登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vr7 |
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タイトル | Structure of a pseudomurein peptide ligase type C from Methanothermus fervidus |
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要素 | Mur ligase middle domain protein |
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キーワード | LIGASE / Pseudomurein / pseudomurein peptide ligase / archaeal cell wall / Methanothermus fervidus |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / ATP binding類似検索 - 分子機能 Folylpolyglutamate synthase signature 1. / Folylpolyglutamate synthetase, conserved site / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain類似検索 - ドメイン・相同性 ACETOACETIC ACID / Mur ligase middle domain protein類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Methanothermus fervidus (古細菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å |
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データ登録者 | Carbone, V. / Schofield, L.R. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S. / Subedi, B.P. |
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資金援助 | ニュージーランド, 1件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Royal Society of New Zealand | AGR1301 | ニュージーランド |
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引用 | ジャーナル: FEMS Microbes / 年: 2021 タイトル: Archaeal pseudomurein and bacterial murein cell wall biosynthesis share a common evolutionary ancestry 著者: Subedi, B.P. / Martin, W.F. / Carbone, V. / Duin, E.C. / Cronin, B. / Sauter, J. / Schofield, L.R. / Sutherland-Smith, A.J. / Ronimus, R.S. |
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履歴 | 登録 | 2020年2月6日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2021年2月10日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 2.0 | 2021年7月28日 | Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry Item: _cell.volume / _chem_comp.formula ..._cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_scaling_rejects / _reflns.percent_possible_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall 解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement |
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改定 2.1 | 2021年9月29日 | Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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改定 2.2 | 2023年10月11日 | Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN |
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