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- PDB-6vwp: Crystal structure of E. coli guanosine kinase in complex with ppGpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vwp
タイトルCrystal structure of E. coli guanosine kinase in complex with ppGpp
要素Inosine-guanosine kinase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine kinase / inosine kinase activity / guanosine kinase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Guanosine-inosine kinase / : / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / GUANOSINE / : / Guanosine-inosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Wang, B. / Grant, R.A. / Laub, M.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM082899 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: ppGpp Coordinates Nucleotide and Amino-Acid Synthesis in E. coli During Starvation.
著者: Wang, B. / Grant, R.A. / Laub, M.T.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-guanosine kinase
B: Inosine-guanosine kinase
C: Inosine-guanosine kinase
D: Inosine-guanosine kinase
E: Inosine-guanosine kinase
F: Inosine-guanosine kinase
G: Inosine-guanosine kinase
H: Inosine-guanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,27651
ポリマ－390,2798
非ポリマー9,99643
水00
1
A: Inosine-guanosine kinase
B: Inosine-guanosine kinase
G: Inosine-guanosine kinase
H: Inosine-guanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,12625
ポリマ－195,1404
非ポリマー4,98621
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Inosine-guanosine kinase
D: Inosine-guanosine kinase
E: Inosine-guanosine kinase
F: Inosine-guanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,15026
ポリマ－195,1404
非ポリマー5,01022
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)245.949, 245.949, 221.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...
21(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...
31(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...
41(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...
51(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...
61(chain F and (resid 0 through 344 or resid 355 through 502 or resid 601))
71(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...
81(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 15
121(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A35 - 156
131(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A163
141(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 601
151(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 601
161(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 601
171(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 601
181(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 601
191(chain A and (resid 0 through 15 or resid 35...A0 - 601
211(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 15
221(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B35 - 156
231(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
241(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
251(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
261(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
271(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
281(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
291(chain B and (resid 0 through 15 or resid 35...B0 - 601
311(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C0 - 15
321(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C35 - 156
331(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C163 - 322
341(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C323 - 324
351(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C0 - 601
361(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C0 - 601
371(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C0 - 601
381(chain C and (resid 0 through 15 or resid 35...C0 - 601
411(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D0 - 15
421(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D35 - 156
431(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D0 - 601
441(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D323 - 324
451(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D0 - 601
461(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D0 - 601
471(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D0 - 601
481(chain D and (resid 0 through 15 or resid 35...D0 - 601
511(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E0 - 15
521(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E35 - 156
531(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E163
541(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E323 - 324
551(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E0 - 601
561(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E0 - 601
571(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E0 - 601
581(chain E and (resid 0 through 15 or resid 35...E0 - 601
611(chain F and (resid 0 through 344 or resid 355 through 502 or resid 601))F0 - 344
621(chain F and (resid 0 through 344 or resid 355 through 502 or resid 601))F355 - 502
631(chain F and (resid 0 through 344 or resid 355 through 502 or resid 601))F601
711(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G0 - 15
721(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G35 - 156
731(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G163 - 322
741(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G323 - 324
751(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G0 - 601
761(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G0 - 601
771(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G0 - 601
781(chain G and (resid 0 through 15 or resid 35...G0 - 601
811(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H0 - 15
821(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H35 - 156
831(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H0 - 601
841(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H323 - 324
851(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H0 - 601
861(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H0 - 601
871(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H0 - 601
881(chain H and (resid 0 through 15 or resid 35...H0 - 601

-
要素

#1: タンパク質
Inosine-guanosine kinase


分子量: 48784.902 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: gsk, b0477, JW0466 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEW6, inosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium acetate pH 4.8, 3.1M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→100 Å / Num. obs: 103948 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.45-3.5115.31.7551930.6990.4611.810.425100
3.51-3.57141.4350530.7690.3931.4840.43598.7
3.57-3.6414.31.1551320.8220.3131.1930.44499.3
3.64-3.7217.10.95751630.8930.2380.9860.445100
3.72-3.817.80.77151710.9280.1880.7930.465100
3.8-3.8917.90.59951730.9530.1450.6170.502100
3.89-3.98180.48751810.9680.1180.5020.546100
3.98-4.0917.60.37451450.9760.0910.3850.625100
4.09-4.2117.40.31152200.9840.0760.3210.72100
4.21-4.3517.30.25651530.9880.0630.2640.872100
4.35-4.517.10.21652050.990.0540.2231.066100
4.5-4.6816.70.18451800.9920.0460.191.241100
4.68-4.916.30.16751860.9930.0420.1721.362100
4.9-5.1515.40.15552160.9920.040.1611.369100
5.15-5.4814.20.14351510.9930.0390.1481.30998.8
5.48-5.918.30.13252070.9960.0310.1351.259100
5.9-6.4918.40.1152390.9970.0260.1131.461100
6.49-7.4317.90.08652710.9980.0210.0891.708100
7.43-9.3616.60.06453070.9990.0160.0661.987100
9.36-10015.90.04754020.9990.0120.0481.69498.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VWO

6vwo


解像度: 3.45→49.16 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 1991 1.92 %
Rwork0.2 --
obs0.2008 103894 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 392.61 Å2 / Biso mean: 158.6597 Å2 / Biso min: 94.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26574 0 923 0 27497
Biso mean--166.42 --
残基数----3390
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
12B15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
13C15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
14D15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
15E15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
16F15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
17G15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
18H15791X-RAY DIFFRACTION10.868TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.42-3.50.37831300.32176772690293
3.5-3.60.32331400.29227192733299
3.6-3.70.31831440.269572027346100
3.7-3.820.3151410.25472917432100
3.82-3.960.28411440.23872907434100
3.96-4.120.29021400.225172997439100
4.12-4.310.27881470.223272757422100
4.31-4.530.25811410.190673207461100
4.53-4.820.22031430.178173017444100
4.82-5.190.2141420.18172817423100
5.19-5.710.22451400.18787334747499
5.71-6.530.24231430.190373377480100
6.53-8.220.20041450.186274327577100
8.23-49.160.22541510.18377577772899

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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