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万見
- PDB-6w4l: The crystal structure of a single chain H2B-H2A histone chimera f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w4l
タイトルThe crystal structure of a single chain H2B-H2A histone chimera from Xenopus laevis
要素Histone H2B 1.1,Histone H2A type 1
キーワードGENE REGULATION / histone / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Warren, C. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Shechter, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135614 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure of a single-chain H2A/H2B dimer.
著者: Warren, C. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Shechter, D.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H2B 1.1,Histone H2A type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7002
ポリマ－20,5221
非ポリマー1781
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.793, 44.679, 66.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1311-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histone H2B 1.1,Histone H2A type 1 / H2B1.1


分子量: 20521.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: single chain construct linking H2B (aa 34-126) and H2A (aa 14-105); one N-terminal Gly cloning artifact.,single chain construct linking H2B (aa 34-126) and H2A (aa 14-105); one N-terminal Gly cloning artifact.
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: modified pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P02281, UniProt: P06897
#2: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2M sodium thiocyanate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月6日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→26.71 Å / Num. obs: 38073 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.31-1.393.60.8921978654870.6190.551.0521.199.8
4.16-26.713.50.022396311340.9990.0140.02613.989.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KX5

1kx5


解像度: 1.31→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.749 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0562 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES REFINED INDIVIDUALLY ANISOTROPICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2063 1776 4.7 %RANDOM
Rwork0.1695 ---
obs0.1712 36283 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.57 Å2 / Biso mean: 20.418 Å2 / Biso min: 8.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.31→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 9 43 1427
Biso mean--24.27 25.77 -
残基数----176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.9781909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05733254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.55179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63422.20359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8315261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9371515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.78832831
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.972522
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.96852833
LS精密化 シェル解像度: 1.315→1.349 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 143 -
Rwork0.304 2593 -
all-2736 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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