PDB-6w0v: The Crystal Structure of the Mutant Nuclease Domain of Pyocin S8 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w0v

タイトル

The Crystal Structure of the Mutant Nuclease Domain of Pyocin S8 with its Cognate Immunity Protein

要素

Bacteriocin immunity protein
Pyocin S8

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / protein antibiotic / H-H-N DNase / toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

bacteriocin immunity / cytolysis / toxic substance binding / endonuclease activity / defense response to bacterium / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.381 Å

データ登録者

Turano, H. / Gomes, F. / Domingos, R.M. / Netto, L.E.S.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Structure and Functional Analysis of Pyocin S8 from Pseudomonas aeruginosa Reveals the Essential Requirement of a Glutamate Residue in the H-N-H Motif for DNase Activity.
著者: Turano, H. / Gomes, F. / Domingos, R.M. / Degenhardt, M.F.S. / Oliveira, C.L.P. / Garratt, R.C. / Lincopan, N. / Netto, L.E.S.

履歴

登録	2020年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w0v.cif.gz	98.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w0v.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w0v_validation.pdf.gz	248.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w0v_full_validation.pdf.gz	248.6 KB	表示
XML形式データ	6w0v_validation.xml.gz	926 B	表示
CIF形式データ	6w0v_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uhpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e8g-2 4bv2-1 6ywr-d 2h4h-d 4gvp-1 5e8g-1 1syx-2 4q5p-3 6rhf-d 6ywi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyocin S8

B: Bacteriocin immunity protein

23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.178, 47.071, 99.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pyocin S8 / Pys8 分子量: 13782.473 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease domain, residues 692-816 / 変異: E96A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pys8, TN6350_00005 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8L021
#2: タンパク質	Bacteriocin immunity protein 分子量: 9315.317 Da / 分子数: 1 / 変異: Y9H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: E4V10_35375, EQH76_05885, F3H14_26645 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3S3UAR3, UniProt: A0A1P8L018*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.58 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Sodium Acetate 0.2M, PEG 4000 30%, Tris-HCl 0.1M pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: flux liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45866 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45866 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→30 Å / Num. obs: 37296 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 648 / CC_1/2: 0.795 / R_pim(I) all: 0.296 / % possible all: 32.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UHP

4uhp

解像度: 1.381→29.983 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.099 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	1793	4.814 %
R_work	0.1781	35452	-
all	0.18	-	-
obs	-	37245	89.413 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.417 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.337 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.754 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.381→29.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	0	213	1842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.017	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.645	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.687	1.587	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.801	5	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.207	22.737	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.887	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.597	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	357
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.203	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.58	1.976	826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.579	1.973	825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.93	2.966	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.929	2.969	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.631	2.198	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.63	2.201	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.985	3.198	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.985	3.201	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.564	38.393	7855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.44	38.037	7638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.356	3	3185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.381-1.416	0.389	68	0.342	1161	X-RAY DIFFRACTION	40.5343
1.416-1.455	0.25	96	0.265	2115	X-RAY DIFFRACTION	75.0255
1.455-1.497	0.228	117	0.203	2129	X-RAY DIFFRACTION	77.9861
1.497-1.543	0.285	112	0.18	2202	X-RAY DIFFRACTION	82.7907
1.543-1.594	0.224	112	0.164	2270	X-RAY DIFFRACTION	88.1243
1.594-1.65	0.188	118	0.158	2325	X-RAY DIFFRACTION	92.8191
1.65-1.712	0.211	118	0.153	2367	X-RAY DIFFRACTION	96.8811
1.712-1.782	0.247	101	0.161	2274	X-RAY DIFFRACTION	97.7366
1.782-1.861	0.227	120	0.174	2202	X-RAY DIFFRACTION	98.7245
1.861-1.952	0.19	97	0.173	2124	X-RAY DIFFRACTION	98.975
1.952-2.057	0.191	96	0.175	2037	X-RAY DIFFRACTION	98.9791
2.057-2.182	0.239	96	0.172	1946	X-RAY DIFFRACTION	99.6098
2.182-2.332	0.263	84	0.163	1831	X-RAY DIFFRACTION	99.7396
2.332-2.518	0.222	89	0.166	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.8337
2.518-2.758	0.192	106	0.174	1549	X-RAY DIFFRACTION	99.7589
2.758-3.082	0.221	69	0.18	1424	X-RAY DIFFRACTION	99.9331
3.082-3.557	0.183	64	0.185	1297	X-RAY DIFFRACTION	99.634
3.557-4.351	0.192	67	0.17	1086	X-RAY DIFFRACTION	99.7405
4.351-6.13	0.218	42	0.201	875	X-RAY DIFFRACTION	100
6.13-29.983	0.182	21	0.199	526	X-RAY DIFFRACTION	98.915

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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