ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | | データスケーリング | PHENIX | 1.14_3260精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6BYW 解像度: 2.24→48.421 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2502 | 2000 | 1.15 % |
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Rwork | 0.2018 | - | - |
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obs | 0.2024 | 173719 | 98.01 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 176.39 Å2 / Biso mean: 51.8777 Å2 / Biso min: 11.43 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.24→48.421 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 24336 | 0 | 19 | 1006 | 25361 |
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Biso mean | - | - | 83.24 | 42.85 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 3072 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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2.24-2.296 | 0.3954 | 144 | 0.3157 | 12407 | 100 | 2.296-2.3581 | 0.3431 | 144 | 0.2987 | 12367 | 100 | 2.3581-2.4275 | 0.3231 | 145 | 0.2734 | 12403 | 100 | 2.4275-2.5058 | 0.3133 | 145 | 0.263 | 12455 | 100 | 2.5058-2.5954 | 0.3288 | 144 | 0.2477 | 12364 | 99 | 2.5954-2.6993 | 0.2525 | 144 | 0.2304 | 12391 | 99 | 2.6993-2.8221 | 0.3104 | 145 | 0.2282 | 12344 | 99 | 2.8221-2.9709 | 0.2725 | 143 | 0.2175 | 12329 | 99 | 2.9709-3.157 | 0.2903 | 142 | 0.216 | 12262 | 98 | 3.157-3.4007 | 0.2879 | 142 | 0.2032 | 12129 | 97 | 3.4007-3.7428 | 0.2258 | 139 | 0.1774 | 11946 | 95 | 3.7428-4.2841 | 0.2122 | 137 | 0.1597 | 11810 | 94 | 4.2841-5.3964 | 0.1644 | 140 | 0.1546 | 11975 | 95 | 5.3964-48.421 | 0.2142 | 146 | 0.1816 | 12537 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.8958 Å / Origin y: -142.8242 Å / Origin z: 231.3668 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1471 Å2 | -0.0237 Å2 | -0.0079 Å2 | - | 0.1275 Å2 | 0.0039 Å2 | - | - | 0.098 Å2 |
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L | 0.081 °2 | -0.0009 °2 | -0.0442 °2 | - | 0.5631 °2 | -0.0155 °2 | - | - | 0.3174 °2 |
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S | -0.0008 Å ° | 0.0135 Å ° | 0.0066 Å ° | -0.1775 Å ° | 0.0344 Å ° | -0.0088 Å ° | -0.0019 Å ° | -0.0857 Å ° | 0.0054 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA4 - 816 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB4 - 816 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC4 - 816 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD4 - 816 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allE1 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allF1 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allG1 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allH1 | 9 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allI1 - 2 | 10 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allI3 | 11 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 1006 | 12 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1007 - 1021 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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