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- PDB-6vr0: Agrobacterium Tumefaciens ADP-glucose pyrophosphorylase W106A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vr0
タイトルAgrobacterium Tumefaciens ADP-glucose pyrophosphorylase W106A
要素Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ADP-Glc PPase / ADP-glucose pyrophosphorylase / enzyme / allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate adenylyltransferase GlgC, bacterial / ADP-glucose pyrophosphorylase, conserved site / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 1. / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 2. / ADP-glucose pyrophosphorylase signature 3. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mascarenhas, R.N. / Liu, D. / Ballicora, M. / Iglesias, A. / Asencion, M. / Figueroa, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1616851 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Agrobacterium Tumefaciens ADP-glucose pyrophosphorylase W106A
著者: Mascarenhas, R.N. / Liu, D. / Ballicora, M. / Iglesias, A. / Asencion, M. / Figueroa, C. / Esper, M. / Aleanzi, M.
履歴
登録2020年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
E: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
G: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
H: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
J: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,463100
ポリマ－461,82110
非ポリマー8,64290
水7,674426
1
A: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,99719
ポリマ－92,3642
非ポリマー1,63317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
2
B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子

B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,32512
ポリマ－92,3642
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4950 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area33610 Å2
手法PISA
3
C: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,90118
ポリマ－92,3642
非ポリマー1,53716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area33040 Å2
手法PISA
4
E: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子

H: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,18921
ポリマ－92,3642
非ポリマー1,82519
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
5
G: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
J: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,28522
ポリマ－92,3642
非ポリマー1,92120
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
6
I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子

I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,85428
ポリマ－92,3642
非ポリマー2,49026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7200 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)433.318, 141.040, 92.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-608-

HOH

21I-636-

HOH

31I-669-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...
21(chain B and (resid 6 through 67 or (resid 68...
31(chain C and (resid 6 through 70 or (resid 71...
41(chain D and (resid 6 through 70 or (resid 71...
51(chain E and (resid 6 through 70 or (resid 71...
61(chain F and (resid 6 through 67 or (resid 68...
71(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...
81(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...
91(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...
101(chain J and (resid 6 through 96 or resid 107 through 418 or resid 500 through 900))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...A6 - 67
121(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...A68
131(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...A6 - 418
141(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...A6 - 418
151(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...A6 - 418
161(chain A and (resid 6 through 67 or (resid 68...A6 - 418
211(chain B and (resid 6 through 67 or (resid 68...B6 - 67
221(chain B and (resid 6 through 67 or (resid 68...B68
231(chain B and (resid 6 through 67 or (resid 68...B6 - 418
241(chain B and (resid 6 through 67 or (resid 68...B6 - 418
251(chain B and (resid 6 through 67 or (resid 68...B6 - 418
311(chain C and (resid 6 through 70 or (resid 71...C6 - 70
321(chain C and (resid 6 through 70 or (resid 71...C71
331(chain C and (resid 6 through 70 or (resid 71...C6 - 418
341(chain C and (resid 6 through 70 or (resid 71...C6 - 418
351(chain C and (resid 6 through 70 or (resid 71...C6 - 418
411(chain D and (resid 6 through 70 or (resid 71...D6 - 70
421(chain D and (resid 6 through 70 or (resid 71...D71
431(chain D and (resid 6 through 70 or (resid 71...D6 - 418
441(chain D and (resid 6 through 70 or (resid 71...D6 - 418
451(chain D and (resid 6 through 70 or (resid 71...D6 - 418
511(chain E and (resid 6 through 70 or (resid 71...E6 - 70
521(chain E and (resid 6 through 70 or (resid 71...E71
531(chain E and (resid 6 through 70 or (resid 71...E6 - 418
541(chain E and (resid 6 through 70 or (resid 71...E6 - 418
551(chain E and (resid 6 through 70 or (resid 71...E6 - 418
611(chain F and (resid 6 through 67 or (resid 68...F6 - 67
621(chain F and (resid 6 through 67 or (resid 68...F68
631(chain F and (resid 6 through 67 or (resid 68...F6 - 418
641(chain F and (resid 6 through 67 or (resid 68...F6 - 418
651(chain F and (resid 6 through 67 or (resid 68...F6 - 418
711(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...G6 - 67
721(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...G68
731(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...G6 - 418
741(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...G6 - 418
751(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...G6 - 418
761(chain G and (resid 6 through 67 or (resid 68...G6 - 418
811(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...H6 - 67
821(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...H68
831(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...H6 - 418
841(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...H6 - 418
851(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...H6 - 418
861(chain H and (resid 6 through 67 or (resid 68...H6 - 418
911(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...I6 - 67
921(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...I68
931(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...I6 - 418
941(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...I6 - 418
951(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...I6 - 418
961(chain I and (resid 6 through 67 or (resid 68...I6 - 418
1011(chain J and (resid 6 through 96 or resid 107 through 418 or resid 500 through 900))J6 - 96
1021(chain J and (resid 6 through 96 or resid 107 through 418 or resid 500 through 900))J107 - 418
1031(chain J and (resid 6 through 96 or resid 107 through 418 or resid 500 through 900))J500 - 900

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / ADP-glucose pyrophosphorylase / ADPGlc PPase / ADP-glucose synthase


分子量: 46182.102 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: glgC, SY94_4053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A083ZTG5, UniProt: P39669*PLUS, glucose-1-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM HEPES pH 7.5 and 1.5 M Lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h-2*l,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.2→50.632 Å / Num. obs: 272607 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.948 / Num. unique obs: 13264 / CC1/2: 0.549

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W6J

5w6j


解像度: 2.2→50.632 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 104.57 / 位相誤差: 29.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 13608 5.02 %
Rwork0.2136 --
obs0.2305 272602 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.12 Å2 / Biso mean: 30.2135 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31704 0 451 426 32581
Biso mean--39 23.4 -
残基数----4040
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
12B12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
13C12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
14D12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
15E12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
16F12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
17G12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
18H12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
19I12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
110J12290X-RAY DIFFRACTION3.863TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.23810.30676740.2693126771335193
2.2381-2.27880.29366180.2651127731339193
2.2788-2.32260.30796480.2679127581340693
2.3226-2.370.29877070.2758127801348793
2.37-2.42150.31866970.2772127801347793
2.4215-2.47790.32536830.2731128851356894
2.4779-2.53980.32756990.2697127511345094
2.5398-2.60850.29817060.2698129281363494
2.6085-2.68530.31166310.2707129911362295
2.6853-2.77190.32956820.2688129721365494
2.7719-2.8710.29727020.2607128791358194
2.871-2.98590.29176720.2552129911366395
2.9859-3.12180.27897140.2478130221373695
3.1218-3.28630.26166420.2432130731371595
3.2863-3.49210.26837010.2268129691367095
3.4921-3.76170.25546880.2094130401372895
3.7617-4.140.20576640.1902131691383395
4.14-4.73850.18026950.1684130591375495
4.7385-5.96810.20797240.1953131371386195
5.9681-46.26510.21716600.208133001396095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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