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- PDB-6vnu: X-ray Crystal Structure of Ruthenocenyl-7-Aminocephalosporanic Ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vnu
タイトルX-ray Crystal Structure of Ruthenocenyl-7-Aminocephalosporanic Acid Covalent Acyl-Enzyme Complex with CTX-M-14 E166A Beta-Lactamase
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Organometallic / CTX-M-14
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ruthenocene / : / Chem-TDJ / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Lewandowski, E.M. / Jacobs, L.M.C. / Chen, Y.
資金援助 米国, ポーランド, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI147654 米国
Polish National Science CentreOPUS UMO-2018/29/B/ST5/00055 ポーランド
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Metallocenyl 7-ACA Conjugates: Antibacterial Activity Studies and Atomic-Resolution X-ray Crystal Structure with CTX-M beta-Lactamase.
著者: Lewandowski, E.M. / Szczupak, L. / Kowalczyk, A. / Mendoza, G. / Arruebo, M. / Jacobs, L.M.C. / Staczek, P. / Chen, Y. / Kowalski, K.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7269
ポリマ－55,8852
非ポリマー1,8417
水9,458525
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9795
ポリマ－27,9431
非ポリマー1,0364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7474
ポリマ－27,9431
非ポリマー8053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.152, 106.894, 47.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / CTX-M-14 Class A Beta-Lactamase


分子量: 27942.512 Da / 分子数: 2 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCTX-M, CTX-M-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1B3B7F6, UniProt: Q9L5C7*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-7G4 / ruthenocene / bis[(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium / ビス(2,4-シクロペンタジエン-1-イル)ルテニウム(II)


分子量: 231.256 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TDJ / [(1,2,3,4,5-eta)-1-(4-{[carboxy(4-carboxy-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazin-2-yl)methyl]amino}-4-oxobutanoyl)cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]ruthenium


分子量: 534.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H13N2O6RuS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: Potassium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→53.447 Å / Num. obs: 60469 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.46
反射 シェル解像度: 1.47→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 3481 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XXR

4xxr


解像度: 1.47→34.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.579 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2519 4.9 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.1752 49262 69.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.25 Å2 / Biso mean: 14.953 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20.37 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→34.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 97 525 4518
Biso mean--26.83 26.36 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134617
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.6836275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5111.5959880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8645616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69722.159227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98415762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4941537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2350.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02935
LS精密化 シェル解像度: 1.473→1.511 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 88 -
Rwork0.223 1909 -
all-1997 -
obs--35.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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