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- PDB-6vua: X-ray structure of human CD38 catalytic domain with 2'-Cl-araNAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vua
タイトルX-ray structure of human CD38 catalytic domain with 2'-Cl-araNAD+
要素ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / CD38
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / female pregnancy / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / transferase activity / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Chem-ROJ / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Dai, Z. / Zhang, X.N. / Nasertorabi, F. / Han, G.W. / Stevens, R.C. / Zhang, Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Other privateUniversity of Southern California Start-Up Fund for New Faculty and Sharon L. Cockrell Cancer Research Fund 米国
Other privateThe V Foundation for Cancer Research V2016-021 米国
Other privateSTOP CANCER Research Career Development Award 米国
Other privatePhRMA Foundation Research Starter Grant in Translational Medicine and Therapeutics 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Synthesis of site-specific antibody-drug conjugates by ADP-ribosyl cyclases.
著者: Dai, Z. / Zhang, X.N. / Nasertorabi, F. / Cheng, Q. / Li, J. / Katz, B.B. / Smbatyan, G. / Pei, H. / Louie, S.G. / Lenz, H.J. / Stevens, R.C. / Zhang, Y.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,95417
ポリマ－59,5272
非ポリマー2,42715
水9,044502
1
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9408
ポリマ－29,7641
非ポリマー1,1767
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0149
ポリマ－29,7641
非ポリマー1,2518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.762, 114.762, 97.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-538-

HOH

21A-779-

HOH

31A-781-

HOH

41B-712-

HOH

51B-719-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 29763.738 Da / 分子数: 2 / 変異: N100D, N164A, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pFuse / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase

-
非ポリマー , 7種, 517分子

#2: 化合物 ChemComp-ROJ / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R})-4-chloranyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 561.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22ClN5O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: Large two dimensional, Thin, platelet like crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1) 100mM HEPES pH 7.0, 2) 38-42% Morpheus Precipitant mix 1 (MD2-250-84) containing PEG 1K, 3350 and MPD, 3) 100mM Potassium phosphate dibasic
PH範囲: 6.8-7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→114.762 Å / Num. obs: 103758 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.5-1.5818.11.750.4149490.7480.421.8011.75100
1.58-1.6820.61.070.7141770.2421.0971.07100
1.68-1.7920.10.6611.2133700.1510.6780.661100
1.79-1.9419.20.3582.1124250.0840.3670.358100
1.94-2.1220.90.2023.6114870.0450.2070.202100
2.12-2.3720.40.1255.5104340.0290.1280.125100
2.37-2.7419.10.0887.492640.0210.0910.088100
2.74-3.3520.90.0639.578850.0140.0650.063100
3.35-4.7419.50.0561061890.0130.0580.056100
4.74-28.69118.60.0667.835780.0160.0680.06699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EDR

6edr


解像度: 1.5→28.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.692 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1902 5329 5.1 %RANDOM
Rwork0.1664 ---
obs0.1676 98376 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.85 Å2 / Biso mean: 30.512 Å2 / Biso min: 16.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 151 512 4707
Biso mean--40.28 42.11 -
残基数----506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0134571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.6516300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5191.5819531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3215575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56222.906234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56315778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2711525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.350.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02957
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 385 -
Rwork0.284 7177 -
all-7562 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18240.1223-0.07160.20880.10660.2591-0.0131-0.0054-0.0004-0.0005-0.00360.0251-0.00920.01410.01670.05540.00360.00290.05960.00210.0549-11.091-22.92611.486
20.8741-0.23470.03070.1293-0.030.00960.0309-0.0027-0.1472-0.0034-0.03230.0005-0.00380.01270.00140.01280.01070.00590.10090.00960.0755-49.858-15.48525.433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1A114 - 153
3X-RAY DIFFRACTION1A154 - 200
4X-RAY DIFFRACTION1A201 - 277
5X-RAY DIFFRACTION1A278 - 300
6X-RAY DIFFRACTION1A401
7X-RAY DIFFRACTION2B46 - 113
8X-RAY DIFFRACTION2B114 - 153
9X-RAY DIFFRACTION2B154 - 200
10X-RAY DIFFRACTION2B201 - 277
11X-RAY DIFFRACTION2B278 - 296
12X-RAY DIFFRACTION2B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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