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- PDB-6vl4: Crystal Structure of mPGES-1 bound to DG-031 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vl4
タイトルCrystal Structure of mPGES-1 bound to DG-031
要素Prostaglandin E synthase
キーワードISOMERASE / MEMBRANE PROTEIN / mPGES-1
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / regulation of fever generation / prostaglandin-D synthase activity / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / regulation of fever generation / prostaglandin-D synthase activity / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / nuclear envelope lumen / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / sensory perception of pain / regulation of inflammatory response / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QY1 / Prostaglandin E synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ho, J.D. / Lee, M.R. / Rauch, C.T. / Aznavour, K. / Park, J.S. / Luz, J.G. / Antonysamy, S. / Condon, B. / Maletic, M. / Zhang, A. ...Ho, J.D. / Lee, M.R. / Rauch, C.T. / Aznavour, K. / Park, J.S. / Luz, J.G. / Antonysamy, S. / Condon, B. / Maletic, M. / Zhang, A. / Hickey, M.J. / Hughes, N.E. / Chandrasekhar, S. / Sloan, A.V. / Gooding, K. / Harvey, A. / Yu, X.P. / Kahl, S.D. / Norman, B.H.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: Structure-based, multi-targeted drug discovery approach to eicosanoid inhibition: Dual inhibitors of mPGES-1 and 5-lipoxygenase activating protein (FLAP).
著者: Ho, J.D. / Lee, M.R. / Rauch, C.T. / Aznavour, K. / Park, J.S. / Luz, J.G. / Antonysamy, S. / Condon, B. / Maletic, M. / Zhang, A. / Hickey, M.J. / Hughes, N.E. / Chandrasekhar, S. / Sloan, A. ...著者: Ho, J.D. / Lee, M.R. / Rauch, C.T. / Aznavour, K. / Park, J.S. / Luz, J.G. / Antonysamy, S. / Condon, B. / Maletic, M. / Zhang, A. / Hickey, M.J. / Hughes, N.E. / Chandrasekhar, S. / Sloan, A.V. / Gooding, K. / Harvey, A. / Yu, X.P. / Kahl, S.D. / Norman, B.H.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3665
ポリマ－17,3241
非ポリマー1,0424
水1,09961
1
A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,09715
ポリマ－51,9713
非ポリマー3,12712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area11370 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.417, 76.417, 123.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin E synthase / Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / ...Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / MPGES-1 / p53-induced gene 12 protein


分子量: 17323.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGES, MGST1L1, MPGES1, PGES, PIG12
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14684, prostaglandin-E synthase
#2: 化合物 ChemComp-QY1 / (2R)-cyclopentyl{4-[(quinolin-2-yl)methoxy]phenyl}acetic acid / BAY-x-1005


分子量: 361.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 / 詳細: 100mM Tris HCl pH 8.2, 29% PEG 1K, 1mM DG-031

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.439
11K, H, -L20.561
反射解像度: 1.4→23.19 Å / Num. obs: 52754 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 7803 / Rsym value: 0.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→17.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.34 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.007 / ESU R Free: 0.007
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.145 2652 5 %RANDOM
Rwork0.1396 ---
obs0.1398 50099 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.66 Å2 / Biso mean: 19.196 Å2 / Biso min: 5.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å20 Å20 Å2
2--2.51 Å20 Å2
3----5.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→17.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1139 0 67 61 1267
Biso mean--42.26 24.77 -
残基数----143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0121277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0021.7011736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0065152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.09321.17651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06615194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0191511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02930
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 196 -
Rwork0.243 3738 -
all-3934 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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