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- PDB-6w32: Crystal structure of Sfh5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w32
タイトルCrystal structure of Sfh5
要素Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol transfer activity / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol transfer protein Sfh5 / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gulten, G. / Khan, D. / Aggarwal, A. / Krieger, I. / Sacchettini, J.C. / Bankaitis, V.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A Sec14-like phosphatidylinositol transfer protein paralog defines a novel class of heme-binding proteins.
著者: Khan, D. / Lee, D. / Gulten, G. / Aggarwal, A. / Wofford, J. / Krieger, I. / Tripathi, A. / Patrick, J.W. / Eckert, D.M. / Laganowsky, A. / Sacchettini, J. / Lindahl, P. / Bankaitis, V.A.
履歴
登録2020年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
A: Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
C: Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0336
ポリマ－107,1833
非ポリマー1,8493
水00
1
B: Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3442
ポリマ－35,7281
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3442
ポリマ－35,7281
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphatidylinositol transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3442
ポリマ－35,7281
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.343, 205.343, 68.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol transfer protein SFH5 / PITP SFH5 / SEC14 homolog 5


分子量: 35727.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: SFH5, SCY_3146 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6ZQI5
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M KSCN, 0.1 M Na-citrate (pH 4.2), 24% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.33 Å / Num. obs: 32843 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.0672.2243323147300.5050.8812.3961.2100
9.17-29.336.10.051681911130.9970.0220.05533.494.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.324 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 33.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3019 3091 5.03 %
Rwork0.2294 --
obs0.233 29752 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.83 Å2 / Biso mean: 81.4977 Å2 / Biso min: 30.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→29.324 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7040 0 129 0 7169
Biso mean--58.5 --
残基数----852
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9001-2.94540.35721450.34162664100
2.9454-2.99360.40731640.34382659100
2.9936-3.04520.39711380.35082673100
3.0452-3.10050.38471370.33952644100
3.1005-3.16010.33361490.31492656100
3.1601-3.22450.39161490.31022641100
3.2245-3.29450.40521400.2982651100
3.2945-3.37110.32211540.28482657100
3.3711-3.45530.31221400.2852651100
3.4553-3.54850.3791260.2742689100
3.5485-3.65280.30941760.2647258999
3.6528-3.77040.29261520.23972682100
3.7704-3.90490.32141350.23242623100
3.9049-4.06080.31691630.23492658100
4.0608-4.24510.27181320.21852696100
4.2451-4.46820.311590.2037259699
4.4682-4.74710.3128940.19552706100
4.7471-5.11180.31191110.2032266699
5.1118-5.6230.29271530.2044265899
5.623-6.42920.28671130.2215266299
6.4292-8.0720.22281090.1944266399
8.072-29.3240.23571520.1683260298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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