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- PDB-6vyc: Crystal structure of WD-repeat domain of human WDR91 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vyc
タイトルCrystal structure of WD-repeat domain of human WDR91
要素WD repeat-containing protein 91
キーワードPROTEIN TRANSPORT / WDR91 / WD-repeat / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / extrinsic component of endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / early endosome to late endosome transport / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 91 / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 91
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Halabelian, L. / Hutchinson, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a First-in-Class Small-Molecule Ligand for WDR91 Using DNA-Encoded Chemical Library Selection Followed by Machine Learning.
著者: Ahmad, S. / Xu, J. / Feng, J.A. / Hutchinson, A. / Zeng, H. / Ghiabi, P. / Dong, A. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Guie, M.A. / Guilinger, J.P. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Cerruti, T. / ...著者: Ahmad, S. / Xu, J. / Feng, J.A. / Hutchinson, A. / Zeng, H. / Ghiabi, P. / Dong, A. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Guie, M.A. / Guilinger, J.P. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Cerruti, T. / Cuozzo, J.W. / von Rechenberg, M. / Bolotokova, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Seitova, A. / Li, Y.Y. / Santhakumar, V. / Brown, P.J. / Ackloo, S. / Halabelian, L.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 91
B: WD repeat-containing protein 91


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1296
ポリマ－82,1292
非ポリマー04
水2,288127
1
A: WD repeat-containing protein 91


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0644
ポリマ－41,0641
非ポリマー03
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WD repeat-containing protein 91


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0642
ポリマ－41,0641
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.004, 84.047, 110.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 394 - 730 / Label seq-ID: 21 - 372

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 91 / WDR91


分子量: 41064.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 392-747 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG20000, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.111 Å / Num. obs: 41340 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.168.30.9062708032690.8270.3310.9662.895.6
8.91-46.076.60.02742926460.9990.0110.0351.799.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3OW8

3ow8


解像度: 2.1→46.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 13.061 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.2452 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.194
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 2085 5 %RANDOM
Rwork0.2212 ---
obs0.2227 39208 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.1 Å2 / Biso mean: 39.507 Å2 / Biso min: 20.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---2.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4874 0 4 127 5005
Biso mean--47.34 37.33 -
残基数----661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0135014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.6276834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2091.56710324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5975665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64723.024205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72815755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5131518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021024
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9137 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 149 -
Rwork0.282 2783 -
all-2932 -
obs--95.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14540.6499-0.61522.5152-0.5231.7852-0.02950.19850.1305-0.05830.0359-0.2385-0.0592-0.0637-0.00640.00980.0098-0.00890.0346-0.02130.078315.791931.596217.5425
21.8728-0.76130.46023.793-0.30272.17030.1001-0.1332-0.0404-0.0560.02950.50660.0448-0.2065-0.12960.0432-0.0172-0.05350.0335-0.00550.222715.285471.490519.7132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A394 - 730
2X-RAY DIFFRACTION2B394 - 730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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