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- PDB-6vls: Structure of C-terminal fragment of Vip3A toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vls
タイトルStructure of C-terminal fragment of Vip3A toxin
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
キーワードTOXIN / Bacillus thuringiensis / Vip3A / biological control / mode of action / glycobiology
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Vip3Aa
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jiang, K. / Zhang, Y. / Chen, Z. / Gao, X.
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Insights into the C-terminal Fragment of Insecticidal Vip3A Toxin ofBacillus thuringiensis.
著者: Jiang, K. / Zhang, Y. / Chen, Z. / Wu, D. / Cai, J. / Gao, X.
履歴
登録2020年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,66810
ポリマ－430,0324
非ポリマー6376
水3,189177
1
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7203
ポリマ－107,5081
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,6142
ポリマ－107,5081
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,6142
ポリマ－107,5081
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7203
ポリマ－107,5081
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.088, 127.884, 149.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 21 through 416 or resid 421...
21(chain B and (resid 21 through 753 or resid 758...
31(chain C and (resid 21 through 416 or resid 421...
41(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHR(chain A and (resid 21 through 416 or resid 421...AA21 - 4162 - 397
12ASPASPTHRTHR(chain A and (resid 21 through 416 or resid 421...AA421 - 714402 - 695
13LEULEULYSLYS(chain A and (resid 21 through 416 or resid 421...AA723 - 753704 - 734
14ASPASPASNASN(chain A and (resid 21 through 416 or resid 421...AA758 - 820739 - 801
15TYRTYRLYSLYS(chain A and (resid 21 through 416 or resid 421...AA825 - 985806 - 966
21LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 21 through 753 or resid 758...BB21 - 7532 - 734
22ASPASPVALVAL(chain B and (resid 21 through 753 or resid 758...BB758 - 771739 - 752
23GLYGLYASNASN(chain B and (resid 21 through 753 or resid 758...BB776 - 820757 - 801
24TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid 21 through 753 or resid 758...BB825 - 985806 - 966
31LYSLYSTHRTHR(chain C and (resid 21 through 416 or resid 421...CC21 - 4162 - 397
32ASPASPTHRTHR(chain C and (resid 21 through 416 or resid 421...CC421 - 714402 - 695
33LEULEUVALVAL(chain C and (resid 21 through 416 or resid 421...CC723 - 771704 - 752
34GLYGLYLYSLYS(chain C and (resid 21 through 416 or resid 421...CC776 - 985757 - 966
41LYSLYSTHRTHR(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...DD21 - 4162 - 397
42ASPASPASPASP(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...DD419400
43GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...DD422 - 714403 - 695
44GLYGLYASNASN(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...DD776 - 820757 - 801
45GLYGLYASNASN(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...DD776 - 820757 - 801
46TYRTYRLYSLYS(chain D and (resid 21 through 416 or resid 419...DD825 - 985806 - 966

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要素

#1: タンパク質
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vip3Aa


分子量: 107507.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: W8GI72
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細fusion protein consisting of MBP and residues 200 to the end of Vip3Aa
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.2, 0.5 M potassium formate, 0.1 M ammonium sulfate and 11% PEG4000
PH範囲: 4.0-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.195→28.93 Å / Num. obs: 82438 / % possible obs: 97.33 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 71.42 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.11
反射 シェル解像度: 3.195→3.309 Å / Num. unique obs: 8077 / CC1/2: 0.541

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MBP

3mbp


解像度: 3.2→28.93 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 3939 4.78 %
Rwork0.198 78409 -
obs0.2 82348 97.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.57 Å2 / Biso mean: 74.1403 Å2 / Biso min: 1.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29960 0 42 177 30179
Biso mean--86.7 40.48 -
残基数----3820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00230603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57241444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8324082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035343
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11297X-RAY DIFFRACTION13.051TORSIONAL
12B11297X-RAY DIFFRACTION13.051TORSIONAL
13C11297X-RAY DIFFRACTION13.051TORSIONAL
14D11297X-RAY DIFFRACTION13.051TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.230.36021480.30172428257686
3.23-3.280.35021280.30872769289796
3.28-3.320.37161440.29352771291597
3.32-3.360.34581360.27542793292998
3.36-3.410.30521220.26742844296698
3.41-3.460.28731600.24692829298998
3.46-3.520.29071690.23792756292598
3.52-3.570.26761720.23182821299398
3.57-3.640.26151490.22052774292398
3.64-3.70.29431510.2162792294398
3.7-3.770.26541350.2152835297098
3.77-3.850.22731400.21032832297298
3.85-3.930.23411190.2012813293298
3.93-4.020.2981330.19692817295097
4.02-4.120.23631220.18742823294598
4.12-4.240.21481420.17762837297998
4.24-4.360.20521250.16352833295899
4.36-4.50.20761280.15712831295998
4.5-4.660.17531210.15042863298498
4.66-4.850.1991470.14952835298299
4.85-5.070.20121360.15162838297498
5.07-5.330.18931480.1642834298298
5.33-5.660.21191360.17362861299799
5.66-6.10.23621640.18832822298699
6.1-6.70.20231510.19962870302199
6.7-7.660.24841430.2012834297798
7.66-9.590.20261190.19362880299998
9.59-28.930.22691510.20272574272587
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7063-0.9648-0.46015.3649-0.53371.4973-0.1426-0.46610.26950.89980.2267-0.5295-0.31240.3819-0.0930.5210.0562-0.14830.6426-0.08480.502219.758616.881616.8245
21.67761.0082-0.78930.9373-0.44390.588-0.0542-0.0401-0.14130.05050.035-0.18420.12330.08420.01460.3779-0.0164-0.03710.3608-0.02340.3018-47.237114.241113.6999
31.5653-0.2340.15967.6047-2.5562.1651-0.03230.3069-0.2548-0.2554-0.0808-0.36580.04980.35150.10430.3611-0.05960.02880.5205-0.11290.3153-51.16846.0525-26.0475
45.44121.261.95020.28260.44910.69170.22170.277-0.35670.0268-0.1246-0.34440.21370.1358-0.08680.48340.0469-0.03140.41750.01530.601-16.817429.4988-12.8151
56.2049-3.2193-1.3161.92531.06270.85470.41340.26740.2596-0.3857-0.2127-0.1531-0.0684-0.0149-0.20350.38570.0120.00360.34260.08670.41217.735319.5237-19.9433
68.2544-1.87641.97160.5047-0.53770.980.201-0.0672-0.1419-0.1306-0.11620.0620.1898-0.2181-0.09220.60870.01410.06350.3996-0.10310.467125.0571-4.5623-27.7933
71.9138-0.3630.03685.83841.68024.6118-0.04540.16340.5667-0.71410.0119-0.2302-1.14350.14680.02730.7057-0.0704-0.12930.56840.05960.5415119.115327.0467-94.7429
85.308-4.08430.31613.53790.78542.6529-0.0338-0.45231.00490.17180.203-0.62870.01490.2255-0.17750.4638-0.0612-0.06170.4585-0.00660.426971.91753.5664-77.8833
92.7781-1.22490.84661.8725-0.47051.6981-0.0527-0.02550.1110.0780.1013-0.0563-0.1904-0.1218-0.05940.4782-0.09660.03890.41170.03830.275751.414.9223-93.4207
103.2246-0.1342-1.50021.2354-0.54031.38660.2021-0.21730.24450.2614-0.1295-0.1787-0.37150.0692-0.07370.6643-0.0894-0.08440.48360.0190.329947.388934.2802-102.0929
117.1659-4.7199-4.39845.22826.58049.10220.55990.48020.7181-0.7576-0.2881-0.369-0.89110.1184-0.26370.6660.01160.01650.57770.1730.39446.458234.3551-69.5991
121.6098-1.1755-0.69134.8031-0.4242.117-0.0994-0.2007-0.16140.55450.09110.35190.2152-0.32830.01050.5692-0.0915-0.03170.6861-0.01040.289149.766214.5581-53.6269
138.10724.74281.73885.28361.89613.640.4964-0.2398-0.22890.4033-0.1813-0.2768-0.01250.0787-0.30190.48730.0155-0.01950.4858-0.05290.3512101.43544.5295-71.22
143.4951.1246-0.05944.6883-1.54433.55310.1526-0.2390.17010.3953-0.19890.071-0.29560.03960.02880.37550.0203-0.00710.3687-0.19060.4179123.67426.1446-53.4855
153.5497-2.3964-1.44352.42052.06023.38780.0586-0.05250.0816-0.01850.0370.0099-0.1823-0.1051-0.11090.4041-0.0288-0.03090.3623-0.01150.2995103.346434.4715-51.6386
167.96461.71170.05570.37550.008-0.0185-0.0839-0.1424-0.39470.1074-0.0199-0.2087-0.34720.12240.09680.66160.0094-0.09580.6249-0.08090.5542126.831245.8795-42.8662
179.33054.0127-0.02339.43481.06965.22270.02030.405-0.7216-0.0428-0.0041-0.1970.16110.1964-0.00420.4327-0.0146-0.15560.4322-0.02750.419152.491343.2676-49.7568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 371 )A21 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 372 through 985 )A372 - 985
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 21 through 353 )B21 - 353
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 354 through 462 )B354 - 462
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 463 through 731 )B463 - 731
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 732 through 985 )B732 - 985
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 21 through 396 )C21 - 396
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 397 through 491 )C397 - 491
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 492 through 713 )C492 - 713
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 714 through 985 )C714 - 985
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 21 through 78 )D21 - 78
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 79 through 396 )D79 - 396
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 397 through 517 )D397 - 517
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 518 through 673 )D518 - 673
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 674 through 833 )D674 - 833
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 834 through 901 )D834 - 901
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 902 through 985 )D902 - 985

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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