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万見
- PDB-6vrr: Crystal structure of a disease mutant of the Voltage-gated Sodium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vrr
タイトルCrystal structure of a disease mutant of the Voltage-gated Sodium Channel Beta 2 subunit extracellular domain
要素Sodium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sodium Channel / Beta sub-unit / SCN2B
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / cardiac conduction / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / axon initial segment / cardiac muscle cell action potential involved in contraction ...response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / cardiac conduction / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / axon initial segment / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / sodium channel regulator activity / cardiac muscle contraction / T-tubule / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / nervous system development / response to heat / chemical synaptic transmission / gene expression / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Das, S. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Bioelectricity / 年: 2020
タイトル: Biophysical Investigation of Sodium Channel Interaction with beta-Subunit Variants Associated with Arrhythmias.
著者: Llongueras, J.P. / Das, S. / De Waele, J. / Capulzini, L. / Sorgente, A. / Van Petegem, F. / Bosmans, F.
履歴
登録2020年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9533
ポリマ－14,7691
非ポリマー1842
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.271, 53.582, 59.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sodium channel subunit beta-2


分子量: 14768.657 Da / 分子数: 1 / 変異: R137H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN2B, UNQ326/PRO386 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60939
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 14% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月16日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→40.3 Å / Num. obs: 43929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.93 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 6.54 % / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique obs: 2827 / Rrim(I) all: 0.63 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FEB

5feb


解像度: 1.45→39.76 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1827 2220 5.05 %
Rwork0.1499 41706 -
obs0.1516 43926 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.41 Å2 / Biso mean: 24.5613 Å2 / Biso min: 11.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1032 0 28 166 1226
Biso mean--42.4 33.84 -
残基数----127
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.45-1.480.3021340.306226072741
1.48-1.520.24711150.238326262741
1.52-1.550.22911870.177425332720
1.55-1.60.16591410.15926252766
1.6-1.640.18241310.1526242755
1.64-1.70.20171250.148626082733
1.7-1.760.18831470.154226012748
1.76-1.830.16261360.134826112747
1.83-1.910.16441390.137226182757
1.91-2.010.17361260.129525992725
2.01-2.140.15941380.127326252763
2.14-2.30.1541480.138525892737
2.3-2.530.17651340.146326252759
2.53-2.90.20081660.149625722738
2.9-3.650.16141170.146826332750
3.65-39.760.20351360.158926102746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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