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万見
- PDB-6vlp: Hop phytocystatin in space group C2221 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlp
タイトルHop phytocystatin in space group C2221
要素Hop1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / cystatin / domain-swap / inhibitor (酵素阻害剤) / hop
生物種Humulus lupulus (セイヨウカラハナソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.681 Å
データ登録者Valadares, N.F. / Moura, G.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and physicochemical characterization of a phytocystatin from Humulus lupulus: Insights into its domain-swapped dimer
著者: Moura, G.T. / Souza, A.A. / Garay, A.V. / Freitas, S.M. / Valadares, N.F.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hop1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7105
ポリマ－11,2591
非ポリマー4514
水1,26170
1
A: Hop1
ヘテロ分子

A: Hop1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,42010
ポリマ－22,5182
非ポリマー9038
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area6210 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.551, 63.280, 72.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Hop1


分子量: 11258.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Humulus lupulus (セイヨウカラハナソウ)
プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
#2: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% w/v PEG8000, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.681→28.99 Å / Num. obs: 11170 / % possible obs: 97.44 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01952 / Rrim(I) all: 0.02761 / Net I/σ(I): 21.64
反射 シェル解像度: 1.681→1.741 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4666 / Num. unique obs: 1011 / CC1/2: 0.629 / Rrim(I) all: 0.6599 / % possible all: 89.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16-3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4TX4

4tx4


解像度: 1.681→28.99 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 --
Rwork0.1911 --
obs-11170 97.44 %
原子変位パラメータBiso mean: 32.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.681→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数643 0 26 70 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9522922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8137408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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