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- PDB-6w6x: Crystal Structure of ABLE Apo-protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w6x
タイトルCrystal Structure of ABLE Apo-protein
要素De novo designed ABLE protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / 4-helix bundle / de novo / ligand-binding
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.297 Å
データ登録者Polizzi, N.F.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: A defined structural unit enables de novo design of small-molecule-binding proteins.
著者: Polizzi, N.F. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed ABLE protein
B: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0417
ポリマ－27,6352
非ポリマー4065
水5,693316
1
A: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9733
ポリマ－13,8171
非ポリマー1552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0694
ポリマ－13,8171
非ポリマー2513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子

A: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9456
ポリマ－27,6352
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2280 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
4
B: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子

B: De novo designed ABLE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1378
ポリマ－27,6352
非ポリマー5026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.426, 43.648, 91.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

21A-460-

HOH

31B-437-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 De novo designed ABLE protein


分子量: 13817.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.6 M AmSO4, 0.1 M Na acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.267→45.905 Å / Num. all: 53412 / Num. obs: 53412 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 4.9 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 330471
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.27-1.345.20.5071.33932675010.2660.6410.5071.695.2
1.34-1.426.20.3851.74560373780.190.4820.3852.698.9
1.42-1.516.10.2162.64154568240.1070.2720.2164.897.4
1.51-1.646.40.1613.64152964860.0780.20.1618.199.6
1.64-1.796.50.124.93897059930.0580.1470.1211.799.6
1.79-26.10.0836.93298153920.0410.1020.08316.698.7
2-2.316.70.0649.13213248040.0290.0780.0642499.9
2.31-2.836.60.05710.12676440860.0260.0670.0572899.8
2.83-4.016.10.04910.91932331510.0230.0590.04930.299.2
4.01-45.9056.80.0459.61229817970.0190.0510.04532.899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Designed model

解像度: 1.297→45.905 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 23.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2472 4.95 %
Rwork0.1664 --
obs0.1688 49894 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.51 Å2 / Biso mean: 23.238 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.297→45.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 29 316 2259
Biso mean--60.75 31.79 -
残基数----252
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2973-1.32230.29871250.2663255098
1.3223-1.34930.32051180.2599270299
1.3493-1.37860.28461300.2439254899
1.3786-1.41070.29291600.2288263999
1.4107-1.4460.29121550.2289250097
1.446-1.48510.26911490.2123254896
1.4851-1.52880.19871660.1787260798
1.5288-1.57810.2241150.1704262899
1.5781-1.63450.24621340.16172656100
1.6345-1.70.19451400.1509266399
1.7-1.77730.20591290.15662675100
1.7773-1.8710.20331400.1611262399
1.871-1.98830.23251260.1591265598
1.9883-2.14180.2021410.14852626100
2.1418-2.35730.17851160.14922701100
2.3573-2.69840.19881310.15532685100
2.6984-3.39950.21631360.1632711100
3.3995-45.9050.2041610.1669270599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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