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万見
- PDB-6w26: Terpenoid Cyclase FgGS in Complex with Mg, Inorganic Pyrophosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w26
タイトルTerpenoid Cyclase FgGS in Complex with Mg, Inorganic Pyrophosphate, and Imidazole
要素Terpenoid cyclase FgGS
キーワードLYASE / terpene / terpenoid
機能・相同性Isoprenoid synthase domain superfamily / IMIDAZOLE / PYROPHOSPHATE 2- / Chromosome 1, complete genome
機能・相同性情報
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM56838 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Discovery of the cryptic function of terpene cyclases as aromatic prenyltransferases.
著者: He, H. / Bian, G. / Herbst-Gervasoni, C.J. / Mori, T. / Shinsky, S.A. / Hou, A. / Mu, X. / Huang, M. / Cheng, S. / Deng, Z. / Christianson, D.W. / Abe, I. / Liu, T.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Terpenoid cyclase FgGS
A: Terpenoid cyclase FgGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,59521
ポリマ－72,3782
非ポリマー1,21719
水3,567198
1
I: Terpenoid cyclase FgGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,91112
ポリマ－36,1891
非ポリマー72211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Terpenoid cyclase FgGS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6849
ポリマ－36,1891
非ポリマー4958
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.860, 87.201, 163.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARG(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB5 - 445 - 44
12ASPASPPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB46 - 5346 - 53
13THRTHRASNASN(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB55 - 6155 - 61
14ILEILELEULEU(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB63 - 7463 - 74
15ARGARGGLUGLU(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB76 - 10076 - 100
16ALAALAILEILE(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB110 - 122110 - 122
17ARGARGVALVAL(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB124 - 131124 - 131
18ALAALALYSLYS(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB133 - 151133 - 151
19VALVALMETMET(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB153 - 166153 - 166
110ASPASPMETMET(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB168 - 184168 - 184
111LEULEUASPASP(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB186 - 215186 - 215
112GLUGLUVALVAL(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB217 - 221217 - 221
113THRTHRILEILE(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB223 - 263223 - 263
114GLUGLULYSLYS(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB265 - 270265 - 270
115PROPROPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 14 or (resid 15...AB272 - 303272 - 303
216SERSERARGARG(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA5 - 445 - 44
217ASPASPPROPRO(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA46 - 5346 - 53
218THRTHRASNASN(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA55 - 6155 - 61
219ILEILELEULEU(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA63 - 7463 - 74
220ARGARGGLUGLU(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA76 - 10076 - 100
221ALAALAILEILE(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA110 - 122110 - 122
222ARGARGVALVAL(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA124 - 131124 - 131
223ALAALALYSLYS(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA133 - 151133 - 151
224VALVALMETMET(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA153 - 166153 - 166
225ASPASPMETMET(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA168 - 184168 - 184
226LEULEUASPASP(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA186 - 215186 - 215
227GLUGLUVALVAL(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA217 - 221217 - 221
228THRTHRILEILE(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA223 - 263223 - 263
229GLUGLULYSLYS(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA265 - 270265 - 270
230PROPROPROPRO(chain 'I' and (resid 5 through 40 or (resid 41...IA272 - 303272 - 303

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 IA

#1: タンパク質 Terpenoid cyclase FgGS


分子量: 36188.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084) (ムギノアカカビ病菌)
株: PH-1 / ATCC MYA-4620 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / 遺伝子: FGRAMPH1_01T04331 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1RDR8

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非ポリマー , 8種, 217分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mg/mL FgGS, 2 mM indole, 10 mM magnesium chloride, 2 mM sodium pyrophosphate, 0.1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Imidazole (pH 7.3), 24% (w/v) PEG monomethyl ether 5k, and 2% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.82 Å / Num. obs: 38801 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.84 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.09022 / Rpim(I) all: 0.09022 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Rmerge(I) obs: 0.2517 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Num. unique obs: 3834 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.2517

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TD7

5td7


解像度: 2.15→46.82 Å / SU ML: 0.2805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2009 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1949 5.03 %
Rwork0.2036 36829 -
obs0.2062 38778 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4717 0 70 198 4985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66116700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0445750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.74561825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.31521310.25772579X-RAY DIFFRACTION99.78
2.2-2.260.3461350.27172567X-RAY DIFFRACTION98.61
2.26-2.330.30591140.24742607X-RAY DIFFRACTION98.48
2.33-2.410.31111340.2312568X-RAY DIFFRACTION99.78
2.41-2.490.28721420.22022631X-RAY DIFFRACTION99.78
2.49-2.590.29211370.22482613X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.710.31271450.21422597X-RAY DIFFRACTION99.67
2.71-2.850.22381350.20762596X-RAY DIFFRACTION98.91
2.85-3.030.24061430.20982627X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.260.28961430.21562630X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.590.26961380.20162629X-RAY DIFFRACTION99.6
3.59-4.110.21911490.17772669X-RAY DIFFRACTION99.47
4.11-5.180.19281420.15942698X-RAY DIFFRACTION99.86
5.18-46.820.2071610.17572818X-RAY DIFFRACTION99.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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