PDB-6vxe: Crystal structure of hydroxyproline dehydratase (HypD) from Clost...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 6vxe

タイトル

Crystal structure of hydroxyproline dehydratase (HypD) from Clostridioides difficile with substrate trans-4-hydroxy-L-proline bound

要素

Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

キーワード

LYASE / glycyl radical enzyme / hydroxyproline dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase / : / proline salvage / carbon-oxygen lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile 70-100-2010 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.464 Å

データ登録者

Backman, L.R.F. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM069857	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM126982	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for catabolism of the abundant metabolitetrans-4-hydroxy-L-proline by a microbial glycyl radical enzyme.
著者: Backman, L.R. / Huang, Y.Y. / Andorfer, M.C. / Gold, B. / Raines, R.T. / Balskus, E.P. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2020年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vxe.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vxe.ent.gz	1011.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vxe_validation.pdf.gz	497.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vxe_full_validation.pdf.gz	535.6 KB	表示
XML形式データ	6vxe_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	6vxe_validation.cif.gz	66.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/6vxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/6vxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vxcC 5fauS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vxc-8 6vxc-6 6vxc-4 6vxc-2 6vxc-7 7kq3-4 6vxc-3 2f0y-d 3vth-2 6vxc-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

B: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

C: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

D: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

E: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

F: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

G: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

H: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

733 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
91.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

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91.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

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91.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

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91.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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6

F: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

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7

G: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

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8

H: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.346, 341.655, 122.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase / Glycyl radical enzyme / Hyp dehydratase / HypD 分子量: 91456.609 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile 70-100-2010 (バクテリア) 遺伝子: pflD, csdB_2, BGU81_07860, BN1095_640054, BN1096_740112, BN1097_360077, SAMEA3375004_02654 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A031WDE4, trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-HYP / 4-HYDROXYPROLINE / HYDROXYPROLINE / ヒドロキシプロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100 mM potassium chloride, 100 mM HEPES pH 7.5, 4 mM trans-4-hydroxy-L-proline. Cryoprotectant contained 25% (v/v) dimethyl sulfoxide (DMSO)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.464→50 Å / Num. obs: 278476 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.98 % / CC_1/2: 0.994 / R_sym value: 0.204 / Net I/σ(I): 10.75
反射シェル	解像度: 2.52→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 44812 / CC_1/2: 0.721 / R_sym value: 0.975 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau

解像度: 2.464→49.295 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	13593	5 %
R_work	0.1945	258211	-
obs	0.1962	271804	96.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.02 Å² / B_iso mean: 36.2598 Å² / B_iso min: 15.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.464→49.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	50072	0	72	1456	51600
B_iso mean	-	-	28.57	35.94	-
残基数	-	-	-	-	6312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	51208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	69168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.049	19392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	7512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	9088

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4641-2.4921	0.3342	138	0.292	2656	30
2.4921-2.5214	0.3262	355	0.2849	6581	74
2.5214-2.5521	0.2936	449	0.2736	8649	97
2.5521-2.5844	0.3292	451	0.2659	8909	99
2.5844-2.6184	0.3027	484	0.2612	8840	99
2.6184-2.6543	0.2953	449	0.2504	8827	99
2.6543-2.6922	0.2834	470	0.267	8915	100
2.6922-2.7324	0.3317	467	0.268	8965	100
2.7324-2.7751	0.3222	481	0.2521	8908	100
2.7751-2.8206	0.291	472	0.2449	8876	100
2.8206-2.8692	0.2845	461	0.2378	8933	100
2.8692-2.9214	0.2815	463	0.2334	8903	100
2.9214-2.9776	0.2712	457	0.2337	8951	100
2.9776-3.0383	0.2768	471	0.2339	8931	100
3.0383-3.1044	0.2514	479	0.2297	8884	100
3.1044-3.1766	0.2636	503	0.2266	8858	100
3.1766-3.256	0.2637	497	0.222	8907	100
3.256-3.344	0.254	462	0.217	8939	99
3.344-3.4424	0.2527	463	0.2091	8691	98
3.4424-3.5535	0.2277	447	0.1988	8923	100
3.5535-3.6805	0.2198	480	0.1872	8922	100
3.6805-3.8278	0.2157	482	0.1817	8973	100
3.8278-4.0019	0.2036	472	0.1741	8879	100
4.0019-4.2128	0.196	477	0.1636	8931	100
4.2128-4.4766	0.1752	462	0.1533	8905	100
4.4766-4.8219	0.1892	456	0.1469	8932	99
4.8219-5.3067	0.1862	452	0.1568	8805	98
5.3067-6.0734	0.1951	491	0.1665	8924	100
6.0734-7.6472	0.1947	430	0.1615	9027	100
7.6472-49.295	0.1463	472	0.1291	8867	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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