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万見
- PDB-6w2i: Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w2i
タイトルCrystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A
要素UV excision repair protein RAD23 homolog A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Ubiquitin Associated Domain / UBA Domain / Helical Bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair ...regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome binding / ubiquitin-specific protease binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of cell cycle / proteasome complex / Josephin domain DUBs / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein destabilization / kinase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / single-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain ...RAD23A/RAD23B, UBA1 domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
UV excision repair protein RAD23 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bowler, B.E. / Zeng, B. / Becht, D.C. / Rothfuss, M. / Sprang, S.R. / Mou, T.-C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1412164 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103546 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: High-Accuracy Prediction of Stabilizing Surface Mutations to the Three-Helix Bundle, UBA(1), with EmCAST.
著者: Rothfuss, M.T. / Becht, D.C. / Zeng, B. / McClelland, L.J. / Yates-Hansen, C. / Bowler, B.E.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UV excision repair protein RAD23 homolog A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6262
ポリマ－5,5341
非ポリマー921
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.164, 31.164, 40.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 UV excision repair protein RAD23 homolog A / hHR23A


分子量: 5534.243 Da / 分子数: 1 / 変異: Y188G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD23A / プラスミド: pGEX-2T
詳細 (発現宿主): Thrombin cleavage site replaced with TEV protease cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54725
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.7830.83
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法2.0M Ammonium sulfate
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法2.0M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.9795
シンクロトロンSSRL BL9-221.77
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2020年1月29日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2020年1月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.771
反射

Entry-ID: 6W2I / CC1/2: 1 / CC star: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.45-31.16687598.9513.411.230.076580.021530.07961122.37
1.9-31.14308399.143.516.480.037590.0055480.03801293.75
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.45-1.50212.50.59014.346800.9260.980.17030.615197.84
1.9-1.96824.10.0913529.742920.99910.01890.09335296.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
HKL2Map0.4.e-beta位相決定
AutoSol位相決定
PHENIX1.17.1-3660モデル構築
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
PHENIX1.17.1-3660精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→31.16 Å / SU ML: 0.1067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.1748
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 697 10.14 %
Rwork0.1498 --
obs0.1532 6875 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→31.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数369 0 6 48 423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0683524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.090459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.32860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.560.19391340.15131223X-RAY DIFFRACTION98.19
1.56-1.720.1921400.14351222X-RAY DIFFRACTION99.05
1.72-1.970.19371400.14271229X-RAY DIFFRACTION98.92
1.97-2.480.17741430.14391248X-RAY DIFFRACTION99.78
2.48-31.160.17871400.15651256X-RAY DIFFRACTION98.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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