PDB-6vl7: Crystal structure of the H583C mutant of GoxA soaked with glycine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vl7

タイトル

Crystal structure of the H583C mutant of GoxA soaked with glycine

要素

Glycine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CTQ

機能・相同性

L-Lysine epsilon oxidase, N-terminal / L-lysine epsilon oxidase, C-terminal / L-Lysine epsilon oxidase N-terminal / L-lysine epsilon oxidase C-terminal domain / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Yukl, E.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Roles of active-site residues in catalysis, substrate binding, cooperativity, and the reaction mechanism of the quinoprotein glycine oxidase.
著者: Mamounis, K.J. / Yukl, E.T. / Davidson, V.L.

履歴

登録	2020年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vl7.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vl7.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vl7_validation.pdf.gz	515.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vl7_full_validation.pdf.gz	573.9 KB	表示
XML形式データ	6vl7_validation.xml.gz	124.9 KB	表示
CIF形式データ	6vl7_validation.cif.gz	179.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vmfC 6vmvC 6vmwC 6bywS 6eer S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uc1-d 6vmf-d 6eer-d 6ubr-d 6ubz-d 6byw-d 6ubn-d 6vmv-d 6ufq-d 6vmw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycine oxidase

B: Glycine oxidase

C: Glycine oxidase

D: Glycine oxidase

ヘテロ分子

368 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.811, 93.285, 188.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glycine oxidase 分子量: 91491.781 Da / 分子数: 4 / 変異: H583C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア) 遺伝子: N475_19905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161XU12

-
非ポリマー , 5種, 1562分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: 1uL protein was combined with 1uL precipitant solution containing 25% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→49.191 Å / Num. obs: 207973 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 10307 / CC_1/2: 0.783 / R_pim(I) all: 0.354 / R_rim(I) all: 0.703 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 6BYW

6byw

解像度: 2.14→49.191 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	1999	0.96 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.157	207903	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.47 Å² / B_iso mean: 47.6067 Å² / B_iso min: 18.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.14→49.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24548	0	143	1545	26236
B_iso mean	-	-	93.19	44.55	-
残基数	-	-	-	-	3104

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.14-2.1935	0.3134	144	0.2538	14746	100
2.1935-2.2528	0.2817	142	0.2216	14693	100
2.2528-2.3191	0.2646	142	0.2041	14660	100
2.3191-2.394	0.2716	144	0.186	14745	100
2.394-2.4795	0.2355	143	0.1776	14702	100
2.4795-2.5788	0.2477	143	0.172	14769	100
2.5788-2.6962	0.2288	143	0.1633	14698	100
2.6962-2.8383	0.2467	142	0.1693	14726	100
2.8383-3.0161	0.2564	143	0.1699	14715	100
3.0161-3.2489	0.2403	142	0.1697	14688	100
3.2489-3.5758	0.2235	143	0.1561	14722	99
3.5758-4.093	0.1548	142	0.1273	14555	98
4.093-5.1559	0.1541	141	0.118	14581	98
5.1559-49.191	0.1913	145	0.1454	14904	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.1741 Å / Origin y: -142.5305 Å / Origin z: 233.4471 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2346 Å²	-0.0136 Å²	-0.0115 Å²	-	0.2412 Å²	0.0036 Å²	-	-	0.2336 Å²
L	0.1326 °²	0.0156 °²	-0.0596 °²	-	0.5264 °²	-0.1101 °²	-	-	0.5713 °²
S	-0.0016 Å °	0.0209 Å °	-0.0008 Å °	-0.0573 Å °	0.0224 Å °	0.0629 Å °	0.0503 Å °	-0.1446 Å °	-0.0068 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 816
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 816
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	4 - 816
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	4 - 816
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1 - 2
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	3 - 8
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	9 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 1516
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1517 - 1544
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1545 - 1570
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1571 - 1578
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 3
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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