[日本語] English
万見
- PDB-6vxc: Crystal structure of hydroxyproline dehydratase (HypD) from Clost... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vxc
タイトルCrystal structure of hydroxyproline dehydratase (HypD) from Clostridioides difficile
要素Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
キーワードLYASE / glycyl radical enzyme / hydroxyproline dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase / : / formate C-acetyltransferase / formate C-acetyltransferase activity / carbon-oxygen lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 ...: / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase / Pyruvate formate-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile 70-100-2010 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Backman, L.R.F. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM069857 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for catabolism of the abundant metabolitetrans-4-hydroxy-L-proline by a microbial glycyl radical enzyme.
著者: Backman, L.R. / Huang, Y.Y. / Andorfer, M.C. / Gold, B. / Raines, R.T. / Balskus, E.P. / Drennan, C.L.
履歴
登録2020年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
B: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
C: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
D: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
E: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
F: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
G: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
H: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,39016
ポリマ－731,6538
非ポリマー7378
水86,7424815
1
A: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5492
ポリマ－91,4571
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.346, 341.655, 122.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase / Glycyl radical enzyme / Hyp dehydratase / HypD


分子量: 91456.609 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile 70-100-2010 (バクテリア)
遺伝子: pflD, csdB_2, BGU81_07860, BN1095_640054, BN1096_740112, BN1097_360077, SAMEA3375004_02654
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A031WDE4, UniProt: Q180C6*PLUS, trans-4-hydroxy-L-proline dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100 mM potassium chloride, and 100 mM HEPES pH 7.5. Cryoprotectant contained 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.048→50 Å / Num. obs: 486251 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.07 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 7.01 % / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 24062 / CC1/2: 0.588 / Rsym value: 0.757 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau


解像度: 2.05→49.817 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 24248 4.99 %
Rwork0.1672 --
obs0.1685 486153 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.55 Å2 / Biso mean: 21.0358 Å2 / Biso min: 6.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→49.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50048 0 48 4815 54911
Biso mean--24.98 27.81 -
残基数----6312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00751104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95669008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.81219360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0827488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069064
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.0710.2717590.22631402091
2.071-2.09530.25688030.224215598100
2.0953-2.12090.24898000.214515512100
2.1209-2.14770.25078720.21215445100
2.1477-2.1760.25137870.210515494100
2.176-2.20580.23948170.20011540399
2.2058-2.23730.25378240.20081550799
2.2373-2.27070.24447990.19931551999
2.2707-2.30620.2357960.1891538599
2.3062-2.3440.22328230.19071540899
2.344-2.38440.21637780.18561544299
2.3844-2.42780.21748010.1831530699
2.4278-2.47450.2127780.18611531498
2.4745-2.5250.22137750.18091519098
2.525-2.57990.22558030.179815524100
2.5799-2.63990.21418110.17315553100
2.6399-2.70590.20568160.171915477100
2.7059-2.7790.20048280.170215536100
2.779-2.86080.20658090.17261548599
2.8608-2.95310.20987940.16981545999
2.9531-3.05870.19938150.16981539899
3.0587-3.18110.19468530.16421519398
3.1811-3.32590.18468270.15541523298
3.3259-3.50120.1728010.149715574100
3.5012-3.72050.16678380.142115581100
3.7205-4.00760.15218190.136215501100
4.0076-4.41070.15218250.13681545199
4.4107-5.04840.15037750.1351527498
5.0484-6.35840.18558360.167715587100
6.3584-49.8170.16547860.15821553799

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る