PDB-6w78: crystal structure of a plant ice-binding protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w78

タイトル

crystal structure of a plant ice-binding protein

要素

Antifreeze polypeptide

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / ice-binding / ice recrystallization inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Daucus carota (ニンジン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.311 Å

データ登録者

Wang, Y.N. / Zhang, H.Q.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Carrot 'antifreeze' protein has an irregular ice-binding site that confers weak freezing point depression but strong inhibition of ice recrystallization.
著者: Wang, Y. / Graham, L.A. / Han, Z. / Eves, R. / Gruneberg, A.K. / Campbell, R.L. / Zhang, H. / Davies, P.L.

履歴

登録	2020年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w78.cif.gz	233.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w78.ent.gz	185.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w78_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w78_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	6w78_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	6w78_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ogqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2z66-4 4gh8-d 5mfl-1 6s9o-6 2z66-1 4psi-d 2wcu-d 5kob-2 2gs9-d 3kze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (6) #120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (3) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (6)
#120 - 2009年12月
不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (3)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Antifreeze polypeptide

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.895, 57.453, 135.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Antifreeze polypeptide / Antifreeze protein

分子量: 37160.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Daucus carota (ニンジン) / 遺伝子: AFP, afp / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O82438

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2 M sodium malonate (pH 4.0), and 20% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 13160 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 0.491 / Num. unique obs: 690

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OGQ

1ogq

解像度: 2.311→37.414 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 13.739 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	688	4.968 %
R_work	0.1622	-	-
all	0.165	-	-
obs	-	13848	99.39 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.107 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.166 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.058 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.311→37.414 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2413	0	28	114	2555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.047	1.655	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.371	1.585	5406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.722	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.238	23.84	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.941	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.527	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.142	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.66	2.683	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.659	2.681	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.483	4.021	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.482	4.024	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.755	3.053	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.755	3.055	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.314	4.44	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.313	4.442	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.64	32.146	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.642	32.091	2667

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.311-2.371	0.275	50	0.168	880	X-RAY DIFFRACTION	94.2249
2.371-2.436	0.177	56	0.168	934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.507	0.27	53	0.158	892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.507-2.584	0.246	39	0.164	909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.584-2.668	0.265	40	0.186	857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.762	0.276	40	0.163	843	X-RAY DIFFRACTION	99.8869
2.762-2.866	0.293	45	0.164	792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.866-2.983	0.226	49	0.168	766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.983-3.115	0.225	44	0.162	721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.115-3.267	0.246	36	0.147	740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.267-3.443	0.248	33	0.146	678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.443-3.651	0.229	23	0.149	657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.651-3.903	0.189	34	0.15	617	X-RAY DIFFRACTION	99.8466
3.903-4.214	0.209	27	0.145	574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.214-4.615	0.208	21	0.148	538	X-RAY DIFFRACTION	99.8214
4.615-5.156	0.219	34	0.158	466	X-RAY DIFFRACTION	99.8004
5.156-5.948	0.208	21	0.19	442	X-RAY DIFFRACTION	100
5.948-7.271	0.274	19	0.185	377	X-RAY DIFFRACTION	100
7.271-10.224	0.144	17	0.167	304	X-RAY DIFFRACTION	100
10.224-37.4	0.164	7	0.233	173	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.576 Å / Origin y: -12.9385 Å / Origin z: 19.9902 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0133 Å²	0.0005 Å²	-0.0085 Å²	-	0.0149 Å²	-0.0194 Å²	-	-	0.0414 Å²
L	1.2548 °²	0.295 °²	-1.2369 °²	-	0.9855 °²	-0.5239 °²	-	-	3.2655 °²
S	0.0579 Å °	-0.044 Å °	0.0937 Å °	0.0375 Å °	0.0384 Å °	0.0129 Å °	-0.1644 Å °	0.1191 Å °	-0.0963 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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