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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vwr | ||||||
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タイトル | X-ray structure of clavaminate synthase with vanadyl, succinate, and deoxyguanidinoproclavaminic acid | ||||||
![]() | Clavaminate synthase 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / iron / oxygenase / hydroxylase / oxacyclase / desaturase / alpha-ketoglutarate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boal, A.K. / Vavra, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of clavaminate synthase with vanadyl, succinate, and deoxyguanidinoproclavaminic acid 著者: Vavra, J. / Dunham, N.P. / Krebs, C. / Boal, A.K. / Bollinger, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 287.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 287 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1drtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38370.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cas3 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: I0CBY7, clavaminate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SIN / |
#3: 化合物 | ChemComp-PCX / |
#4: 化合物 | ChemComp-VVO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium acetate, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03314 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→63.4 Å / Num. obs: 53542 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Net I/σ(I): 33.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1DRT 解像度: 1.5→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.71 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å
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