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- PDB-6vxv: Crystal structure of cyclo-L-Trp-L-Pro-bound cytochrome P450 NasF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vxv
タイトルCrystal structure of cyclo-L-Trp-L-Pro-bound cytochrome P450 NasF5053 from Streptomyces sp. NRRL F-5053
要素cytochrome P450 NasF5053
キーワードOXIDOREDUCTASE / biosynthetic protein / cytochrome P450 / cyclodipeptide / regio-selecitivty / stereo-selectivity / pyrroloindoline alkaloids / radical mediated reaction / F5053 / Streptomyces
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QRP
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NRRL F-5053 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Luo, Z. / Jia, X. / Sun, C. / Qu, X. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 中国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1071659 オーストラリア
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770063 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of regio- and stereo-specificity in biosynthesis of bacterial heterodimeric diketopiperazines.
著者: Sun, C. / Luo, Z. / Zhang, W. / Tian, W. / Peng, H. / Lin, Z. / Deng, Z. / Kobe, B. / Jia, X. / Qu, X.
履歴
登録2020年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome P450 NasF5053
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7056
ポリマ－43,4591
非ポリマー1,2465
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.314, 91.836, 93.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-832-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cytochrome P450 NasF5053


分子量: 43459.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL F-5053 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

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非ポリマー , 5種, 356分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-QRP / (3S,8aS)-3-(1H-indol-3-ylmethyl)hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione / Brevianamide F / cyclo-L-Trp-L-Pro / ブレビアナミドF


分子量: 283.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium chloride, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.8 Å / Num. obs: 48951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.177 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2415 / CC1/2: 0.709 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.271 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ABB

3abb


解像度: 1.6→46.8 Å / SU ML: 0.1716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.0621 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 2431 4.97 %Random selection of 5% diffraction data
Rwork0.1696 46446 --
obs0.1712 48877 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 87 351 3476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00523241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93114428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.04691913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.30471510.28662681X-RAY DIFFRACTION99.54
1.63-1.670.30981290.27152667X-RAY DIFFRACTION99.36
1.67-1.710.25581540.2482689X-RAY DIFFRACTION99.41
1.71-1.750.2741600.23742655X-RAY DIFFRACTION99.75
1.75-1.80.29321330.21452722X-RAY DIFFRACTION99.65
1.8-1.850.22361510.19672677X-RAY DIFFRACTION99.68
1.85-1.910.21931580.17762700X-RAY DIFFRACTION99.86
1.91-1.980.25231180.17452721X-RAY DIFFRACTION99.89
1.98-2.060.24341260.17262719X-RAY DIFFRACTION99.58
2.06-2.150.21421420.16652735X-RAY DIFFRACTION99.72
2.15-2.260.20171410.15532717X-RAY DIFFRACTION99.86
2.26-2.410.22271550.16422721X-RAY DIFFRACTION99.83
2.41-2.590.19221340.16782744X-RAY DIFFRACTION99.83
2.59-2.850.20511480.1722766X-RAY DIFFRACTION99.97
2.85-3.270.17551520.16832764X-RAY DIFFRACTION99.9
3.27-4.110.16551380.14032806X-RAY DIFFRACTION99.97
4.11-46.80.18281410.15612962X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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