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- PDB-6vmz: Crystal Structure of a H5N1 influenza virus hemagglutinin with CBS1117 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vmz
タイトルCrystal Structure of a H5N1 influenza virus hemagglutinin with CBS1117
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza / H5 / CBS1117
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R3P / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Antanasijevic, A. / Durst, M.A. / Lavie, A. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Structure of avian influenza hemagglutinin in complex with a small molecule entry inhibitor.
著者: Antanasijevic, A. / Durst, M.A. / Cheng, H. / Gaisina, I.N. / Perez, J.T. / Manicassamy, B. / Rong, L. / Lavie, A. / Caffrey, M.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,20317
ポリマ－176,4876
非ポリマー2,71511
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30390 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area61420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.710, 126.083, 249.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13C
23E
14B
24D
15B
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA10 - 3284 - 322
21ARGARGCB10 - 3284 - 322
12ARGARGAA10 - 3284 - 322
22ARGARGEC10 - 3284 - 322
13PROPROCB10 - 3314 - 325
23PROPROEC10 - 3314 - 325
14SERSERBD1 - 1741 - 174
24SERSERDE1 - 1741 - 174
15TYRTYRBD1 - 1411 - 141
25TYRTYRFF1 - 1411 - 141
16TYRTYRDE1 - 1411 - 141
26TYRTYRFF1 - 1411 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 37948.020 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 17-337) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/4/2003(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Vietnam/4/2003(H5N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q1KHJ8
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20881.104 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 347-521) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/chicken/Vietnam/30/2003(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/chicken/Vietnam/30/2003(H5N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q1KHK7
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-R3P / 2,6-dichloro-N-[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]benzamide


分子量: 315.238 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H20Cl2N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.47 Å / Num. obs: 110799 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.49 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12.28
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.35 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 17093 / CC1/2: 0.755 / Rrim(I) all: 0.714 / % possible all: 91.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FKO

2fko


解像度: 2.2→29.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.141 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 5426 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.2102 104199 93.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.13 Å2 / Biso mean: 49.644 Å2 / Biso min: 18.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2--1.37 Å2-0 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11616 0 172 435 12223
Biso mean--93.12 45.19 -
残基数----1454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01312106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.66216412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2361.59825103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02151456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36723.807662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.821152069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.681556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022476
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A97780.07
12C97780.07
21A97780.06
22E97780.06
31C98780.07
32E98780.07
41B52970.08
42D52970.08
51B41560.07
52F41560.07
61D41890.06
62F41890.06
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 372 -
Rwork0.343 7266 -
all-7638 -
obs--88.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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