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- PDB-6w25: Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w25
タイトルCrystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with SHU9119
要素
  • Melanocortin receptor 4,GlgA glycogen synthase,Melanocortin receptor 4
  • SHU9119
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Melanocortin-4 Receptor / Ca++ cofactor / SHU9119 / GPCR / PGS fusion / LCP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eating behavior / response to melanocyte-stimulating hormone / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide binding / positive regulation of bone resorption / feeding behavior / insulin secretion / regulation of metabolic process ...regulation of eating behavior / response to melanocyte-stimulating hormone / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide binding / positive regulation of bone resorption / feeding behavior / insulin secretion / regulation of metabolic process / response to food / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Peptide ligand-binding receptors / response to insulin / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / ubiquitin protein ligase binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Melanocortin receptor 4 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Yu, J. / Gimenez, L.E. / Hernandez, C.C. / Wu, Y. / Wein, A.H. / Han, G.W. / McClary, K. / Mittal, S.R. / Burdsall, K. / Stauch, B. ...Yu, J. / Gimenez, L.E. / Hernandez, C.C. / Wu, Y. / Wein, A.H. / Han, G.W. / McClary, K. / Mittal, S.R. / Burdsall, K. / Stauch, B. / Wu, L. / Stevens, S.N. / Peisley, A. / Williams, S.Y. / Chen, V. / Millhauser, G.L. / Zhao, S. / Cone, R.D. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Determination of the melanocortin-4 receptor structure identifies Ca2+as a cofactor for ligand binding.
著者: Yu, J. / Gimenez, L.E. / Hernandez, C.C. / Wu, Y. / Wein, A.H. / Han, G.W. / McClary, K. / Mittal, S.R. / Burdsall, K. / Stauch, B. / Wu, L. / Stevens, S.N. / Peisley, A. / Williams, S.Y. / ...著者: Yu, J. / Gimenez, L.E. / Hernandez, C.C. / Wu, Y. / Wein, A.H. / Han, G.W. / McClary, K. / Mittal, S.R. / Burdsall, K. / Stauch, B. / Wu, L. / Stevens, S.N. / Peisley, A. / Williams, S.Y. / Chen, V. / Millhauser, G.L. / Zhao, S. / Cone, R.D. / Stevens, R.C.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年9月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanocortin receptor 4,GlgA glycogen synthase,Melanocortin receptor 4
B: SHU9119
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,57511
ポリマ－61,2762
非ポリマー2,3009
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.910, 44.490, 88.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細authors state that the biological unit is unknown

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要素

#1: タンパク質 Melanocortin receptor 4,GlgA glycogen synthase,Melanocortin receptor 4 / MC4-R / Glycogen synthase / MC4-R


分子量: 60197.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌)
遺伝子: MC4R, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32245, UniProt: Q9V2J8
#2: タンパク質・ペプチド SHU9119


分子量: 1078.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.9
詳細: 19% PEG 400, 100 mM Bis-tris propane buffer, and 50 mM CaCl2 2H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→43.65 Å / Num. obs: 16761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Net I/σ(I): 11.62
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 3.302 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 847 / CC1/2: 0.561 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3EML

3eml


解像度: 2.75→43.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.916 / SU Rfree Blow DPI: 0.33 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.339
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 815 4.86 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.234 16759 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 186.18 Å2 / Biso mean: 79.91 Å2 / Biso min: 45.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.0205 Å20 Å2-0.6438 Å2
2---20.4925 Å20 Å2
3---2.472 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→43.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3619 0 172 21 3812
Biso mean--83.98 64.26 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1786SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes64HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes567HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3868HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion519SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4965SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3868HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5208HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.05
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 150 4.99 %
Rwork0.278 2854 -
all0.279 3004 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91520.4890.32091.1073-0.24031.8296-0.07980.4999-0.0887-0.09280.0892-0.01070.10840.0938-0.0093-0.1602-0.036-0.0081-0.0653-0.0148-0.1144152.65494.8245108.6687
24.8909-0.4961-0.35462.0427-0.24232.2195-0.0389-0.3879-0.33740.16980.1061-0.04270.14670.2669-0.0672-0.2210.02660.0028-0.10280.057-0.0549181.2486-3.9922144.6664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|43 - A|320, A|2000 - A|2008 }A43 - 320
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|43 - A|320, A|2000 - A|2008 }A2000 - 2008
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1196 }A1001 - 1196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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