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- PDB-6vw8: Formate Dehydrogenase FdsABG subcomplex FdsBG from C. necator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vw8
タイトルFormate Dehydrogenase FdsABG subcomplex FdsBG from C. necator
要素(NAD-dependent formate dehydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / thioredoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


formate dehydrogenase / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region ...Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit / NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Young, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0010666 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic and kinetic analyses of the FdsBG subcomplex of the cytosolic formate dehydrogenase FdsABG fromCupriavidus necator.
著者: Young, T. / Niks, D. / Hakopian, S. / Tam, T.K. / Yu, X. / Hille, R. / Blaha, G.M.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
B: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
C: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
D: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,56014
ポリマ－157,3224
非ポリマー2,23810
水8,953497
1
A: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
B: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8768
ポリマ－78,6612
非ポリマー1,2156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
2
C: NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit
D: NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6846
ポリマ－78,6612
非ポリマー1,0234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.656, 127.050, 99.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...
21(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...
12(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...
22(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...A52 - 54
121(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...A55
131(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...A51 - 201
141(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...A51 - 201
151(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...A51 - 201
161(chain A and (resid 52 through 54 or (resid 55...A51 - 201
211(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...C52 - 54
221(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...C55
231(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...C51 - 202
241(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...C51 - 202
251(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...C51 - 202
261(chain C and (resid 52 through 54 or (resid 55...C51 - 202
112(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...B4 - 38
122(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...B39
132(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...B2 - 514
142(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...B2 - 514
152(chain B and (resid 4 through 38 or (resid 39...B2 - 514
212(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...D4 - 38
222(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...D39
232(chain D and (resid 4 through 38 or (resid 39...D1 - 514

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
NAD-dependent formate dehydrogenase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 NAD-dependent formate dehydrogenase gamma subunit


分子量: 23368.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: fdsG, H16_A0640 / プラスミド: pTrc12HLB-FdsGBCD / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KDY3, formate dehydrogenase
#2: タンパク質 NAD-dependent formate dehydrogenase beta subunit


分子量: 55292.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (バクテリア)
遺伝子: fdsB, H16_A0641 / プラスミド: pTrc12HLB-FdsGBCD / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0KDY2, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 507分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2-propanol, ammonium sulfate, HEPES-NaOH, in an anaerobic chamber

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11931N
21931N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.110.9791
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.7388
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2018年11月6日
ADSC QUANTUM 3152CCD2019年7月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
21.73881
反射解像度: 2.3→48.534 Å / Num. obs: 61209 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.365.20.4622342744970.9150.2230.5143.399.5
10.29-48.5360.06642257100.9940.0290.07217.799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
HKL-3000データ削減
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.534 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1996 3.27 %
Rwork0.1817 --
obs0.183 61091 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.62 Å2 / Biso mean: 32.8316 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9913 0 98 497 10508
Biso mean--28.69 34.31 -
残基数----1330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910205
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05613866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5813658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581549
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081828
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1196X-RAY DIFFRACTION6.214TORSIONAL
12C1196X-RAY DIFFRACTION6.214TORSIONAL
21B4550X-RAY DIFFRACTION6.214TORSIONAL
22D4550X-RAY DIFFRACTION6.214TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.35750.25941440.20124199100
2.3575-2.42130.25941440.19714186100
2.4213-2.49250.23661340.20274234100
2.4925-2.5730.2641460.19424210100
2.573-2.66490.25351390.19524199100
2.6649-2.77160.26691400.19414257100
2.7716-2.89770.22071480.18894190100
2.8977-3.05050.23491420.19424211100
3.0505-3.24160.27251410.19634212100
3.2416-3.49180.21831410.18744222100
3.4918-3.8430.21981440.17314210100
3.843-4.39880.18981460.1588421799
4.3988-5.54080.17791410.16354246100
5.5408-48.5340.21341460.17724302100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28480.8149-0.52942.5819-0.8791.37310.0436-0.3332-0.08050.3273-0.1421-0.2892-0.08780.47930.08840.22930.03580.01790.39790.03530.176635.7809-28.609610.4574
20.8453-0.0869-0.30440.5253-0.02060.96580.107-0.05260.052-0.1525-0.0637-0.0822-0.06560.183-0.0370.2401-0.0030.0730.13930.0160.184427.5568-19.2093-8.6542
30.92280.5605-0.36691.8246-1.19021.9230.04740.00160.0406-0.163-0.0423-0.4003-0.05240.2125-0.00840.2652-0.03530.1170.2119-0.05760.276318.497321.756841.2844
40.62180.0404-0.35770.46560.20491.0927-0.01720.17190.01160.0609-0.05060.06560.1213-0.31580.0620.2428-0.09020.08430.268-0.05630.2258-2.82613.501541.256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA51 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 514
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC51 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 514

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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