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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w34 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Class A Beta-lactamase from Bacillus cereus | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta-lactamases / Antibiotic Resistant / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Class A Beta-lactamase from Bacillus cereus 著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w34.cif.gz | 272.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w34.ent.gz | 182.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w34_validation.pdf.gz | 453.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w34_full_validation.pdf.gz | 455.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w34_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w34_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/6w34 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3qhyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34332.105 Da / 分子数: 2 / 変異: A278T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_2473 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q81DA0, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.11 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 78371 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.42 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 3428 / CC1/2: 0.622 / % possible all: 78.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 3QHY 解像度: 1.45→43.61 Å / SU ML: 0.1556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.492
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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