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万見
- PDB-6vsx: X-ray crystal structure of the C-terminal domain of Bacillus subt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vsx
タイトルX-ray crystal structure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis RNA polymerase binding helicase HelD
要素DNA helicase
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / DNA helicase / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...: / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / ATP-dependent DNA helicase rep / DNA helicase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Murakami, K.S. / Chon, U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131860 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mycobacterial HelD is a nucleic acids-clearing factor for RNA polymerase.
著者: Tomáš Kouba / Tomáš Koval' / Petra Sudzinová / Jiří Pospíšil / Barbora Brezovská / Jarmila Hnilicová / Hana Šanderová / Martina Janoušková / Michaela Šiková / Petr Halada / ...著者: Tomáš Kouba / Tomáš Koval' / Petra Sudzinová / Jiří Pospíšil / Barbora Brezovská / Jarmila Hnilicová / Hana Šanderová / Martina Janoušková / Michaela Šiková / Petr Halada / Michal Sýkora / Ivan Barvík / Jiří Nováček / Mária Trundová / Jarmila Dušková / Tereza Skálová / URee Chon / Katsuhiko S Murakami / Jan Dohnálek / Libor Krásný /
要旨: RNA synthesis is central to life, and RNA polymerase (RNAP) depends on accessory factors for recovery from stalled states and adaptation to environmental changes. Here, we investigated the mechanism ...RNA synthesis is central to life, and RNA polymerase (RNAP) depends on accessory factors for recovery from stalled states and adaptation to environmental changes. Here, we investigated the mechanism by which a helicase-like factor HelD recycles RNAP. We report a cryo-EM structure of a complex between the Mycobacterium smegmatis RNAP and HelD. The crescent-shaped HelD simultaneously penetrates deep into two RNAP channels that are responsible for nucleic acids binding and substrate delivery to the active site, thereby locking RNAP in an inactive state. We show that HelD prevents non-specific interactions between RNAP and DNA and dissociates stalled transcription elongation complexes. The liberated RNAP can either stay dormant, sequestered by HelD, or upon HelD release, restart transcription. Our results provide insights into the architecture and regulation of the highly medically-relevant mycobacterial transcription machinery and define HelD as a clearing factor that releases RNAP from nonfunctional complexes with nucleic acids.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3762
ポリマ－21,2811
非ポリマー951
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.963, 38.813, 44.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.448, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1004-

HOH

21A-1009-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA helicase


分子量: 21281.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A164TSE8, UniProt: O32215*PLUS, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M Na/K phosphate, pH 6.2, 0.2 M NaCl, 50 % PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5414 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.73 Å / Num. obs: 11905 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 21.97 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 60.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.206 / Num. unique obs: 463 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→24.73 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.615
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 1174 10.01 %
Rwork0.1723 --
obs0.1752 11730 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 5 109 1382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80211755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.061172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.23331180.17231047X-RAY DIFFRACTION76.04
2.09-2.20.22561460.1611304X-RAY DIFFRACTION94.96
2.2-2.340.23081480.16471353X-RAY DIFFRACTION98.17
2.34-2.520.19451480.18181329X-RAY DIFFRACTION97.17
2.52-2.770.1971500.17951356X-RAY DIFFRACTION97.54
2.77-3.170.22721530.18721350X-RAY DIFFRACTION97.28
3.17-3.990.17051520.16181382X-RAY DIFFRACTION100
3.99-24.730.19731590.17271435X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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