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万見
- PDB-6vs0: protein B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vs0
タイトルprotein B
要素Multidrug transporter MdfA
キーワードTRANSPORT PROTEIN/ANTIBIOTIC / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / regulation of cellular pH / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / PRASEODYMIUM ION / Multidrug transporter MdfA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lu, M. / Lu, M.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094195 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of a redesigned multidrug transporter from the Major Facilitator Superfamily.
著者: Wu, H.H. / Symersky, J. / Lu, M.
履歴
登録2020年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug transporter MdfA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5284
ポリマ－41,9231
非ポリマー6053
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.795, 63.433, 109.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug transporter MdfA / Chloramphenicol resistance pump Cmr


分子量: 41923.020 Da / 分子数: 1 / 変異: E26T/D34M/A150E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mdfA, cmlA, cmr, b0842, JW0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY8
#2: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, salts, etc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 34557 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 300 / CC1/2: 0.4 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC2.1精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.24 --
obs0.24 34557 90 %
原子変位パラメータBiso max: 131.93 Å2 / Biso mean: 63.1509 Å2 / Biso min: 29.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2937 0 22 80 3039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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