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- PDB-6w4k: Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with CC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w4k
タイトルCrystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with CC-90011
要素
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
キーワードFLAVOPROTEIN / Human LSD1 Inhibitor-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / : / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / : / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of protein ubiquitination / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / regulation of protein localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helical region in REST corepressor / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain ...: / Helical region in REST corepressor / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / SANT domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-V0Y / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Hosfield, D.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of CC-90011: A Potent and Selective Reversible Inhibitor of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1).
著者: Kanouni, T. / Severin, C. / Cho, R.W. / Yuen, N.Y. / Xu, J. / Shi, L. / Lai, C. / Del Rosario, J.R. / Stansfield, R.K. / Lawton, L.N. / Hosfield, D. / O'Connell, S. / Kreilein, M.M. / Tavares- ...著者: Kanouni, T. / Severin, C. / Cho, R.W. / Yuen, N.Y. / Xu, J. / Shi, L. / Lai, C. / Del Rosario, J.R. / Stansfield, R.K. / Lawton, L.N. / Hosfield, D. / O'Connell, S. / Kreilein, M.M. / Tavares-Greco, P. / Nie, Z. / Kaldor, S.W. / Veal, J.M. / Stafford, J.A. / Chen, Y.K.
履歴
登録2020年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7744
ポリマ－88,5372
非ポリマー1,2372
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area36710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.655, 178.510, 236.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 73376.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 15160.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: 化合物 ChemComp-V0Y / 4-[2-(4-aminopiperidin-1-yl)-5-(3-fluoro-4-methoxyphenyl)-1-methyl-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-4-yl]-2-fluorobenzonitrile


分子量: 451.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.3M Na Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→50 Å / Num. obs: 55358 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 367961
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.93-3.036.50.90254710.830.3810.981.02299.9
3.03-3.166.20.61154670.9040.2680.6681.044100
3.16-3.36.90.41354950.9630.1690.4461.041100
3.3-3.4770.2555040.9840.1010.271.044100
3.47-3.696.90.16754870.9910.0680.1811.055100
3.69-3.986.70.10555020.9960.0440.1141.044100
3.98-4.386.50.06455070.9980.0270.070.983100
4.38-5.0170.04955700.9990.020.0530.995100
5.01-6.316.40.04655790.9990.020.050.922100
6.31-506.50.03357760.9990.0140.0360.95699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3zmu

3zmu


解像度: 2.93→49.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.55 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 2723 4.9 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1936 52530 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 218.13 Å2 / Biso mean: 89.562 Å2 / Biso min: 45.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.99 Å20 Å2-0 Å2
2---5.79 Å20 Å2
3----4.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.93→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6115 0 86 22 6223
Biso mean--70.42 66.33 -
残基数----776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136333
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9411.6518593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3161.57813737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3655772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42622.667330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.663151095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1021541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021285
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.004 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 206 -
Rwork0.402 3639 -
obs--94.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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