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- PDB-6vxt: Activated Nitrogenase MoFe-protein from Azotobacter vinelandii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vxt
タイトルActivated Nitrogenase MoFe-protein from Azotobacter vinelandii
要素(Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Azotobacter vinelandii / MoFe-protein / Fe-protein / FeMo-cofactor / P-cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / : / HYDROSULFURIC ACID / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / MOLYBDENUM ATOM / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Kang, W. / Hu, Y. / Ribbe, M.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM67626 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0016510 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural evidence for a dynamic metallocofactor during N2reduction by Mo-nitrogenase.
著者: Kang, W. / Lee, C.C. / Jasniewski, A.J. / Ribbe, M.W. / Hu, Y.
履歴
登録2020年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,72029
ポリマ－229,7984
非ポリマー4,92225
水22,2311234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35170 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area55340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.535, 203.435, 83.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.945, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-782-

HOH

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要素

-
Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 55363.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

-
非ポリマー , 8種, 1259分子

#3: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#4: 化合物 ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mo
#6: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#7: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 14-19 % w/v PEG smear high, 0.16 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate(pH 5.0), 25.6 % v/v glycerol, 5 mM sodium dithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 263634 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 32.39 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 23896 / CC1/2: 0.322 / Rpim(I) all: 0.97 / % possible all: 71.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3U7Q

3u7q


解像度: 1.74→41.71 Å / SU ML: 0.2366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.041
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 1983 0.76 %
Rwork0.1724 260058 -
obs0.1726 262041 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15617 0 148 1234 16999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.850722058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05282336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00552818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2842197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.780.3866990.358113576X-RAY DIFFRACTION70.4
1.78-1.830.37871410.321618491X-RAY DIFFRACTION96
1.83-1.880.30161460.284319033X-RAY DIFFRACTION98.66
1.88-1.940.28891450.255718981X-RAY DIFFRACTION98.26
1.94-2.010.27181400.231418317X-RAY DIFFRACTION94.94
2.01-2.090.22651470.198419137X-RAY DIFFRACTION99.01
2.09-2.190.23591460.185119142X-RAY DIFFRACTION99.29
2.19-2.30.19321460.172519086X-RAY DIFFRACTION98.97
2.3-2.450.22071430.170518597X-RAY DIFFRACTION96.17
2.45-2.640.1931470.168519228X-RAY DIFFRACTION99.53
2.64-2.90.19791450.173119219X-RAY DIFFRACTION99.28
2.9-3.320.18631440.166518909X-RAY DIFFRACTION97.74
3.32-4.180.19211480.152319239X-RAY DIFFRACTION99.22
4.18-41.710.17671460.149119103X-RAY DIFFRACTION97.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57838824728-0.667726370764-0.02942610531063.717993220770.3288871328045.91455594428-0.126818263256-0.158766172254-0.4687209306880.2205425468010.0005556792177480.8419469424110.404163145856-0.3469577825120.0918264502390.424251132441-0.09056985079140.07307665753590.3000354242580.03287509839310.612434715996-62.74706202423.3492751857425.5170354459
20.6909213352070.589826114631-0.03127052459932.712778145430.02757501916770.639333098630.0198747855801-0.0674347058439-0.1580351787780.1161302686660.0121591959413-0.05720157410810.1944093900080.0412268922239-0.01874743825460.2559731108480.0177515715397-0.0002732126452380.223417096726-0.01178880825670.220629321993-38.884676898716.073809220217.6640323977
32.264585999831.090488236690.637571723224.590006469831.381099499072.43249092047-0.06146689983830.159252692351-0.172856737899-0.7351093043830.137298989366-0.463569129170.07593751301080.226059580869-0.08750691515410.532445093589-0.002585389736790.1276029773140.370840795222-0.0446904686010.318341756144-30.374777193822.0470454217-2.46266774025
40.8717934606930.03716699122930.01895923642621.60201233717-0.1460693323171.17598973171-0.01047863330210.0126349035912-0.1800088856480.04705216631850.0892160977253-0.4979073314750.1881957719930.256526474047-0.086023267090.3185080505830.0498422100767-0.02820946205830.3088280028-0.0681335676690.435256921769-24.919328923313.551256223718.3409754571
51.33517778783-0.276675984466-0.171441371332.318554498970.1811703054942.114875173690.0379921284722-0.118106504307-0.2628495062960.4418977222930.11163182592-0.3658884432380.3106354078160.156936977384-0.1777152934210.4252835750410.0633022361626-0.1010079808290.2844033061070.0057447722770.390207674811-28.52407404097.2800531805733.5552992041
63.69884151736-2.3240733433-0.3816680247222.82124120765-0.1076480505021.0750297613-0.575235219255-0.581436619692-0.05428789384731.033938529950.521328874056-0.2392357539240.1875647953830.1676948492260.04075889662660.8159944293330.099730196198-0.1007471208860.418421060351-0.01655294841890.295028698213-32.483281515821.282354170348.9027482137
71.80168008937-0.1830265459010.4958086536634.316440328480.8550614228982.99323637044-0.0553828589584-0.1508417773-0.1594730207530.4887548148480.1052798672650.1556039694550.156780823774-0.106871587238-0.04441099229870.4198914487480.003272097131880.05540351469020.2674693414380.04132820672640.307982603198-47.625386907414.202310251934.9099339532
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 386 through 485 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 486 through 523 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 4 through 49 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 50 through 141 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 142 through 275 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 276 through 346 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 347 through 451 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 452 through 480 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 2 through 70 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 71 through 127 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 128 through 161 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 162 through 320 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 321 through 399 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 400 through 485 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 486 through 523 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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