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万見
- PDB-6vt6: Naegleria gruberi RNA ligase K170A mutant with ATP and Mn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vt6
タイトルNaegleria gruberi RNA ligase K170A mutant with ATP and Mn
要素RNA Ligase
キーワードLIGASE / RNA repair / adenylyltransferase
機能・相同性RNA ligase, DRB0094 / PHA02142 OB-fold domain / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Predicted protein
機能・相同性情報
生物種Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Caveat mutator: alanine substitutions for conserved amino acids in RNA ligase elicit unexpected rearrangements of the active site for lysine adenylylation.
著者: Unciuleac, M.C. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2765
ポリマ－38,6041
非ポリマー6724
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.935, 54.935, 101.647
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 RNA Ligase


分子量: 38603.730 Da / 分子数: 1 / 変異: K170A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)
遺伝子: NAEGRDRAFT_82186 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2W2Z5
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: NgRnlK170A (9.8 mg/ml) was adjusted to 5 mM AMP and 2 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of ...詳細: NgRnlK170A (9.8 mg/ml) was adjusted to 5 mM AMP and 2 mM MnCl2 and incubated for 15 min on ice before aliquots of the protein solution (1 ul) were mixed on a coverslip with an equal volume of precipitant solution containing 0.1 M HEPES pH 6.5, 30% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 47215 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.52 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.96-1.993.30.39511310.7810.2490.4690.90595.5
1.99-2.033.80.36512150.8550.210.4220.94196.8
2.03-2.0740.32111700.8730.1820.371.00797.8
2.07-2.1140.28511850.890.160.3271.16199.4
2.11-2.1640.25412120.9110.1430.2921.24499.7
2.16-2.2140.22612330.9280.1280.261.41799.5
2.21-2.263.90.20612050.9390.1190.2391.41899.8
2.26-2.323.70.18511800.9410.1110.2171.37799.5
2.32-2.394.20.17312220.9580.0950.1981.535100
2.39-2.474.20.15512210.9660.0850.1781.54299.8
2.47-2.564.20.14512060.970.0790.1651.58999.8
2.56-2.664.20.13211930.9730.0720.1511.7199.9
2.66-2.783.80.11811930.9770.0690.1371.77399.4
2.78-2.934.10.10112020.9820.0560.1161.81599.8
2.93-3.114.30.09312260.9860.050.1061.988100
3.11-3.354.20.08112160.9890.0440.0922.10799.9
3.35-3.693.90.06912060.990.040.082.09899.3
3.69-4.224.40.05812100.9950.0310.0661.852100
4.22-5.324.10.05112090.9950.0280.0581.47399.6
5.32-504.20.04312160.9970.0230.0491.199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5COT

5cot


解像度: 1.969→47.575 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 3895 8.32 %
Rwork0.1609 --
obs0.1653 47215 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.32 Å2 / Biso mean: 34.6335 Å2 / Biso min: 15.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.969→47.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2677 0 34 287 2998
Biso mean--36.62 42.33 -
残基数----335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9692-1.99330.33071120.2778123982
1.9933-2.01850.32661520.2342151193
2.0185-2.04510.2651350.2221150095
2.0451-2.07310.29061320.2093148996
2.0731-2.10270.26421410.2128164698
2.1027-2.13410.26821380.2011152297
2.1341-2.16740.24541340.2013154998
2.1674-2.2030.29141530.1954159398
2.203-2.24090.24071400.1895149198
2.2409-2.28170.24691320.1874160897
2.2817-2.32560.25151300.1765151797
2.3256-2.3730.22331400.1725158399
2.373-2.42460.22691480.1739159299
2.4246-2.4810.24091240.1674154099
2.481-2.54310.26121510.1776155498
2.5431-2.61180.24591590.164158699
2.6118-2.68870.19171420.1713157199
2.6887-2.77550.23821510.172154898
2.7755-2.87460.20141490.1676151196
2.8746-2.98970.2251520.161154499
2.9897-3.12580.23071460.163158099
3.1258-3.29050.21351390.1504159499
3.2905-3.49660.17091390.1401156099
3.4966-3.76650.21731390.1396155797
3.7665-4.14530.17661520.13741604100
4.1453-4.74470.16421400.1222155199
4.7447-5.9760.16441410.144156298
5.976-47.570.21411190.1642158398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2381-0.06010.05850.4364-0.29790.16840.12470.25960.05880.0183-0.1469-0.1371-0.04690.0933-00.24380.04490.01010.22770.02750.2223-10.6576-17.851-17.0473
20.313-0.0572-0.22890.8828-0.18330.21570.070.1180.23540.0844-0.2868-0.5872-0.02620.1209-0.00370.23890.0349-0.01190.21790.08340.3258-5.5649-8.7829-14.9867
30.04980.00410.00680.05590.1290.11240.1855-0.01810.148-0.184-0.1447-0.0762-0.0348-0.2011-0.00010.3592-0.0178-0.03540.24340.03120.2854-18.86538.8874-6.3943
40.4561-0.2331-0.19490.93760.56891.2521-0.0525-0.0423-0.0286-0.0353-0.07560.09780.0434-0.1087-0.00010.16160.00640.01010.1815-0.01380.1811-33.7605-0.9436-4.4539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 58 )A6 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 118 )A59 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 138 )A119 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 139 through 340 )A139 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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