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- PDB-6vlk: A varicella-zoster virus glycoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlk
タイトルA varicella-zoster virus glycoprotein
要素Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN / viral membrane glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Varicella-zoster virus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4529 Å
データ登録者Xing, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI102546, P41GM103832, R01GM079429 and S10OD021600 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A glycoprotein B-neutralizing antibody structure at 2.8 Å uncovers a critical domain for herpesvirus fusion initiation.
著者: Stefan L Oliver / Yi Xing / Dong-Hua Chen / Soung Hun Roh / Grigore D Pintilie / David A Bushnell / Marvin H Sommer / Edward Yang / Andrea Carfi / Wah Chiu / Ann M Arvin /
要旨: Members of the Herpesviridae, including the medically important alphaherpesvirus varicella-zoster virus (VZV), induce fusion of the virion envelope with cell membranes during entry, and between cells ...Members of the Herpesviridae, including the medically important alphaherpesvirus varicella-zoster virus (VZV), induce fusion of the virion envelope with cell membranes during entry, and between cells to form polykaryocytes in infected tissues. The conserved glycoproteins, gB, gH and gL, are the core functional proteins of the herpesvirus fusion complex. gB serves as the primary fusogen via its fusion loops, but functions for the remaining gB domains remain unexplained. As a pathway for biological discovery of domain function, our approach used structure-based analysis of the viral fusogen together with a neutralizing antibody. We report here a 2.8 Å cryogenic-electron microscopy structure of native gB recovered from VZV-infected cells, in complex with a human monoclonal antibody, 93k. This high-resolution structure guided targeted mutagenesis at the gB-93k interface, providing compelling evidence that a domain spatially distant from the gB fusion loops is critical for herpesvirus fusion, revealing a potential new target for antiviral therapies.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _citation.title / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年9月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0798
ポリマ－169,8452
非ポリマー3,2346
水3,081171
1
A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,86912
ポリマ－254,7673
非ポリマー7,1019
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area46620 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area79770 Å2
手法PISA
2
B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,36812
ポリマ－254,7673
非ポリマー2,6009
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area41020 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area77340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.318, 118.318, 749.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-971-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 173分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 84922.445 Da / 分子数: 2 / 変異: W180G/Y185G/R491G/R493G/R494G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Varicella-zoster virus (strain Oka vaccine) (ヘルペスウイルス)
株: Oka vaccine / 遺伝子: gB, ORF31 / 細胞株 (発現宿主): 293s GNTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4JR05
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.6, 20% PEG 400, 6% ethylene glycol
PH範囲: 4.6-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→101.52 Å / Num. obs: 74955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.59 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 10367 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GUM

2gum


解像度: 2.4529→50.222 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 3772 5.04 %
Rwork0.1808 --
obs0.1832 74911 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4529→50.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9451 0 144 171 9766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12313363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6423694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4529-2.4840.29151240.23812588X-RAY DIFFRACTION100
2.484-2.51670.31441370.23422611X-RAY DIFFRACTION100
2.5167-2.55110.28721470.23372572X-RAY DIFFRACTION100
2.5511-2.58760.31491450.22532596X-RAY DIFFRACTION100
2.5876-2.62620.2911530.21882606X-RAY DIFFRACTION100
2.6262-2.66720.23881370.20672578X-RAY DIFFRACTION100
2.6672-2.7110.26121440.21352595X-RAY DIFFRACTION100
2.711-2.75770.32491160.20662649X-RAY DIFFRACTION100
2.7577-2.80780.26341190.21722630X-RAY DIFFRACTION100
2.8078-2.86180.26961290.2072587X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-2.92030.2831280.21932622X-RAY DIFFRACTION100
2.9203-2.98370.27421350.2152610X-RAY DIFFRACTION100
2.9837-3.05310.24571400.2112626X-RAY DIFFRACTION100
3.0531-3.12950.29891530.21452616X-RAY DIFFRACTION100
3.1295-3.21410.26311380.21632608X-RAY DIFFRACTION100
3.2141-3.30860.27891600.21362622X-RAY DIFFRACTION100
3.3086-3.41540.24631420.19772610X-RAY DIFFRACTION100
3.4154-3.53750.24911250.18912632X-RAY DIFFRACTION100
3.5375-3.6790.20931310.18532637X-RAY DIFFRACTION100
3.679-3.84640.24141350.17812665X-RAY DIFFRACTION100
3.8464-4.04910.19851300.16252629X-RAY DIFFRACTION100
4.0491-4.30270.21550.15152648X-RAY DIFFRACTION100
4.3027-4.63470.16091580.132638X-RAY DIFFRACTION100
4.6347-5.10070.1721470.142682X-RAY DIFFRACTION100
5.1007-5.83780.1981600.16052671X-RAY DIFFRACTION100
5.8378-7.35140.23561420.1792741X-RAY DIFFRACTION100
7.3514-50.2220.23161420.18162870X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.8876 Å / Origin y: 18.6589 Å / Origin z: -64.2573 Å
111213212223313233
T0.0607 Å2-0.0012 Å20.0015 Å2-0.1469 Å20.0025 Å2--0.0991 Å2
L0.0704 °2-0.02 °2-0.0843 °2-0.0284 °20.0343 °2--0.0924 °2
S-0.0025 Å °0.0098 Å °0.0201 Å °-0.0049 Å °0.0118 Å °-0.0032 Å °0.0704 Å °0.0153 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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