PDB-6vvj: Cap1G-TPUA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vvj

タイトル

Cap1G-TPUA

要素

RNA (130-MER)

キーワード

RNA / capped RNA / viral / MAL strain / MAL / 5' leader / Leader RNA / covered cap

機能・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Summers, M.F. / Brown, J.D.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	8R01 AI50498	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U54 AI150470	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F31 GM123803	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	MARC U*STAR 2T34 GM008663	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis for transcriptional start site control of HIV-1 RNA fate.
著者: Brown, J.D. / Kharytonchyk, S. / Chaudry, I. / Iyer, A.S. / Carter, H. / Becker, G. / Desai, Y. / Glang, L. / Choi, S.H. / Singh, K. / Lopresti, M.W. / Orellana, M. / Rodriguez, T. / Oboh, U. ...

履歴

登録	2020年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.0	2024年3月6日	Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vvj_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vvj_full_validation.pdf.gz	932 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vu1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pis-d 7avt-d 6sfr-d 7avu-d 2o25-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30724Cap3G-TAR-F1

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リンク

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#121 - 2010年1月
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類似性 (2)
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リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (2)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (2)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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類似性 (2)
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リボソーム (Ribosome)
類似性 (2)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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類似性 (2)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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類似性 (1)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (130-MER)

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	RNA (130-MER) 分子量: 41922.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	2	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	3	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	4	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	5	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	6	6	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	7	7	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	8	8	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
2	9	9	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
2	10	10	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
2	11	11	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	12	12	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	13	13	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	14	14	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	15	15	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	16	16	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	17	17	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	18	18	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	19	19	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	20	20	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	21	21	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	22	22	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	23	23	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	24	24	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	150 uM 1H Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_1H	100% D2O
solution	2	150 uM Gh Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_Gh	100% D2O
solution	3	150 uM A2rGr Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_A2rGr	100% D2O
solution	4	150 uM GhU6r Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_GhU6r	100% D2O
solution	5	150 uM U6r Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_U6r	100% D2O
solution	6	150 uM C6r Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_C6r	100% D2O
solution	7	150 uM C6rU6r Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_C6rU6r	100% D2O
solution	8	150 uM AhCh Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	Cap1G-TPUA_AhCh	100% D2O
solution	9	150 uM U6r Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 90% H2O/10% D2O	Cap1G-TPUA_U6r-H2O	90% H2O/10% D2O
solution	10	150 uM 1H Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 90% H2O/10% D2O	Cap1G-TPUA_1H-H2O	90% H2O/10% D2O
solution	11	150 uM Gh Cap1G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 90% H2O/10% D2O	Cap1G-TPUA_Gh-H2O	90% H2O/10% D2O
solution	12	150 uM 1H 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_1H	100% D2O
solution	13	150 uM Ah 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_Ah	100% D2O
solution	14	150 uM Ch 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_Ch	100% D2O
solution	15	150 uM Uh 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_Uh	100% D2O
solution	16	150 uM A2rCr 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_A2rCr	100% D2O
solution	17	150 uM A2rUr 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_A2rUr	100% D2O
solution	18	150 uM C6rUr 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_C6rUr	100% D2O
solution	19	150 uM CrU6r 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_CrU6r	100% D2O
solution	20	150 uM AhCh 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_AhCh	100% D2O
solution	21	150 uM ChGh 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_ChGh	100% D2O
solution	22	150 uM GhUh 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_GhUh	100% D2O
solution	23	150 uM AhUh 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl, 100% D2O	2G-TPUA_AhUh	100% D2O
solution	24	150 uM AhGh 2G-TPUA, 10 mM Deuterated KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 M KCl, 100% D2O	2G-TPUA_AhGh	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
150 uM	Cap1G-TPUA	1H	1
10 mM	KH2PO4	Deuterated	1
1 mM	MgCl2	natural abundance	1
122 mM	KCl	natural abundance	1
150 uM	Cap1G-TPUA	Gh	2
10 mM	KH2PO4	Deuterated	2
1 mM	MgCl2	natural abundance	2
122 mM	KCl	natural abundance	2
150 uM	Cap1G-TPUA	A2rGr	3
10 mM	KH2PO4	Deuterated	3
1 mM	MgCl2	natural abundance	3
122 mM	KCl	natural abundance	3
150 uM	Cap1G-TPUA	GhU6r	4
10 mM	KH2PO4	Deuterated	4
1 mM	MgCl2	natural abundance	4
122 mM	KCl	natural abundance	4
150 uM	Cap1G-TPUA	U6r	5
10 mM	KH2PO4	Deuterated	5
1 mM	MgCl2	natural abundance	5
122 mM	KCl	natural abundance	5
150 uM	Cap1G-TPUA	C6r	6
10 mM	KH2PO4	Deuterated	6
1 mM	MgCl2	natural abundance	6
122 mM	KCl	natural abundance	6
150 uM	Cap1G-TPUA	C6rU6r	7
10 mM	KH2PO4	Deuterated	7
1 mM	MgCl2	natural abundance	7
122 mM	KCl	natural abundance	7
150 uM	Cap1G-TPUA	AhCh	8
10 mM	KH2PO4	Deuterated	8
1 mM	MgCl2	natural abundance	8
122 mM	KCl	natural abundance	8
150 uM	Cap1G-TPUA	U6r	9
10 mM	KH2PO4	Deuterated	9
1 mM	MgCl2	natural abundance	9
122 mM	KCl	natural abundance	9
150 uM	Cap1G-TPUA	1H	10
10 mM	KH2PO4	Deuterated	10
1 mM	MgCl2	natural abundance	10
122 mM	KCl	natural abundance	10
150 uM	Cap1G-TPUA	Gh	11
10 mM	KH2PO4	Deuterated	11
1 mM	MgCl2	natural abundance	11
122 mM	KCl	natural abundance	11
150 uM	2G-TPUA	1H	12
10 mM	KH2PO4	Deuterated	12
1 mM	MgCl2	natural abundance	12
122 mM	KCl	natural abundance	12
150 uM	2G-TPUA	Ah	13
10 mM	KH2PO4	Deuterated	13
1 mM	MgCl2	natural abundance	13
122 mM	KCl	natural abundance	13
150 uM	2G-TPUA	Ch	14
10 mM	KH2PO4	Deuterated	14
1 mM	MgCl2	natural abundance	14
122 mM	KCl	natural abundance	14
150 uM	2G-TPUA	Uh	15
10 mM	KH2PO4	Deuterated	15
1 mM	MgCl2	natural abundance	15
122 mM	KCl	natural abundance	15
150 uM	2G-TPUA	A2rCr	16
10 mM	KH2PO4	Deuterated	16
1 mM	MgCl2	natural abundance	16
122 mM	KCl	natural abundance	16
150 uM	2G-TPUA	A2rUr	17
10 mM	KH2PO4	Deuterated	17
1 mM	MgCl2	natural abundance	17
122 mM	KCl	natural abundance	17
150 uM	2G-TPUA	C6rUr	18
10 mM	KH2PO4	Deuterated	18
1 mM	MgCl2	natural abundance	18
122 mM	KCl	natural abundance	18
150 uM	2G-TPUA	CrU6r	19
10 mM	KH2PO4	Deuterated	19
1 mM	MgCl2	natural abundance	19
122 mM	KCl	natural abundance	19
150 uM	2G-TPUA	AhCh	20
10 mM	KH2PO4	Deuterated	20
1 mM	MgCl2	natural abundance	20
122 mM	KCl	natural abundance	20
150 uM	2G-TPUA	ChGh	21
10 mM	KH2PO4	Deuterated	21
1 mM	MgCl2	natural abundance	21
122 mM	KCl	natural abundance	21
150 uM	2G-TPUA	GhUh	22
10 mM	KH2PO4	Deuterated	22
1 mM	MgCl2	natural abundance	22
122 mM	KCl	natural abundance	22
150 uM	2G-TPUA	AhUh	23
10 mM	KH2PO4	Deuterated	23
1 mM	MgCl2	natural abundance	23
122 mM	KCl	natural abundance	23
150 uM	2G-TPUA	AhGh	24
10 mM	KH2PO4	Deuterated	24
1 mM	MgCl2	natural abundance	24
122 M	KCl	natural abundance	24

試料状態

イオン強度: 10 mM KH2PO4, 1 mM MgCl2, 122 mM KCl mM / Label: PI-D2O / pH: 7.4 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRFx	Johnson, One Moon Scientific	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	peak picking
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	geometry optimization
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
Amber	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman	structure calculation
Amber	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 9 / 詳細: distance geometry, molecular dynamics

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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