PDB-6vsw: Optimization and biological evaluation of thiazole-bis-amide inve...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vsw

タイトル

Optimization and biological evaluation of thiazole-bis-amide inverse agonists of RORgt

要素

RAR-related orphan receptor C

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Nuclear Receptor RORgt

機能・相同性

機能・相同性情報

multicellular organism development / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.202 Å

データ登録者

Spurlino, J. / Milligan, C.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Optimization and biological evaluation of thiazole-bis-amide inverse agonists of ROR gamma t.
著者: Gege, C. / Albers, M. / Kinzel, O. / Kleymann, G. / Schluter, T. / Steeneck, C. / Hoffmann, T. / Xue, X. / Cummings, M.D. / Spurlino, J. / Milligan, C. / Fourie, A.M. / Edwards, J.P. / ...

履歴

登録	2020年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vsw.cif.gz	206.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vsw.ent.gz	167.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vsw_validation.pdf.gz	418.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vsw_full_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示
XML形式データ	6vsw_validation.xml.gz	2.2 KB	表示
CIF形式データ	6vsw_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nadS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q7a-d 5k3n-4 5k74-2 5ufr-1 6cn5-2 5ntq-2 6b31-2 6q6m-d 5k3l-2 5k3l-4 5k6e-2 5k3l-3 4qm0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RAR-related orphan receptor C

B: RAR-related orphan receptor C

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RAR-related orphan receptor C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RAR-related orphan receptor C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.261, 100.261, 124.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	RAR-related orphan receptor C / RORC protein 分子量: 27076.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I9R9, UniProt: P51449*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-RG7 / 5-(2,3-dichloro-4-{[(2S)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]sulfamoyl}phenyl)-4-(4-fluoropiperidine-1-carbonyl)-N-(2-hydroxy-2-methylpropyl)-1,3-thiazole-2-carboxamide 分子量: 649.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆Cl₂F₄N₄O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.35M NaFormate, 0.1M Hepes pH7, 3%MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 11779 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 113.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.136 / Χ²: 1.474 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 115470

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.2-3.26	9.6	0.746	589	0.499	1	99.8
3.26-3.31	9.7	0.993	584	0.519	1	100
3.31-3.38	9.9	0.915	583	0.569	1	100
3.38-3.45	9.8	0.687	595	0.575	1	100
3.45-3.52	9.7	0.617	571	0.678	1	100
3.52-3.6	9.2	0.553	587	0.724	1	100
3.6-3.69	9.4	0.427	586	0.872	1	100
3.69-3.79	10	0.366	595	0.952	1	100
3.79-3.91	9.5	0.313	576	1.186	1	100
3.91-4.03	10.1	0.257	590	1.275	1	100
4.03-4.18	10.5	0.212	582	1.483	1	100
4.18-4.34	10.4	0.186	599	1.699	1	100
4.34-4.54	10.3	0.182	591	2.034	1	100
4.54-4.78	10.1	0.166	575	2.073	1	100
4.78-5.08	9.7	0.16	586	1.987	1	100
5.08-5.47	9.4	0.155	588	2.086	1	100
5.47-6.02	9.5	0.161	592	1.885	1	100
6.02-6.89	10.5	0.125	596	2.04	1	100
6.89-8.67	10	0.09	598	2.471	1	100
8.67-50	9	0.077	616	3.753	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NAD

6nad

解像度: 3.202→43.414 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	1180	10.07 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1904	11717	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 233.51 Å² / B_iso mean: 117.3787 Å² / B_iso min: 69.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.202→43.414 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3705	0	132	0	3837
B_iso mean	-	-	145.8	-	-
残基数	-	-	-	-	453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.479	5212
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.745	2360

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.2024-3.3481	0.3676	145	0.3084	1317	99
3.3481-3.5245	0.3032	142	0.2572	1300	99
3.5245-3.7453	0.2806	150	0.2282	1312	100
3.7453-4.0342	0.2582	150	0.2006	1308	100
4.0342-4.4399	0.2586	149	0.1728	1317	100
4.4399-5.0815	0.2311	144	0.1783	1315	100
5.0815-6.3988	0.2503	149	0.2022	1329	100
6.3988-10	0.1747	151	0.1505	1339	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5801	0.664	-0.4693	5.9828	5.0242	4.2072	0.4208	0.8258	0.0861	-0.7866	-0.5123	0.4458	0.0426	-1.958	-0.2639	1.0356	0.057	-0.0062	1.4515	0.1985	0.8298	-46.4485	131.9948	5.0406
2	3.7225	-1.1286	-2.1792	8.5264	0.7446	3.3803	-0.0639	0.064	-0.4458	-0.0267	0.1506	0.888	0.476	-0.3073	-0.0202	1.1249	-0.0165	-0.0987	1.0989	-0.0514	1.0335	-33.071	108.4272	-5.3137
3	4.3646	4.3632	-4.5926	4.274	-4.528	4.7916	0.1252	-0.7274	1.6301	0.0063	0.5058	0.4596	-1.9254	-1.086	-0.6355	1.3349	0.3351	0.072	0.9782	0.0256	1.2057	-33.6931	134.5683	-9.1142
4	4.0098	-3.2807	0.715	7.3324	3.6271	4.5729	0.2055	-0.5764	-0.522	0.4626	-0.0399	0.6096	-0.1412	-0.433	-0.1773	1.0204	-0.0098	0.1129	1.1064	0.1109	0.9957	-31.5392	110.4148	2.3993
5	3.9894	-4.7369	-1.6183	7.4379	3.9664	1.6402	-0.131	-0.8439	-0.1663	0.7264	0.2923	0.2493	0.3266	0.3814	-0.1489	1.2041	0.2041	0.1087	1.0411	0.1133	0.7481	-27.7694	114.9073	4.5472
6	2.4866	-0.2297	-1.7273	2.9797	2.5881	3.2203	-0.3273	0.276	0.2498	1.1889	0.3569	-0.4815	-1.1307	2.3201	-0.8311	1.1307	0.0826	0.1679	1.7802	-0.1185	1.3939	-26.966	137.9277	-4.0977
7	4.8528	-1.8473	-0.3126	7.9335	-2.433	6.1039	-0.6287	-0.3424	-0.1059	0.9785	0.6752	-0.0315	-0.0543	-0.4904	-0.0622	0.9126	0.2117	-0.0151	1.213	-0.0194	0.8516	-34.9367	133.0088	9.9871
8	3.9206	-2.3145	1.8848	3.5941	-0.4154	3.8812	0.6031	0.352	0.0921	-0.5582	-0.1875	-2.1241	-0.7188	0.5736	0.2463	1.1365	-0.0359	0.1296	1.1124	0.118	0.8769	-19.8087	119.3893	-7.632
9	3.5464	4.1297	-3.7269	9.3492	-5.8273	4.3601	0.4223	-0.4086	-1.313	0.8201	-1.4261	-1.398	0.8785	1.6545	1.1852	1.0267	0.2975	-0.0886	0.9399	0.1104	1.0346	-16.9461	117.1449	-36.9224
10	5.5176	2.8097	2.5252	2.2338	1.3523	0.7488	0.1755	0.3777	-0.4073	0.0926	0.0799	0.0383	0.3596	0.0288	-0.2851	1.1063	-0.0124	0.0791	1.1688	0.0384	1.0859	-44.4025	113.5368	-27.8598
11	9.6725	5.932	4.9764	3.7986	4.4718	9.9863	1.0628	0.2025	-0.2077	0.4586	-0.6637	-0.9121	0.0012	1.3362	-0.3352	0.7902	0.0373	-0.0082	1.2579	-0.0776	1.0999	-25.4962	126.9797	-25.6159
12	6.045	1.9787	-3.0134	1.1133	-0.4241	3.1859	-0.4058	0.8074	-0.2201	-0.3268	0.3606	0.1542	0.7628	-0.6327	-0.0704	0.8462	-0.0036	0.0036	1.1054	-0.0772	0.9124	-42.6254	119.08	-37.2358
13	6.7319	2.881	-0.1687	4.579	2.9663	9.4878	-0.0348	0.0289	0.0392	-0.1952	-0.0705	0.8134	-0.8063	-0.2373	0.0351	0.9939	0.1147	0.0284	1.1522	0.0101	0.958	-19.894	130.7588	-35.8777
14	9.0214	-0.7152	-3.7058	4.8718	-1.1981	3.8851	1.1065	0.5902	-0.0853	0.0317	-0.5081	0.2711	-1.7929	-0.1047	-0.8723	0.8492	0.092	-0.0233	0.8389	-0.0988	0.9272	-37.894	128.9716	-34.9585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 265 through 282 )	A	265 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 283 through 337 )	A	283 - 337
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 338 through 356 )	A	338 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 357 through 384 )	A	357 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 385 through 425 )	A	385 - 425
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 426 through 435 )	A	426 - 435
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 436 through 470 )	A	436 - 470
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 471 through 492 )	A	471 - 492
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 265 through 283 )	B	265 - 283
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 284 through 336 )	B	284 - 336
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 337 through 363 )	B	337 - 363
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 364 through 425 )	B	364 - 425
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 426 through 456 )	B	426 - 456
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 457 through 489 )	B	457 - 489

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)