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- PDB-6vwy: Crystal structure of C45G/T50C D. vulgaris carbon monoxide dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vwy
タイトルCrystal structure of C45G/T50C D. vulgaris carbon monoxide dehydrogenase (anaerobic)
要素Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能
Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fe(4)-Ni(1)-S(4) cluster, oxidized / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Wittenborn, E.C. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM069857 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008334 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: The Solvent-Exposed Fe-S D-Cluster Contributes to Oxygen-Resistance inDesulfovibrio vulgarisNi-Fe Carbon Monoxide Dehydrogenase.
著者: Wittenborn, E.C. / Guendon, C. / Merrouch, M. / Benvenuti, M. / Fourmond, V. / Leger, C. / Drennan, C.L. / Dementin, S.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,57014
ポリマ－133,4132
非ポリマー3,15712
水14,466803
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area35810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.560, 147.360, 66.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase


分子量: 66706.711 Da / 分子数: 2 / 変異: C45G/T50C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303) (バクテリア)
株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303 / 遺伝子: cooS, DVU_2098
発現宿主: Desulfovibrio fructosivorans JJ (バクテリア)
参照: UniProt: Q72A99, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 815分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#4: 化合物 ChemComp-CUV / Fe(4)-Ni(1)-S(4) cluster, oxidized / C cluster, oxidized


分子量: 410.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 150-250 mM magnesium chloride, 16-20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→100 Å / Num. obs: 102654 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / Num. unique obs: 7601 / CC1/2: 0.829

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B6V

6b6v


解像度: 1.83→73.68 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1776 5131 5 %
Rwork0.1472 --
obs0.1487 102640 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.71 Å2 / Biso mean: 29.9732 Å2 / Biso min: 15.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→73.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9191 0 90 803 10084
Biso mean--31.39 39.79 -
残基数----1251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.83-1.85080.28681690.25693206100
1.8508-1.87260.28481730.23523290100
1.8726-1.89540.24851680.20883204100
1.8954-1.91940.25411730.20243271100
1.9194-1.94470.24011710.18493252100
1.9447-1.97130.24571690.18223239100
1.9713-1.99950.2451710.1713245100
1.9995-2.02930.22111700.16963228100
2.0293-2.0610.21951720.15833266100
2.061-2.09480.18391690.15793218100
2.0948-2.1310.20431720.15113267100
2.131-2.16970.19611700.15323232100
2.1697-2.21140.22161720.14723260100
2.2114-2.25660.17631720.14073266100
2.2566-2.30570.20611690.14193207100
2.3057-2.35930.20291720.14763264100
2.3593-2.41830.18911720.14463270100
2.4183-2.48370.17711700.13853227100
2.4837-2.55680.16551700.14123238100
2.5568-2.63930.20561720.14413270100
2.6393-2.73360.18851710.14023249100
2.7336-2.84310.17411710.14173249100
2.8431-2.97250.16651720.14443255100
2.9725-3.12920.18781710.14013261100
3.1292-3.32530.15631700.1355322599
3.3253-3.5820.15431720.13363272100
3.582-3.94240.14151710.1243256100
3.9424-4.51290.14151710.12283245100
4.5129-5.68540.16171730.148327799
5.6854-73.680.15241730.1597330099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34840.0342-0.05660.95030.12360.3963-0.0157-0.01970.0690.08860.02020.0024-0.08660.0148-0.00420.24580.00450.03260.18960.00480.193120.7632-0.2411-0.3083
20.36480.1521-0.02250.5810.11490.3696-0.06930.0519-0.1496-0.14120.0608-0.08290.0330.01410.01430.2422-0.0240.07210.2034-0.01540.245321.7828-33.2814-20.0837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain M or chain NA4 - 629
2X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain M or chain NM800
3X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain M or chain NN800
4X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain O or chain PB4 - 628
5X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain O or chain PO800
6X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain O or chain PP800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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