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- PDB-6w5d: Crystal Structure of Fab RSB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w5d
タイトルCrystal Structure of Fab RSB1
要素
  • RSB1 Fab Heavy Chain
  • RSB1 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / RSV / antibody / neutralization / prefusion / vaccine
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Harshbarger, W. / Chandramouli, S. / Malito, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Convergent structural features of respiratory syncytial virus neutralizing antibodies and plasticity of the site V epitope on prefusion F.
著者: Harshbarger, W. / Tian, S. / Wahome, N. / Balsaraf, A. / Bhattacharya, D. / Jiang, D. / Pandey, R. / Tungare, K. / Friedrich, K. / Mehzabeen, N. / Biancucci, M. / Chinchilla-Olszar, D. / ...著者: Harshbarger, W. / Tian, S. / Wahome, N. / Balsaraf, A. / Bhattacharya, D. / Jiang, D. / Pandey, R. / Tungare, K. / Friedrich, K. / Mehzabeen, N. / Biancucci, M. / Chinchilla-Olszar, D. / Mallett, C.P. / Huang, Y. / Wang, Z. / Bottomley, M.J. / Malito, E. / Chandramouli, S.
履歴
登録2020年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: RSB1 Fab Heavy Chain
L: RSB1 Fab Light Chain
A: RSB1 Fab Heavy Chain
B: RSB1 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2294
ポリマ－110,2294
非ポリマー00
水10,503583
1
H: RSB1 Fab Heavy Chain
L: RSB1 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1142
ポリマ－55,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
A: RSB1 Fab Heavy Chain
B: RSB1 Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1142
ポリマ－55,1142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.360, 82.487, 75.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.893, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNALAALAchain 'A'AC1 - 12520 - 152
121GLYGLYGLUGLUchain 'A'AC134 - 212161 - 239
231GLNGLNALAALA(chain 'H' and (resid 1 through 126 or resid 134 through 213))HA1 - 12520 - 152
241GLYGLYGLUGLU(chain 'H' and (resid 1 through 126 or resid 134 through 213))HA134 - 212161 - 239
152GLNGLNSERSERchain 'B'BD1 - 921 - 29
162VALVALPROPROchain 'B'BD11 - 20830 - 232
272GLNGLNSERSERchain 'L'LB1 - 921 - 29
282VALVALPROPROchain 'L'LB11 - 20830 - 232

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 RSB1 Fab Heavy Chain


分子量: 29977.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RSB1 Fab Light Chain


分子量: 25137.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.55 Å / Num. obs: 55626 / % possible obs: 89.09 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.41 Å2 / CC1/2: 0.84 / Net I/σ(I): 14.66
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 4080 / CC1/2: 0.748

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W52

6w52


解像度: 2→35.55 Å / SU ML: 0.2706 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.207
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 1988 3.81 %
Rwork0.2322 --
obs0.2339 52220 88.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6401 0 0 583 6984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00366556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7378954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05271027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7184918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.24321050.22932561X-RAY DIFFRACTION63.98
2.05-2.10.29881020.23663104X-RAY DIFFRACTION76.79
2.1-2.160.30441450.24163412X-RAY DIFFRACTION84.79
2.16-2.230.29721680.24723599X-RAY DIFFRACTION89.86
2.23-2.310.34141330.24953696X-RAY DIFFRACTION91.54
2.31-2.410.31221460.24583677X-RAY DIFFRACTION91.46
2.41-2.510.30551470.25333617X-RAY DIFFRACTION89.56
2.51-2.650.3121390.25323582X-RAY DIFFRACTION88.87
2.65-2.810.28591440.24563928X-RAY DIFFRACTION96.58
2.81-3.030.27241630.23783874X-RAY DIFFRACTION95.87
3.03-3.330.27041600.23183840X-RAY DIFFRACTION95.6
3.33-3.820.25961550.22523912X-RAY DIFFRACTION96.28
3.82-4.810.24431290.20883489X-RAY DIFFRACTION85.27
4.81-35.550.26821520.22383941X-RAY DIFFRACTION94.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2212294190120.211243103486-0.0379655382060.8233472419780.1928693419020.4364037755450.038341084234-0.0802981058201-0.000507424298431-0.122228600554-0.002507162590850.08179413819580.04576500167720.266993091475-0.001710800586950.2538765273470.04654702228690.0285736624360.19796271947-0.02026279364420.134201564807-31.88091339399.519815954952.52296227809
20.418603057683-0.3273014075750.3502806624470.335951102021-0.3014684534260.5109676633280.120192459957-0.0574933848515-0.009610733730670.0316188053499-0.0490603765528-0.0175674087093-0.00630199661332-0.07299855024410.001677871456950.108309121905-0.005398847117150.03374076589680.11646053357-0.01229865766220.139373278567-42.27640108068.0447033596940.1856165671
30.0416488218830.02588920476940.04126839680050.110917588157-0.1384762358860.1163994807160.08219703959570.0949800932652-0.0674842179912-0.2378819462380.0544190442323-0.258701444465-0.1739929394190.1280825860450.02160456730810.17207201389-0.02193906589830.03412591785950.243072864602-0.02479647412410.253506675743-2.49824770103-7.8798398124322.7215235364
40.2146606474860.207809523208-0.09509400023740.4999834473380.1454805631720.451063858545-0.06159755603720.0209420953081-0.033854295628-0.03309765606880.0208364745084-0.170186041329-0.0592871797968-0.019071961857-0.05301041011550.1137046487560.00261687832607-0.01825391797940.1355284277580.01109031852950.192752244735-3.24326207799-4.9817392481931.5582464573
50.0134035679285-0.0341265173949-0.062052297080.1160421253160.1775487764380.2990555855530.08059195145460.158194722940.274441048084-0.16528408970.0412661001362-0.0713500962465-0.2948011581380.06056187353890.5410691990520.335598329005-0.09881984063640.002846577129010.366210156370.5905348929730.1917949741628.57398195849.72435601171-7.20574158799
60.8550071285390.3069989364750.1602291782421.32220140877-0.1674619146111.50372226538-0.301113675647-0.2026303367290.2983964882960.564215911592-0.23169014023-0.629950255648-0.5103971614260.0684139549815-0.7724573552770.314188418701-0.0340937464258-0.1456844815720.1791452727590.1458417328110.4048579390824.915030447611.935711019682.24863018304
70.238640385242-0.1034831991960.03548055840560.6668489229590.02125860183350.489854146034-0.0134436612351-0.0219884094490.0117878935807-0.06024962835180.0144296991683-0.0285824809318-0.0897580672539-0.02780483241623.6046352726E-50.0591371579416-0.0111992668645-0.006815911030560.0747648950098-0.005745880554770.122361363659-0.54524078950815.420825143934.8941938765
80.193813187838-0.3276520468570.1627781950150.364794083517-0.181854880760.1719521692980.117938433352-0.05502861925130.0253487405507-0.0509930935531-0.0332776953678-0.01951471132240.026680304901-0.108997608894-7.28335812092E-50.301688836772-0.01734308056890.0002813053477560.273818619829-0.01729767321310.200741994531-4.2974035362215.848200939-2.76874834251
90.02296903084180.0300409817420.02556955190910.0468842468777-0.01659493142870.124917439740.237859193140.1358753677270.02553617612460.00699679276573-0.1263256023320.00293236135597-0.157227957751-0.01168781026980.0006405942850960.2305692908870.0250553464719-0.005916278782820.24235634870.01733114507290.198130020508-35.973773788231.646907712215.1616604294
100.02229129596360.0377762310337-0.01703654049810.045643781019-0.01409631838080.0689358581419-0.160012145160.006379408192320.002020708113410.18947434648-0.0759643224036-0.370350442513-0.1592109636620.41545652819-0.001750807476490.329720727367-0.02522081465760.01030571009220.4084550631080.09578611910860.32112120417-26.651354607532.84821703055.8706876354
110.346703041426-0.1040614265910.08063371426040.3093514204820.08199836237990.3304497558-0.2895774533520.0165861558423-0.00619210852624-0.2380329507790.1937004047840.08957140937210.0260594196972-0.100152667656-0.0622127523380.252150842176-0.007910225803580.0474290486130.1574863003450.006946783771370.138694772111-37.506224360730.13183762273.30685795871
120.3074944218880.01069319830840.06199701237870.3002920576640.1143729651510.6405664790320.0117978708296-0.0476573894509-0.00737011482626-0.09632233120430.0858071296308-0.0959886392447-0.06552711551270.003441603196530.01619236066220.09019372069420.006005347654950.03331962330940.09375902860670.01882515007150.143992291432-36.303205499524.124907483919.2109511317
130.306537151839-0.193565490306-0.116151994620.420986512130.007369056487690.4626143556240.02082309705660.1159647118380.04494605622610.02088564801410.0434586737745-0.0811641023617-0.09358837509430.1419565834610.146520999320.150880668922-0.03870442848230.008063011416810.1890533785640.00748738941070.185405222821-32.146324143122.38472023436.0830398703
140.1698494318890.196500658022-0.03505580499390.227669866357-0.01411643664910.02762711334260.06772601579290.04331166683560.0147004955438-0.0895727255578-0.08685761932960.1541508175940.0838052909248-0.0827796112866-0.004278115598760.2578625601540.02700045362110.03039093813420.124525365532-0.02044348420670.171064031852-38.83267984863.222096343655.27110952213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 25 through 106A)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 107 through 209 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 1 through 17 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 18 through 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 120 through 136 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 137 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 106A)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 107 through 209 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 17 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 18 through 32 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 33 through 82 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 82A through 145 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 146 through 213 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1 through 24 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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