.07406846824	0.995023488807	0.966877139473	0.115208969	-1.04643082395	0.802803040383	-0.0279457807063	-0.746535656005	0.229291975925	-0.230700615112	0.114489696687	0.0420177264207	0.499617201216	-0.164094066549	-0.0723850881524	0.421396004519	-0.15625073348	0.492504243768	33.5552325461	26.8807303487	-2.00385656294
3	1.82133479926	1.16476939138	-0.385347547592	3.15806908346	2.93052826303	4.51586704334	-0.0937479385478	-0.00614257173396	-0.467877200274	-0.147754802385	-0.173828806875	-0.897564195641	0.705325182134	0.78616225395	0.202665879286	0.623549581168	0.0721882391988	0.0382993809221	0.701676224004	-0.148355157877	1.06612258687	42.4860422446	17.3256151863	-7.29839934176
4	0.954383171638	-0.111789929253	0.676452573577	2.31005294078	-1.49964754288	1.33901952065	0.545120311325	-0.788147593293	-0.0459589857626	0.537172339786	-0.820250932265	-1.28671486433	-0.898281179126	0.440670295042	0.121092094115	0.681770091466	-0.157636048949	-0.0471832346238	0.834272800608	0.0840141122848	0.596804203087	42.327224418	26.6167274792	1.01843128272
5	5.38755716432	1.14932492788	2.22361028795	1.40467928657	0.375747383744	2.51656301413	0.172139054169	-0.857033783506	0.020092344006	-0.0708840767945	-0.166357223766	0.0198491345009	-0.271724284159	0.0933800753445	0.0644129363951	0.449367159989	0.0170500187547	-0.0537988172459	0.435295847682	-0.124007443567	0.409772606412	25.3376090859	16.925740562	-1.37099386511
6	1.15088289796	0.377333329866	0.219647124199	1.73474827573	-0.298493089822	1.80406492751	-0.0589880603958	-0.130590590742	0.221564929242	0.238561934189	0.0188294986139	0.120030358668	-0.27997643385	-0.0338525340258	0.0527408222209	0.329960553771	0.0619246963573	-0.0122022738	0.26956881501	-0.0813290006048	0.288221009349	19.4304177302	10.8910801451	-8.50826269761
7	4.34092513656	0.775495870621	-0.450688811268	2.1895573718	-0.114602213361	1.72023150236	-0.108923439155	0.15282929998	-0.19342553878	0.0542177006573	0.0308822094952	0.078982786027	0.020171281812	-0.225810059002	0.0451010597687	0.314290403511	0.0129546929238	-0.0442171052919	0.317854096985	-0.0346690517627	0.316861997114	17.2365305148	4.25368290374	-14.2993830931
8	2.0161202343	-0.88899687079	0.886563078184	1.39129973324	1.07284735894	2.01157387796	-0.134815326976	0.174799185625	0.433306809862	-0.236227848918	-0.101361053248	0.140744095561	-0.104913048013	-0.224508988667	-0.0119481643492	0.323679350885	0.0827561622497	-0.0586481583755	0.454110892026	-0.0364385173145	0.403216930422	11.3132166052	7.48711461916	-23.418674505
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35	2.59219838913	-0.363139373809	2.33597927758	1.24474054729	-0.175524267271	3.35042546822	-0.0502883051774	0.292466145363	0.138364153455	-0.118962229217	-0.259952394368	-0.115316158909	0.130504019764	0.720008100458	0.00811558043453	0.265797053088	-0.0135404205455	0.00533077564465	0.360010993422	-0.0321618260315	0.250390882129	8.67073340783	-49.2260070955	-19.0173816313
36	3.74598609366	-0.824630635284	1.29241559724	2.5789362904	-0.853195688227	2.44475541752	-0.0523987438787	-0.84692566338	-0.294302983124	0.200973546176	0.0741142288614	-0.0630728512657	0.05452079805	-0.381999465505	-0.0181750762851	0.387792445149	0.00540922013537	0.0163051275337	0.308923502548	-0.0321289256826	0.360462434433	4.22483100865	-59.2126578355	-12.2872902358
37	1.01027594105	-0.331251551568	-0.624083372998	4.14260518088	4.17619878585	4.29398878848	-0.492570372194	0.357816148526	-0.528357392703	-0.744150493809	0.281256115361	0.523223028358	0.306078544398	-0.337245433028	0.0272861109	0.570981728454	-0.106081722002	-0.031583714068	0.44762343679	-0.0596362613632	0.401143961167	-6.42683366235	-58.3370338839	-28.5745735147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 38 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 60 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 83 through 149 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 150 through 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 180 through 205 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 13 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 14 through 32 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 33 through 59 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 60 through 82 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 83 through 105 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 106 through 133 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 134 through 149 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 150 through 178 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 179 through 196 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 197 through 203 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 3 through 13 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 14 through 32 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 33 through 59 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 60 through 82 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 83 through 105 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 106 through 118 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 119 through 125 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 126 through 149 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 150 through 178 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 179 through 205 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 5 through 13 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 14 through 32 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 33 through 82 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 83 through 105 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 106 through 133 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 134 through 158 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 159 through 179 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 180 through 196 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 197 through 203 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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