PDB-6vsp: Structure of Serratia marcescens 2,3-butanediol dehydrogenase mut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vsp

タイトル

Structure of Serratia marcescens 2,3-butanediol dehydrogenase mutant Q247A

要素

2,3-butanediol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BDH

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Phylogenetics-based identification and characterization of a superior 2,3-butanediol dehydrogenase for Zymomonas mobilis expression.
著者: Subramanian, V. / Lunin, V.V. / Farmer, S.J. / Alahuhta, M. / Moore, K.T. / Ho, A. / Chaudhari, Y.B. / Zhang, M. / Himmel, M.E. / Decker, S.R.

履歴

登録	2020年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vsp.cif.gz	131.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vsp.ent.gz	95.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vsp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vsp_validation.pdf.gz	492.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vsp_full_validation.pdf.gz	494.6 KB	表示
XML形式データ	6vsp_validation.xml.gz	2.1 KB	表示
CIF形式データ	6vsp_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/6vsp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xewC 6xexC 6vsm PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xew-1 4cql-3 3ndr-d 4gkb-d 4cql-2 6ixj-3 1hdc-d 4cqm-3 4eds-3 3nug-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.675, 108.675, 82.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2,3-butanediol dehydrogenase / 3-oxoacyl-ACP reductase / SDR family oxidoreductase 分子量: 27882.711 Da / 分子数: 2 / 変異: Q247A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: budC, A8A12_06140, FG174_10665 / 発現宿主: Zymomonas mobilis (バクテリア) 参照: UniProt: H9XP47, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

#1: タンパク質

2,3-butanediol dehydrogenase / 3-oxoacyl-ACP reductase / SDR family oxidoreductase

分子量: 27882.711 Da / 分子数: 2 / 変異: Q247A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: budC, A8A12_06140, FG174_10665 / 発現宿主:

Zymomonas mobilis (バクテリア)
参照: UniProt: H9XP47, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

-
非ポリマー , 6種, 552分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, pH 6-7, 6-15% w/v PEG3350 / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月16日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 39724 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.32 % / R_sym value: 0.1087 / Net I/σ(I): 18.67
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique obs: 5531 / R_sym value: 0.7479

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOLREP		位相決定
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6VSM

6vsm
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.912 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	1895	4.792 %
R_work	0.1677	-	-
all	0.17	-	-
obs	-	39547	99.665 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.012 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.113 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.113 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.226 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3668	0	151	539	4358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.629	5460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.404	1.582	8682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.467	5	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.734	22.21	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.587	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.432	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.387	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.968	2.297	2081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.964	2.295	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.876	3.432	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.878	3.435	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.631	2.712	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.631	2.712	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.006	3.925	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.006	3.925	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.232	29.696	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.03	29.133	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.118	0.05	7334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.347	134	0.34	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.5458
1.949-2.003	0.294	142	0.262	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.8579
2.003-2.061	0.33	124	0.235	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.817
2.061-2.124	0.272	123	0.219	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.7364
2.124-2.194	0.269	129	0.208	2449	X-RAY DIFFRACTION	99.6906
2.194-2.271	0.255	118	0.192	2374	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.271-2.356	0.219	103	0.175	2337	X-RAY DIFFRACTION	99.7547
2.356-2.452	0.246	132	0.175	2168	X-RAY DIFFRACTION	99.524
2.452-2.561	0.243	94	0.159	2131	X-RAY DIFFRACTION	99.4636
2.561-2.686	0.266	101	0.157	2045	X-RAY DIFFRACTION	99.5824
2.686-2.831	0.255	97	0.147	1933	X-RAY DIFFRACTION	99.8033
2.831-3.003	0.228	88	0.139	1852	X-RAY DIFFRACTION	99.2835
3.003-3.21	0.166	69	0.146	1757	X-RAY DIFFRACTION	99.5638
3.21-3.466	0.184	80	0.141	1620	X-RAY DIFFRACTION	99.6483
3.466-3.796	0.171	75	0.135	1515	X-RAY DIFFRACTION	99.8117
3.796-4.243	0.168	80	0.122	1358	X-RAY DIFFRACTION	99.8611
4.243-4.897	0.169	75	0.113	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
4.897-5.992	0.15	61	0.137	1050	X-RAY DIFFRACTION	100
5.992-8.448	0.195	43	0.148	832	X-RAY DIFFRACTION	100
8.448-50	0.269	27	0.204	508	X-RAY DIFFRACTION	99.2579

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 552分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 552分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 552分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)