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- PDB-6vox: Crystal structure of multi-copper oxidase from Pseudomonas Parafulva -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vox
タイトルCrystal structure of multi-copper oxidase from Pseudomonas Parafulva
要素Copper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / LACCASE (ラッカーゼ) / COPPER OXIDASE / ACOUSTIC DROPLET EJECTION / LIGNIN (リグニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
CU-O-CU LINKAGE / COPPER (II) ION / Copper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas parafulva (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Partowmah, S.H. / Coler, E.A. / Soares, A.S. / Collins, R.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM111244 米国
Department of Energy (DOE, United States)KP1605010 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R21GM129570-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of multi-copper oxidase from Pseudomonas Parafulva
著者: Partowmah, S. / Coler, E.A. / Soares, A.S. / Collins, R.E.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5644
ポリマ－47,2941
非ポリマー2703
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.350, 170.350, 131.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Copper oxidase


分子量: 47293.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas parafulva (バクテリア)
遺伝子: NJ69_01745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7JLK4
#2: 化合物 ChemComp-C2O / CU-O-CU LINKAGE / 酸化銅(I) / 酸化銅(I)


分子量: 143.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.8 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Crystallized in plastic sitting drop trays, 30 nl of protein (concentration 10 mg/mL) combined with 30 nl precipitant: 0.0425 M BICINE pH 9.0 0.0425 M Sodium chloride 8.5% v/v Polyethylene ...詳細: Crystallized in plastic sitting drop trays, 30 nl of protein (concentration 10 mg/mL) combined with 30 nl precipitant: 0.0425 M BICINE pH 9.0 0.0425 M Sodium chloride 8.5% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550 7.5% v/v Glycerol Solution was equilibrated against a reservoir of 60% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 10690 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 29.33 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / Rmerge(I) obs: 2.578 / Num. unique obs: 635 / CC1/2: 0.258

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VOW

6vow


解像度: 3.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 51.885 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.596 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27404 215 2 %RANDOM
Rwork0.2577 ---
obs0.25802 10435 92.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 195.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.11 Å2-0 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3198 0 5 0 3203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.9544475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.20237128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.0965401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62123.265147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.83615516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0431524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it16.92518.9781622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other16.92618.9781621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it27.38628.3932017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other27.37928.3922018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.19120.3551666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other14.14820.3691664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other24.12930.0382457
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined40.44713556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other40.44913553
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.801→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 12 -
Rwork0.448 626 -
obs--76.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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