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- PDB-6vu9: Crystal structure of threonyl-tRNA synthetase (ThrRS) from Stenot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vu9
タイトルCrystal structure of threonyl-tRNA synthetase (ThrRS) from Stenotrophomonas maltophilia K279a
要素Threonine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / AARS / aminoacyl tRNA synthetase / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / thrS / antibiotic resistance / borrelidin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / : / TGS domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Anticodon-binding domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Beta-grasp domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Beta-grasp domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Threonine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of threonyl-tRNA synthetase (ThrRS) from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2974
ポリマ－73,0401
非ポリマー2583
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.070, 163.930, 76.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

SO4

21A-920-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Threonine--tRNA ligase / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS


分子量: 73039.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: thrS, Smlt3378 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FN79, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: StmaA.00156.a.B1.PW38695 at mg/mL against MCSG1 screen condition C8: 0.2 sodium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20% PEG 4000 supplemented with 15% ethylene glycol as cryoprotectant, ...詳細: StmaA.00156.a.B1.PW38695 at mg/mL against MCSG1 screen condition C8: 0.2 sodium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 20% PEG 4000 supplemented with 15% ethylene glycol as cryoprotectant, unique puck ID ygn6-7, crystal ID 312751c8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.8 Å / Num. obs: 39658 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.26 % / Biso Wilson estimate: 56.017 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 28.45 / Num. measured all: 327591 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.268.4270.5992.9524236289728760.9520.63899.3
2.26-2.328.4190.4743.7923768283828230.9610.50499.5
2.32-2.398.420.3535.0123138276327480.980.37699.5
2.39-2.468.4250.2826.1422597270126820.9870.30199.3
2.46-2.548.4490.2237.821503255925450.9920.23799.5
2.54-2.638.3930.1741021242254425310.9950.18699.5
2.63-2.738.4010.1412.520532245324440.9960.14999.6
2.73-2.848.3880.10316.519585234723350.9980.1199.5
2.84-2.978.3650.08720.2518655223922300.9980.09299.6
2.97-3.118.3460.06227.1717943215321500.9990.06699.9
3.11-3.288.3230.04636.5617079205720520.9990.04999.8
3.28-3.488.2680.03644.1416147195519530.9990.03999.9
3.48-3.728.2040.0354.46149481824182210.03299.9
3.72-4.028.1060.02761.59139431724172010.02999.8
4.02-4.48.0330.02469.7126521578157510.02699.8
4.4-4.927.9280.02173.25114321442144210.022100
4.92-5.687.8550.02273.33100391278127810.024100
5.68-6.967.6870.02273.2884021093109310.023100
6.96-9.847.5750.01978.93657586986810.02199.9
9.84-39.86.4660.02175.6131755124910.9990.02395.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4htA

4hta


解像度: 2.2→39.8 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 2033 5.14 %
Rwork0.19 --
obs0.192 39585 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 156.4 Å2 / Biso mean: 73.2172 Å2 / Biso min: 23.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4839 0 11 121 4971
Biso mean--62.36 59.14 -
残基数----631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.250.36411220.2722476259899
2.25-2.310.35161470.25442430257799
2.31-2.370.32421350.24332476261199
2.37-2.440.30651350.23932448258399
2.44-2.520.23221230.22322475259899
2.52-2.610.26491280.21852484261299
2.61-2.710.26831280.21812486261499
2.71-2.840.26411360.21992505264199
2.84-2.990.24671370.223824802617100
2.99-3.170.24651310.216725092640100
3.17-3.420.22021280.209125322660100
3.42-3.760.21661450.189824992644100
3.76-4.30.21681340.166425522686100
4.31-5.420.16891550.154125402695100
5.42-39.80.24221490.17126602809100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.42070.28060.88171.1688-0.39162.5009-0.4044-0.3312-0.69040.0393-0.0049-0.1113-0.152-0.22260.3710.5640.06480.02720.47030.04290.89544.8017-47.3342-4.8203
20.60060.3916-1.44762.5933-2.75170.4196-0.0726-0.007-0.59650.1024-0.2658-0.27050.01480.19040.31290.8384-0.0692-0.24260.50510.07040.72613.8262-28.1871-15.1624
32.3811-0.15070.00332.26810.56542.18370.1760.3487-0.4914-0.17550.0099-0.32320.3443-0.0552-0.16640.39740.0028-0.03420.3171-0.04960.385818.9801-13.2616-49.048
43.82980.22620.33183.17420.13883.35460.5375-0.96090.28230.5520.0519-0.94810.06810.7067-0.55450.7831-0.0467-0.28931.023-0.07631.172843.7392-5.5853-17.946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 181 )A3 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 182 through 267 )A182 - 267
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 268 through 541 )A268 - 541
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 542 through 633 )A542 - 633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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