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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vrp | ||||||
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タイトル | Reverse Transcriptase Diabody with R83T Mutation | ||||||
![]() | Single-chain Fv | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / diabody / immunoglobin / reverse transcriptase | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chesterman, C. / Arnold, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Co-crystallization with diabodies: A case study for the introduction of synthetic symmetry. 著者: Chesterman, C. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 319.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 233.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 277.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 277.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 26401.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 61848 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 12.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 39.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Num. unique obs: 3029 / Rrim(I) all: 0.398 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4X4X 解像度: 1.6→43.8 Å / SU ML: 0.1224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.4797 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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