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- PDB-6vta: Aminoglycoside N-2'-Acetyltransferase-Ia [AAC(2')-Ia] in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vta
タイトルAminoglycoside N-2'-Acetyltransferase-Ia [AAC(2')-Ia] in complex with amikacin and acetyl-CoA
要素Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase / GNAT superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


gentamicin 2'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Chem-AKN / Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Providencia stuartii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Bassenden, A.V. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-162365 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural and phylogenetic analyses of resistance to next-generation aminoglycosides conferred by AAC(2') enzymes.
著者: Bassenden, A.V. / Dumalo, L. / Park, J. / Blanchet, J. / Maiti, K. / Arya, D.P. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5726
ポリマ－40,7822
非ポリマー2,7904
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.367, 58.928, 83.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-646-

HOH

31B-497-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / AAC(2')-Ia


分子量: 20390.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Providencia stuartii (バクテリア)
遺伝子: aac / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52424, gentamicin 2'-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AKN / (2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide / AMIKACIN / アミカシン


分子量: 585.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H43N5O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Na3Cit, NaCl, TRIS, amikacin, acetyl CoA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→27.47 Å / Num. obs: 76642 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.92
反射 シェル解像度: 1.42→1.471 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 7629 / CC1/2: 0.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VR2

6vr2


解像度: 1.42→27.47 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1823 3822 4.99 %
Rwork0.14 --
obs0.1421 76602 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→27.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 0 182 480 3491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.944730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.062494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.430.35811420.31712494X-RAY DIFFRACTION93
1.43-1.450.31461700.28552632X-RAY DIFFRACTION98
1.45-1.470.31521450.25822645X-RAY DIFFRACTION98
1.47-1.490.32821370.24342681X-RAY DIFFRACTION99
1.49-1.520.30921600.22342643X-RAY DIFFRACTION99
1.52-1.540.26711480.20812673X-RAY DIFFRACTION99
1.54-1.570.2661310.19962686X-RAY DIFFRACTION99
1.57-1.590.22571120.18872696X-RAY DIFFRACTION99
1.59-1.620.24221470.17472704X-RAY DIFFRACTION99
1.62-1.650.21371460.15762655X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.690.22531430.14992701X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.21871490.14012699X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.760.18331350.12852690X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.810.18961400.12552700X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.860.19381450.12422686X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.910.16161490.12152714X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.970.16431270.11572726X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.040.18961340.11482730X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.120.13821580.11022691X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.220.15721160.11372724X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.340.1741360.12082707X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.480.15211290.12382725X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.680.17241410.13632753X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.950.16971660.14032699X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.370.15021510.12772730X-RAY DIFFRACTION100
3.37-4.240.12811320.10832785X-RAY DIFFRACTION100
4.25-27.470.14051330.12552811X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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