PDB-6vmt: Leishmania major Programmed Cell Death Protein 5 Homolog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vmt

タイトル

Leishmania major Programmed Cell Death Protein 5 Homolog

要素

Programmed Cell Death Protein 5 Homolog

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

PDCD5-like / PDCD5-like superfamily / Double-stranded DNA-binding domain / DNA binding / nucleus / cytosol / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Leishmania major Programmed Cell Death Protein 5 Homolog
著者: Merritt, E.A. / Anderson, L. / Arakaki, T. / Hol, W.G. / Le Trong, I. / Mehlin, C. / Soltis, M. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2020年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vmt.cif.gz	35.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vmt.ent.gz	21.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vmt_validation.pdf.gz	248.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vmt_full_validation.pdf.gz	248.7 KB	表示
XML形式データ	6vmt_validation.xml.gz	918 B	表示
CIF形式データ	6vmt_validation.cif.gz	1.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6iqoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ms5-2 1he7-d 3qb4-2 6sf1-d 1wwa-2 6iqo-2 2ekh-d 4b8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SGPP-Lmaj003759

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Programmed Cell Death Protein 5 Homolog

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.386, 115.386, 58.628
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Programmed Cell Death Protein 5 Homolog 分子量: 13304.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_28_1920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q874
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 1.5 M K2HPO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.95373,0.97962,0.97949

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月11日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95373	1
2	0.97962	1
3	0.97949	1

反射

解像度: 2.5→25.296 Å / Num. obs: 4643 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.6	6.9	6.236	306	0.264	2.424	6.752	53.5
9.01-25.296	8.9	0.074	122	0.999	0.025	0.078	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOSFLM		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IQO

6iqo

解像度: 2.501→25.296 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 11.938 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.306
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. Sulfur f'' term set to 2.5e to account for partial substitution of SeMet for Met

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2727	194	4.181 %
R_work	0.2223	-	-
all	0.224	-	-
obs	-	4640	87.829 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.435 Å²	-0.218 Å²	0 Å²
2-	-	-0.435 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→25.296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	783	0	0	16	799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	748
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.647	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.577	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.778	5	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.103	22.642	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.702	15	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.708	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	149
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.258	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.567	7.783	395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.344	7.773	394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.843	11.721	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.834	11.74	493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.396	9.382	393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.385	9.389	394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.901	13.554	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.887	13.563	561
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.389	94.379	856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.382	94.474	857

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.501-2.566	0.364	9	0.355	201	X-RAY DIFFRACTION	53.435
2.566-2.636	0.546	10	0.359	192	X-RAY DIFFRACTION	55.647
2.636-2.713	0.273	8	0.356	224	X-RAY DIFFRACTION	64.444
2.713-2.796	0.436	9	0.352	242	X-RAY DIFFRACTION	69.916
2.796-2.887	0.562	11	0.308	286	X-RAY DIFFRACTION	86.842
2.887-2.988	0.321	18	0.279	315	X-RAY DIFFRACTION	99.701
2.988-3.101	0.452	16	0.29	309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.227	0.244	9	0.273	307	X-RAY DIFFRACTION	99.685
3.227-3.37	0.24	16	0.245	274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.534	0.247	15	0.212	269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.534-3.724	0.218	6	0.196	265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.724-3.949	0.244	10	0.207	250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.949-4.221	0.19	11	0.175	232	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.221-4.557	0.193	6	0.19	223	X-RAY DIFFRACTION	100
4.557-4.989	0.248	5	0.206	207	X-RAY DIFFRACTION	100
4.989-5.572	0.45	13	0.249	173	X-RAY DIFFRACTION	99.465
5.572-6.424	0.411	8	0.239	170	X-RAY DIFFRACTION	99.441
6.424-7.844	0.203	8	0.194	132	X-RAY DIFFRACTION	97.902
7.844-10.992	0.195	5	0.176	111	X-RAY DIFFRACTION	99.145
10.992-25.296	0.064	1	0.222	64	X-RAY DIFFRACTION	89.041

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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