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万見
- PDB-6w0d: Open-gate KcsA soaked in 5 mM BaCl2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w0d
タイトルOpen-gate KcsA soaked in 5 mM BaCl2
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
  • pH-gated potassium channel KcsA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.639 Å
データ登録者Rohaim, A. / Gong, L. / Li, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Open and Closed Structures of a Barium-Blocked Potassium Channel.
著者: Rohaim, A. / Gong, L. / Li, J. / Rui, H. / Blachowicz, L. / Roux, B.
履歴
登録2020年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7505
ポリマ－56,5733
非ポリマー1762
水905
1
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,99920
ポリマ－226,29312
非ポリマー7068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30040 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area84630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.912, 156.912, 73.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-201-

BA

21C-202-

K

31C-301-

HOH

41C-302-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1


分子量: 9726.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20 % PEG 400, 50 mM Magnesium Acetate, 50 mM Sodium Acetate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→55.477 Å / Num. obs: 10018 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / Num. unique obs: 2204 / CC1/2: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K4C

1k4c


解像度: 3.639→55.477 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 537 5.38 %
Rwork0.1902 9452 -
obs0.1933 9989 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 302 Å2 / Biso mean: 130.6947 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.639→55.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3938 0 2 5 3945
Biso mean--25.1 30 -
残基数----524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7765553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8792380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005703
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.639-4.00510.31541320.2866216191
4.0051-4.58440.29871250.19922418100
4.5844-5.77490.24791440.18122409100
5.7749-55.470.20851360.16312464100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40570.6923-2.43922.5594-0.57834.8761-0.47420.0896-0.36970.10080.1035-0.29211.7305-0.87750.39061.6436-0.4582-0.06060.94730.02711.1129-21.24-38.444-8.86
21.79771.0396-2.84392.295-1.24985.4802-0.075-0.29310.02630.5386-0.0259-0.05830.7554-0.484-0.11581.0906-0.3457-0.07161.17210.09150.9329-25.823-26.4413.343
35.03-1.15620.49185.257-1.44278.35920.18160.9225-0.0745-0.9423-0.00030.4066-0.2681-0.5257-0.17230.7604-0.0589-0.00010.7998-0.1080.9887-7.09-10.266-42.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:219 )A1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:212 )B1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 28:120 )C28 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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