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- PDB-6vkf: CCHFV GP38 (IbAr10200) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vkf
タイトルCCHFV GP38 (IbAr10200)
要素GP38
キーワードVIRAL PROTEIN / secretory / viral / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.524 Å
データ登録者Mishra, A.K. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Structure and Characterization of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus GP38.
著者: Mishra, A.K. / Moyer, C.L. / Abelson, D.M. / Deer, D.J. / El Omari, K. / Duman, R. / Lobel, L. / Lutwama, J.J. / Dye, J.M. / Wagner, A. / Chandran, K. / Cross, R.W. / Geisbert, T.W. / ...著者: Mishra, A.K. / Moyer, C.L. / Abelson, D.M. / Deer, D.J. / El Omari, K. / Duman, R. / Lobel, L. / Lutwama, J.J. / Dye, J.M. / Wagner, A. / Chandran, K. / Cross, R.W. / Geisbert, T.W. / Zeitlin, L. / Bornholdt, Z.A. / McLellan, J.S.
履歴
登録2020年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP38
B: GP38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9786
ポリマ－60,4842
非ポリマー1,4944
水18010
1
A: GP38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0913
ポリマ－30,2421
非ポリマー8492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GP38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8873
ポリマ－30,2421
非ポリマー6462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.350, 97.870, 66.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GP38


分子量: 30241.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever orthonairovirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1V0G0G3, UniProt: Q8JSZ3*PLUS
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate pH 5.5, PEG 400, PEG 3350

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.979
シンクロトロンDiamond I2322.7551
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2018年11月9日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2019年2月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
22.75511
反射

Entry-ID: 6VKF

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Diffraction-IDNet I/σ(I)
2.52-51.48125110973.20.998112.6
2.79-64.853830295.4150.999212
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.52-2.632.528680.8151
2.79-2.941.525840.7332

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELXD位相決定
PHENIXモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.524→51.481 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1206 4.81 %
Rwork0.2227 --
obs0.2243 25070 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.44 Å2 / Biso mean: 92.734 Å2 / Biso min: 47.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.524→51.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3793 0 98 10 3901
Biso mean--136.23 68.43 -
残基数----472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.524-2.62510.36821380.3177265998
2.6251-2.74460.3421350.2903265797
2.7446-2.88920.31531240.2823257295
2.8892-3.07020.3181990.3065269297
3.0702-3.30730.32041240.2654271198
3.3073-3.640.29371380.2447258295
3.64-4.16650.25461510.2231268298
4.1665-5.24850.20561510.1757261296
5.2485-51.4810.23091460.2001269797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1597-0.2198-0.52887.2648-0.07225.05110.10550.2947-0.0988-0.38680.1102-0.7760.0450.52640.11030.855-0.06140.2190.5732-0.09680.547843.357771.8414-16.3584
22.52970.7028-0.88475.3554-3.17564.0857-0.0887-0.0603-0.20510.45290.27180.18140.07060.03760.0751.03420.10040.22850.4726-0.01230.676634.095452.0180.798
34.63250.26750.41633.9433-0.76085.3042-0.0382-0.0549-0.4146-0.4777-0.1437-0.48430.23480.47930.26180.97010.07160.31670.53470.05950.616141.599629.128510.5992
47.6831-0.4648-3.71310.99960.81251.9819-0.2836-1.2075-0.6016-0.6524-0.1942-1.8680.03651.29230.72771.08730.0880.42771.15940.24991.474659.687929.879112.7523
52.8407-0.8056-0.05723.75740.50473.70260.0097-0.72590.08810.85540.0171-0.77340.25161.30630.39071.3346-0.01180.0911.09420.03251.035247.707334.732730.4243
63.2173-2.0588-2.60755.02742.70634.10460.18790.0991.6625-0.07350.0905-2.4136-0.621.7279-0.20351.9233-0.3425-0.12731.5339-0.00991.468347.067347.424341.6438
75.0235-0.9209-2.45344.41130.88915.9525-0.2578-0.7366-0.11941.19250.0114-0.4949-0.63020.43210.14581.37050.00260.03541.130.01250.668740.823337.268534.1161
83.0851-2.5143-0.08223.6338-1.46531.0548-0.0714-0.7639-0.53870.76320.35120.82980.76950.2665-0.02862.83990.22410.64921.2618-0.46150.633834.404739.176847.4941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 134 )A5 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 135 through 262 )A135 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 61 )B3 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 62 through 95 )B62 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 96 through 155 )B96 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 156 through 171 )B156 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 172 through 238 )B172 - 238
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 239 through 267 )B239 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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