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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w2r | ||||||
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タイトル | Junction 19, DHR54-DHR79 | ||||||
要素 | Junction 19 DHR54-DHR79 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / helical bundle / designed helical repeat / computational design | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.344 Å | ||||||
データ登録者 | Bick, M.J. / Brunette, T.J. / Baker, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions. 著者: Brunette, T.J. / Bick, M.J. / Hansen, J.M. / Chow, C.M. / Kollman, J.M. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w2r.cif.gz | 410.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w2r.ent.gz | 340.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w2r_validation.pdf.gz | 442.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w2r_full_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w2r_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w2r_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26226.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: Crystals were grown in Qiagen JCSG+ condition E5 (0.1M CAPS pH 10.5, 40% MPD) and required no additional cryopreservation |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen vapor stream / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.344→50 Å / Num. obs: 36576 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 48.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Computational design model 解像度: 2.344→46.386 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.19
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 385.92 Å2 / Biso mean: 80.0808 Å2 / Biso min: 28.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.344→46.386 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.4215 Å / Origin y: 31.3397 Å / Origin z: 12.0702 Å
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精密化 TLSグループ |
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